Moleculaire Neurobiologie 3

Molecular Neurobiology 3

Studiewijzer 2021/2022

Globale inhoud

Tijdens het vak moleculair neurobiologie 3 ga je, in een groep, onderzoek doen naar de mechanismen die ten grondslag liggen aan de neurodegeneratieve aandoeningen Amyotrofische Laterale Sclerose en de ziekte van Parkinson. Belangrijkste doel van deze cursus is het ontwerpen en uitvoeren van een onderzoeksstrategie.  Een kritische academische houding ligt hieraan ten grondslag. Tijdens de werkbesprekingen wordt literatuur besproken en ga je je eigen experimenten opzetten, die je tijdens de practica gaat uitvoeren. Het vak geeft inzicht in hoe wetenschappelijk onderzoek wordt uitgevoerd in een moleculair neurobiologisch lab aan de UvA (Molecular Neuroscience). 

Studiemateriaal

Literatuur

• Molecular Biology of the Cell (6e druk, Alberts et al.)

Software

• LabBuddy

• ExperD

Overig

• Achtergrondliteratuur (beschikbaar via Canvas en Labbuddy)

Leerdoelen

• wetenschappelijke literatuur selecteren en kritisch inhoudelijk beoordelen.
• een presentatie geven over bevindingen in wetenschappelijk Nederlands en Engels.
• het onderzoeksverslag en presentatie van medestudenten kritisch beoordelen.
• 4. de theoretische achtergronden (concepten) van de volgende experimenten en technieken uitleggen en toepassing op experimenteel onderzoek: Basale aseptische, microbiologische en moleculair biologische technieken waaronder: transiente transfecties; celkweek van Neuro2A cellen; celpreparaten maken; fluorescentie microscopie; MTA-assay; qPCR; SDS-PAGE; Westernblot; Immunocytochemie, eiwit bepaling, cellysaten maken.
• uit een onderzoeksartikel een protocol interpreteren en toepassen op experimenteel onderzoek.
• de verschillende experimentele stappen toelichten, de samenhang hiertussen uitleggen, en toepassen voor methodologische evaluatie van experimenten.
• zelfstandig de empirische cyclus doorlopen en toepassen in experimenteel onderzoek: 1) selecteren literatuur; 2) opstellen onderzoeksvraag en onderzoekshypothese; 3) maken van proefopzet (inclusief voorspellingen); 4) (statistisch) analyseren, interpreteren en bediscussiëren van verkregen resultaten.
• een labjournaal bijhouden, waaruit de uitgevoerde experimenten volledig reproduceerbaar zijn door derden.
• reflecteren op eigen handelen.
• professioneel samenwerken met medestudenten voor het organiseren en coördineren van de onderzoeksgroep met het doel de voorgestelde onderzoeksstrategie (in groepsverband) uit te voeren.
• deelnemen aan een wetenschappelijke discussies (mening naar voren brengen, verantwoorden en overeind houden).
• zich professioneel opstellen in het lab op basis van de opgedane kennis in voorgaande cursussen en op een verantwoorde en veilige manier labwerk verrichten.
• bedenken en beschrijven van een experimentele strategie aan de hand van een eerder geformuleerde hypothese.
• formuleren van een probleemstelling in de vorm van een onderzoeksvraag en hypothese op basis van wetenschappelijke literatuur en beschikbare technieken.
• een conclusie trekken uit verworven data die aansluit op de hypothese, deze evalueren in de context van de bestaande literatuur, en vervolgonderzoek ontwerpen.
• de mechanismen onderliggend aan cellulaire stress interpreteren vanuit de resultaten in model systemen en bestaande literatuur.
• wetenschappelijk presenteren van data, zowel mondeling in een presentatie als schriftelijk in een verslag.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Werkcollege
• Presentatie/symposium
• Zelfstudie
• Begeleiding/feedbackmoment
• Zelfstandig werken aan bijv. project/scriptie
• (Computer)practicum

Hoorcolleges: hoe ontwerp je een onderzoeksstrategie, met (oa) ALS en PD als voorbeelden 

Werkcolleges: bespreking van de gekozen onderzoeksstrategie en uitgevoerde experimenten

Practicum: kritisch en creatief denken, verschillende labvaardigheden

Verdeling leeractiviteiten

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica, veldwerk en werkcolleges in het curriculum is verplicht. Eventueel aanvullende eisen worden per onderdeel in de studiewijzer omschreven. Hier staat ook beschreven wat de eventuele consequenties zijn van het niet nakomen van deze verplichting.

Aanvullende eisen voor dit vak:

Bovenstaande aanwezigheidsplicht geldt ook voor alle 'live' aangeboden online (computer)practica en werkcolleges.

Mocht je wegens persoonlijke omstandigheden (denk hierbij aan ziekte of bijzondere familieomstandigheden) niet kunnen deelnemen aan een verplichte onderwijsbijeenkomst, neem dan direct per e-mail contact op met de vakcoördinator of docent via de gecommuniceerde e-mailadressen. Er wordt dan met je besproken of er mogelijkheden zijn om het onderwijs op een andere wijze te volgen, en zo ja welke.

Ben je langdurig niet in staat om onderwijs te volgen (langer dan 1 week), neem dan ook contact op met de studieadviseur.

NB Covid-19: Houd je te allen tijde aan de RIVM richtlijnen, ook als dit betekent dat je daardoor één of meerdere verplichte onderwijsbijeenkomsten moet missen. Ook hiervoor geldt, neem direct contact op zodat er samen gekeken kan worden naar een oplossing.

Indien practica, besprekingen, of presentatie onderdelen worden gemist kan er een vervangende opdracht worden opgegeven om hier alsnog aan te voldoen. Indien er te veel onderdelen zijn gemist dan wordt dit onderdeel beschouwd als NAV en moet het vak worden herkanst. Dit is altijd in overleg met de vakcoördinator.

Toetsing

Voor alle te toetsen onderdelen geldt dat er minimaal een 5 voor moeten worden gehaald. Short report, presentatie(s) en tentamen zijn herkansbaar. Geen van de onderdelen is compenseerbaar. 

Inzage toetsing

De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.

Tentamens mogen niet worden meegenomen. Kort na het tentamen is er een moment waarop studenten de tentamenvragen kunnen inzien en opmerkingen over tentamenvragen kunnen melden. Datum, tijdstip en plaats worden via Canvas gecommuniceerd. Opmerkingen zullen behandeld worden door de docenten en worden teruggekoppeld via Canvas. Zodra de uitslag van een deeltentamen bekend is, is er een moment waarop studenten hun uitwerking van het tentamen en antwoordmodellen kunnen inzien. Datum, tijdstip en plaats worden via Canvas gecommuniceerd.

Opdrachten

Journal Club

• De studenten lezen papers over ALS en Parkinson’s en presenteren die aan elkaar.

Werkbesprekingen

• Studenten presenteren hun resultaten en plan van aanpak voor de experimentele week. 

Eindpresentatie

• Studenten presenteren hun bevindingen, relateren die aan bestaande literatuur, en geven een diepgaande discussie over hoe hun resultaten zich verhouden tot de onderzoeksvraag in een wetenschappelijke presentatie

Short Report

• Studenten schrijven een wetenschappelijk artikel over hun bevindingen.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Eindtermen

Via de Zichtbare Leerlijnen Creator kun je zien aan welke eindtermen de leerdoelen van deze cursus bijdragen en hoe de  vakleerdoelen, leerlijndoelen en eindtermen van de opleiding aan elkaar gekoppeld zijn:

https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/outcomes 

https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/trajectories

Aanvullende informatie

De inhoud van het vak Moleculaire Neurobiologie sluit aan bij het vak Celbiologie gegeven in jaar 1 en Moleculaire Celbiologie dat onderdeel is van het vak Experimentatie jaar 2 dat gegeven wordt in jaar 2.

Capaciteit: max 60 deelnemers

Verwerking vakevaluaties

Op basis van de vakevaluaties van voorgaande jaren zijn we vorig jaar overgestapt op het gebruik van Labbuddy en ExperD in plaats van een papieren handleiding. Op deze manier willen we de helderheid van het vak vergroten en meer structuur bieden tijdens het practicum. 

Contactinformatie

Coördinator

• dr. S. Mesman