OMICS in de Biomedische Wetenschappen

OMICS in the Biomedical Sciences

Studiewijzer 2021/2022

Globale inhoud

Inzicht in:

• Experimentele omics technologieën (sequencing (WGS, WES, RNAseq), massaspectroscopie);
• Toepassing van omics in biomedisch onderzoek;
• Toepassing van omics in diagnostiek;
• Analyse van biologische systemen (systeembiologie);
• Analyse en interpretatie van omics data (bioinformatica);
• Het managen van complexe en grote hoeveelheden data (informatiemanagement);

Studiemateriaal

Literatuur

• Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2014) Molecular biology of the cell. Sixth edition. Taylor & Francis Inc

Syllabus

• OMICS in Biomedische Wetenschappen

• Aanvullende documenten worden tijdens het vak via Canvas beschikbaar gemaakt

• Webcolleges, en videoclips van een aantal onderdelen van dit vak.

Software

• o.a. R en R studio. Wordt beschikbaar gemaakt voorafgaand of tijdens practica.

Overig

• Instructies voor laptop practica

Leerdoelen

• Toepassingen van -omics en systeembiologie in biomedisch onderzoek en diagnostiek beschrijven (bv personalized medicine);
• Uitleggen hoe een aantal geselecteerde omics technologieën voor het bepalen van nucletoidesequenties, genexpressie, eiwitten, metabolieten, en vetten (lipidomics) werken;
• Vergelijken van een aantal geselecteerde omics technologieën, met elkaar en met traditionele technologieën;
• Data van een aantal geselecteerde omics technologieën kunnen interpreteren;
• Eenvoudige experimentele proefopzetten uitleggen en toepassen voor omics experimenten;
• Simpele (statistische) analyses van omics data kunnen uitleggen en uitvoeren;
• Uitleggen hoe een aantal geselecteerde bioinformaticamethoden werken om -omics data te analyseren;
• Simple dynamische biologische systemen te beschrijven met differentiaal vergelijkingen, en deze wiskundig kunnen analyseren;
• Uitleggen welke aspecten van belang zijn bij het managen van data en informatie in (publieke) databases (bv annotatie, curatie, informatiestandaarden);
• Uitleggen hoe omics technologieën worden gebruikt met microbioom studies.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Laptopcollege
• Zelfstudie
• Werkcollege
• Begeleiding/feedbackmoment

Tijdens de hoorcolleges worden concepten en principes uitgelegd van omics, bioinformatica, en systeembiology

Laptop colleges worden gebruikt om met behulp van R/Rstudio (en andere software) zelf OMICS data te analyseren

Tijdens plenaire werkcolleges wordt een deel van de de leerstof voor het tentamen geoefend. 

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

Na het volgen van het vak is de student in staat om

• Wetenschappelijk literatuur waarin omics, bioinformatics, en/of systeembiologie worden gebruikt te lezen en te begrijpen;
• Geavanceerde software (bv ‘R’) alsmede Cloud en Unix systemen te gebruiken voor data analyse;
• De rol van juridische en ethische aspecten van genomics onderzoek (in screening) in beschouwing te nemen.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Laptop practica

Het deelnemen aan de laptop practica is verplicht omdat deze sterk bijdragen aan begrip van de hoorcolleges. Als een laptop practicum niet tijdig wordt ingeleverd dan volgt een onvoldoende beoordeling voor het gehele vak OMICS in Biomedische Wetenschappen. Indien een practicum niet kan worden bijgewoond of indien een practicum niet tijd kan worden ingeleverd dan dient de student vooraf contact op te nemen met de coördinator van het vak.

Het practicum ‘Inleiding R’ wordt via Canvas aangeboden voor de studenten die hier nog geen ervaring mee hebben. Dit practicum is geen onderdeel voor het eindcijfer. Aanwezigheid bij de hoorcolleges wordt sterk aanbevolen omdat de ervaring leert dat het niet bijwonen van colleges leidt tot lage scores voor de tentamens.

Toetsing

Weging onderdelen

Beide deeltentamens wegen voor 50% mee. De deeltentamens samen tellen voor 90% mee in het eindcijfer. De laptop practica maken 10% uit van het eindcijfer. De student is geslaagd voor de cursus als het afgeronde eindcijfer 5.5 of hoger bedraagt en als het laptop practicum met voldoende is beoordeeld (0.5 of hoger). Bij een onvoldoende beoordeling voor het schriftelijk tentamen plus laptop practica is een hertentamen mogelijk.

Hertentamen

Het hertentamen omvat alle leerstof van het vak. Afzonderlijke deeltentamens kunnen niet herkanst worden. In geval van een hertentamen wordt het cijfer van de laptop practica niet meegenomen in het bepalen van het eindcijfer. 

Algemeen:

1. Cijfers worden gegeven op een schaal van 1 tot en met 10. Cijfers worden gegeven met maximaal 1 decimaal achter de komma.
2. Ingeval het eindcijfer een gewogen gemiddelde is, wordt het berekend met cijfers met 1 decimaal achter de komma.
3. Het eindcijfer 5,5 of hoger geldt als voldoende.

Inzage toetsing

Om een inzagemoment aan te vragen, kun je contact opnemen met de coördinator.

Opdrachten

Laptop practica

• Computerpractica mbt omics, bioinformatica, en systeembiologie

Plenaire werkcolleges

• Plenaire werkcolleges

Laptop practica

In dit vak zijn 10 laptop practica opgenomen waarin u wordt geleerd om omics data te analyseren of mathematische modellen op te stellen en uit te rekenen. Deze practica betreffen (1) analyse van exome sequencing data, (2) publieke biologische databases, (3,4, 5) analyse van transcriptomics data (6) Analyse van microbioom data, (7) pre-processing van metabolomics data, (8) processing van metabolomics data, (9) Integratieve systeembiologie, en (10) opstellen en uitrekenen van mathematische modellen.

Recidivisten die de laptop practica al eerder hebben gemaakt en deze met een voldoende hebben afgesloten (=cijfer 0.5 of meer) hoeven niet opnieuw de practica te volgen. Aangeraden wordt om de (eventuele nieuwe) practica wel te maken in verband met begrip van de leerstof.

Plenaire werkcolleges

Voor de meeste onderdelen van het vak is een plenair werkcollege geplanned van (meestal) 1 uur. Dit werkcollege is niet verplicht. Tijdens deze werkcolleges wordt middels opdrachten de tentamenstof geoefend. 

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

Aanmelden

Je moet jezelf aanmelden via het systeem SIS. Zie voor meer informatie hierover www.student.uva.nl/sis

Als je je aanmeldt voor een vak word je ook automatisch ingeschreven voor het bijbehorende tentamen en voor eventuele andere toetsvormen van dat vak.

Niet aan voldaan

Als je om aantoonbare zwaarwegende redenen niet aan alle samenstellende onderdelen kunt voldoen, dien je je voorafgaand aan het toetsingsmoment (tentamen, inleveren opdracht, inleveren paper etc.) te melden bij de studieadviseurs. In geval van aantoonbaar zwaarwegende omstandigheden wordt er in samenspraak met de docent gekeken of er een andere oplossing mogelijk is.

Canvas

Op Canvas vind je de noodzakelijke aanvullende informatie, zoals de groepsindeling van de werkcolleges, de opdrachten. Bekijk Canvas dus met grote regelmaat (via de mobile App)!

Verwachte voorkennis

• Basis statistiek
• Moleculaire biologie
• R/Rstudio

Verwerking vakevaluaties

Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties.

• De Syllabus is geupdate: hoofdstuk GWAS is verwijderd. Hoofstuk Integrative Systems Biology is toegevoegd (Anna Heintz Buschart).
• Juridische en ethische aspecten van omics/diagnostiek is weer toegevoegd (Corrette Pleom, Rachel van Hellemondt).
• Het microbioom onderdeel is uitgebreid (Mark Davids).
• Laptop college Integrative Systems Biology toegevoegd (Anna Heintz Buschart)
• Er is een online college toegevoegd als technische voorbereiding (inloggen op SURFsara cloud) op het laptop college Exome Sequencing.
• Werkcolleges zijn uitgebreid. Hierdoor zijn een aantal hoorcolleges veranderd in zelfstudie (syllabus, video, powerpoints). 
• Studiegids en -wijzer is geupdate

Contactinformatie

Coördinator

• prof. dr. Antoine van Kampen

Bioinformatics Laboratory, Amsterdam University Medical Centers (location AMC), 020-5667096, a.h.vankampen@amsterdamumc.nl

Coordinator 2: Martijs Jonker, SILS, 020-5257939, m.j.jonker@uva.nl

Docenten

• dr. M. Davids
• dr. Rob Dekker
• dr. ir. Huub Hoefsloot
• dr. A. Jongejan
• dr. M.J. Jonker
• dr. F.M. van der Kloet
• dr. M.L. Pras-Raves
• B.D.C. van Schaik
• dr. D. Speijer
• dr. J.A. Westerhuis
• dr. Jeroen Guikema
• dr. Anna Heintz Buschart