Molecular Genetics
6 EC
Semester 1, periode 2
5052MOGE6Y
Deze cursus behandelt een aantal van de belangrijkste moleculaire signaleringsroutes die kanker kunnen veroorzaken. Dit gebeurt aan de hand van twee humane kankertypes als model. Echter, de behandelde pathways en principes gelden voor alle tumoren.
In de eerste week ligt de focus op een kindertumor, neuroblastoma. We bespreken mutatie-analyse m.b.v. whole-genome tumor-sequencing. Verder bespreken we de cellulaire heterogeniteit en plasticiteit die in de tumor-cellen binnen 1 tumor op kan treden. We behandelen welke epigenetische mechanismen ten grondslag liggen aan deze heterogeniteit en hoe dit experimenteel te analyseren is. De heterogeniteit en plasticiteit van tumorcellen vormen een algemeen geldend proces in kanker en wordt intensief bestudeerd, vanwege het ontwikkelen van therapie-resistentie(s). Daarnaast biedt deze heterogeniteit ook kansen voor nieuwe vormen van combinatie-therapie om verschillende tumorcel-types te remmen en zo het ontwikkelen van relapse tumoren tegen te gaan.
In de tweede week ligt de focus op colon kanker. De verschillende opeenvolgende stappen in het ontstaan van colon kanker -van een kleine poliep tot een uitgezaaide kwaadaardige kanker- zijn klinisch en pathologisch goed beschreven. Van veel stappen is inmiddels de onderliggende genetische verandering bekend en de moleculaire pathways die daarbij geactiveerd zijn. In alle verschillende humane tumor soorten zijn honderden defecte genen bekend. Toch lijken al deze genen maar in een beperkt aantal moleculaire pathways te functioneren. Deze 10-15 pathways reguleren embryogenese, stamcelbiologie en kanker en zijn ook bij veel andere ziekten betrokken. Het begrijpen van deze pathways en wat bekend en vooral nog onbekend is van hun interacties is een belangrijk doel van deze cursus. Aan de hand van deze pathways wordt ook de rol van stamcellen en kankerstamcellen in colon kanker behandeld. Tevens worden nieuwe geneesmiddelen behandeld die deze pathways gericht kunnen remmen.
Een belangrijk aspect van kankeronderzoek is de veelheid aan moleculaire data. In elke tumor kunnen we de mRNA expressie in ca 20.000 humane genen meten. Sequencen van tumor-DNA kan alle gemuteerde genen identificeren, alsmede chromosomale defecten. Maar integratie van deze data in een model waarin duidelijk is hoe de gemuteerde genen de verschillende moleculaire pathways aansturen en een cell oneindig laten delen is nog erg moeilijk. Er is daarom ruim aandacht voor bioinformatische benaderingen om uit de grote hoeveelheid data de meest belangrijke processen te selecteren. Bioinformatica kan tevens beantwoorden welke genen en pathways in een individuele tumor geactiveerd zijn en welke therapie het beste is. Deze bioinformatische analyses zullen in een computerpracticum uitgevoerd worden.
In de derde week ligt de focus op het presenteren van een wetenschappelijk artikel in het Engels. Hierin worden presentatie-vaardigheden verbeterd en wordt de wetenschappelijke inhoud van de eerste en tweede cursusweek verdiept aan de hand van wetenschappelijke literatuur.
De hoorcolleges zullen op Canvas komen.
De cursus wordt gegeven in de vorm van hoorcolleges van veel verschillende docenten. Tevens is er een practicum bioinformatica. Daarnaast verzorgt elke student een presentatie van een gepubliceerd artikel dat inhoudelijk bij de colleges aansluit (in Engels).
|
Activiteit |
Aantal uur |
|
Hoorcollege |
30 |
|
Tentamen |
2 |
|
Praktikum |
1 |
|
Presentaties |
12 |
| zelfstudie |
115 |
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Aanwezigheid bij de hoorcolleges wordt sterk aanbevolen.
Voor het computerpraktikum en de presentatie van de referaten geldt een strikte aanwezigheidsplicht.
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
0.85 (85%) Tentamen | |
|
0.15 (15%) Literature presentation | |
|
Eindcijfer na herkansing | |
|
0.85 (85%) Hertentamen | |
|
0.15 (15%) Literature presentation |
The grade for your presentation (weight 15%) together with the grade for your exam (weight 85%) together make your final grade. The grade for your presentation will be made public after your exam.
De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.
Aan de hand van opdrachten worden de practica (bioinformatische technieken) doorlopen.
De studenten krijgen een artikel toegewezen. De inhoud van dit artikel wordt gepresenteerd aan medestudenten en docenten. De presentatie wordt in het Engels gegeven.
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
Week | Onderwerpen | Studiestof | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | |
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Het vak wordt in het AMC in het Engels gegeven.
Maximum 64 studenten
For general questions, please contact the course coordinator.
For specific questions about week 1 (neuroblastoma, heterogeneity, plasticity, combination therapy), please contact Dr. Johan van Nes (w.j.vannes@amsterdamumc.nl)
For specific questions about week 2 (colon cancer, mutated pathways), please contact Dr. Maarten Bijlsma (m.f.bijlsma@amsterdamumc.nl)
For specific questions about the R2 computer workshop, please contact Lieke Hoyng (l.hoyng@amsterdamumc.nl)
For specific questions about the literature presentations, please contact your workgroupleader (w.j.vannes@amsterdamumc.nl; m.f.bijlsma@amsterdamumc.nl; e.m.westerhout@amsterdamumc.nl)