Moleculaire Technieken en Immunologie BMW/GNK

Molecular Techniques and Immunology

6 EC

Semester 1 & 2, periode 3, 6

5052MTIB6Y

Eigenaar Bachelor Biomedische Wetenschappen
Coördinator Richard de Boer
Onderdeel van Dubbele bachelor Biomedische Wetenschappen en Geneeskunde, jaar 2

Studiewijzer 2021/2022

Globale inhoud

De technieken die in deze cursus aan bod zullen komen behoren toe aan de vakgebieden immunologie, moleculaire biologie en biochemie. De practica, welke de ruggegraad vormen van deze cursus, zijn onderverdeeld in de volgende samenhangende onderwerpen:

In de eerste twee weken zullen de studenten kennis maken met de een aantal humorale en immunologische technieken, zoals bijvoorbeeld isoleren van antistoffen, immunoassay en immuno-affiniteitschromatografie, isoleren en kweken van lymfocyten en fagocytose assay. Ook zullen er een aantal verschillende immunologische technieken en onderzoeksmethoden theoretisch aan bod komen. De studenten zullen hun eigen immunologische experimenten uitvoeren en de resultaten rapporteren in een labjournaal.

Tijdens deze cursus ontwikkelt de deelnemer praktische vaardigheden in de recombinant DNA technologie en biochemie. De zgn. moleculaire technieken die hierbij gebruikt worden vormen de basis van de vakgebieden moleculaire biologie en biochemie, en worden derhalve vaak toegepast in het biomedisch en celbiologisch onderzoek. Ook zal kennis worden gemaakt met een aantal bio‐informatica hulpmiddelen en computerprogramma’s die in deze disciplines veel worden gebruikt. Dit vak valt in de leerlijn Academische Vaardigheden en Onderzoeksvaardigheden, sluit aan op het vak Moleculaire Celbiologie BMW en is vereiste voorkennis voor het vak Medische Moleculaire Biologie. Tijdens dit practicum wordt een recombinant fosfatase gekloneerd, geproduceerd en biochemisch gekarakteriseerd. Er wordt dus aan één lang experiment gewerkt met een aanpak en planning die zeer dicht bij een werkelijke onderzoekssituatie ligt.

  • BLAST
  • (in silico) klonering
  • (kolonie)PCR
  • gel-elektroforese
  • DNA digestie
  • ligatie
  • transformatie
  • sequensen
  • eiwitzuivering
  • SDS-PAGE

Studiemateriaal

Literatuur

  • Aanbevolen naslagwerken: Molecular Biology of the Cell, 6 th Edition en Janeway’s Immunobiology 8th edition of Parham The Immune System 3e of 4e editie

Syllabus

  • Practicum handleiding (Immunologie deel) (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)
  • Practicum handleiding (Moleculaire biologie en biochemie deel) (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)

Practicummateriaal

  • Labjournaal (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)
  • Een laboratoriumjas en -bril zijn verplicht.

Software

  • CLC workbench

Leerdoelen

  • De student is in staat om de theoretische achtergronden (concepten) van de volgende experimenten en technieken uit te leggen: Isolatie van antistoffen met Proteine-A-sepharose, ELISA, Immuno-affiniteits chromatography, Bioassay : adalimumab antistoffen aantonen met WEHI cellen, Isolatie van bloed cellen, Bloedcel suspensies tellen, Bloedcompositie bepalen met immunomagnetisch technieken, Immunoperoxidase labelling van cryosections, oxidase-activiteit van granulocyten.
  • De student is in staat om bovenstaande technieken te combineren om toe te passen op experimenteel onderzoek
  • De theoretische en praktische achtergronden van de volgende technieken uitleggen: Bereiding van poly- en monoklonale antistoffen, Data-analyse aan de hand van een dose response curve.
  • De student is in staat om methodologische problemen op te sporen, op te lossen en onderbouwde experimentele alternatieven aan te dragen
  • De student kan de praktische technieken en vaardigheden benodigd op het gebied van moleculaire biologie en biochemie begrijpen.
  • De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitleggen
  • De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitvoeren
  • Een (generiek) protocol interpreteren en uitvoeren.
  • De student kan relevante software en bioinformatica hulpmiddelen gebruiken om DNA/RNA/Eiwit sequenties te analyseren
  • De student kan de uitvoering, resultaten en conclusies van de experimenten in het labjournaal bondig en inhoudelijk correct weergeven
  • De student is in staat om steriel te werken
  • De student is in staat om het gebruik van antistoffen in het laboratorium te begrijpen
  • De student is in staat om de juiste controles bij een experiment te gebruiken
  • De student is in staat om cellen te kweken en deze microscopisch te analyseren
  • De student is in staat om professioneel te communiceren met collegae, medestudenten en docenten
  • De student is in staat om deel te nemen aan een wetenschappelijke discussie
  • De student is in staat om uit te leggen wat er onder een professionele lab- (academische-)houding wordt verstaan en je hiernaar gedragen
  • De student is in staat om de algemene veiligheidsregels (voor mens en milieu) te benoemen en deze correct toe te passen

Onderwijsvormen

  • (Computer)practicum
  • Zelfstudie
  • Hoorcollege

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit

Aantal uur

Hoorcollege

30

Practicum

160

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

  • Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.

Toetsing

Onderdeel en weging Details

Eindcijfer

50%

Moleculaire technieken

Moet ≥ 5.5 zijn, Vereist

15%

Academic attitude - Molecular Techniques

40%

Lab journal - Molecular Techniques

45%

Practical skills - Molecular Techniques

50%

Immunologie

Moet ≥ 5.5 zijn, Vereist

40%

Written exam - Immunology

Vereist

20%

Academic attitude - Immunology

20%

Practical Skills - Immunology

20%

Lab journal - Immunology

Opdrachten

Practica

  • Worden in duo's uitgevoerd

LabBuddy/Snapgene computerpracticum

  • De opdrachten worden in duo's gemaakt. 

Labjournaal

  • Het Labjournaal dient individueel te worden bijgehouden. De fraude en plagiaatregeleing is van toepassing.

 

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Weeknummer Onderwerpen Studiestof
1 Immunologie Colleges en practica
2 Immunologie Colleges en practica
3 Moleculaire technieken Practica
4 Moleculaire technieken (computer)Practica 

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

De cursus zal worden gegeven op het Science Park. Voor de cursus is een vaccinatie tegen hepatitis B verplicht.
Voor het immunologie deel geldt de volgende aanbevolen voorkennis:

  • Janeway’s Immunobiology 8th edition chapter 1,  chapter 4 (par 4.10-4.16), chapter 9 (par. 9.1, 9.4, 9.6, 9.11, 9.17, 9.18), chapter 10 (par. 10.1, 10.3, 10.6, 10.7, 10.14), of
  • Parham The Immune System 3rd edition: Chapter 1, Chapter 2, 2-10 tm 2-11, Chapter 3, 3-1 tm 3-11, Chapter 4, 4-14 tm 4-16, Chapter 5, 5-6 tm 5-16; 5-20, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-13, Chapter 9, 9-4, 9-8 tm 9-10, of
  • Parham The Immune System 4th edition: Chapter 1, Chapter 2, 3-1, 3-2 and 3-13, Chapter 4, 4-14 tm 4-17, Chapter 5, 5-6 tm 5-17, 5-21, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-12, 8-13, 8-14, Chapter 9-3, 9-7 tm 9-10.

Daarbij zullen de opnames van de colleges uit het BMW vak Immunologie theorie en praktijk beschikbaar worden gesteld.

Deze kennis zal voorafgaand aan het practicum getoetst worden en wanneer deze onvoldoende gemaakt wordt is deelname aan het practicumgedeelte niet zinvol.

De voertaal in de cursus zal Engels zijn.

Verwerking feedback studenten

Voor het immunologie deel is de overstap gemaakt van een papieren handleiding naar LabBuddy. Ook zijn er kennisclips ontwikkeld die samen met Labbuddy een integraal onderdeel vormen. De voorbereidende vragen in de tool welke aansluiten op de kennisclips en achtergrondinformatie, voorzien studenten middels gepersonaliseerde feedback van een grondige voorbereiding. Voor het Moleculaire techieken deel is voor het labjournaal een nieuwe opzet gemaakt in ejournal. Dit geeft studenten meer structuur in de opzet van het labjournaal.

Contactinformatie

Coördinator

  • Richard de Boer