Moleculaire Technieken

Molecular Techniques

Studiewijzer 2021/2022

Globale inhoud

Tijdens deze cursus ontwikkelt de deelnemer praktische vaardigheden in de recombinant DNA technologie en biochemie. De zgn. moleculaire technieken die hierbij gebruikt worden vormen de basis van de vakgebieden moleculaire biologie en biochemie, en worden derhalve vaak toegepast in het biomedisch en celbiologisch onderzoek. Ook zal kennis worden gemaakt met een aantal bio‐informatica hulpmiddelen en computerprogramma’s die in deze disciplines veel worden gebruikt. Dit vak valt in de leerlijn Academische Vaardigheden en Onderzoeksvaardigheden, sluit aan op het vak Moleculaire Celbiologie BMW en is vereiste voorkennis voor het vak Medische Moleculaire Biologie. Tijdens dit practicum wordt een recombinant fosfatase gekloneerd, geproduceerd en biochemisch gekarakteriseerd. Er wordt dus aan één lang experiment gewerkt met een aanpak en planning die zeer dicht bij een werkelijke onderzoekssituatie ligt.

Technieken die worden gebruikt zijn o.a.:
• BLAST
• (in silico) klonering
• (Kolonie)PCR
• Gel‐elektroforese
• DNA digestie
• Ligatie
• Transformatie
• DNA sequensen (Sanger)
• Eiwitstructuuranalyse
• Eiwitzuivering
• Western blotting
• Basis enzymkinetiek
• Eiwitidentificatie met massaspectrometrie

Studiemateriaal

Literatuur

• Aanbevolen naslagwerk: Molecular Biology of the Cell, 5e Editie of nieuwer.

Syllabus

• Een syllabus is voor deze cursus NIET nodig. Deze is vervangen door de e-learning omgeving LabBuddy (zie onder software).

Practicummateriaal

• Labjournaal (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)

• Een laboratoriumjas wordt beschikbaar gesteld

Software

• LabBuddy (bij aanvang van de cursus worden uitleg en login gegevens verstrekt)

• Snapgene (licentie beschikbaar via datanose)

Leerdoelen

• De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitleggen
• De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitvoeren
• De student kan de met de diverse technieken verkregen gegevens verwerken, interpreteren en gebruiken voor de vervolgstappen in het experiment.
• De student kan een hypothese opstellen voor de functie en biochemische activiteit van een enzym en de verkregen resultaten in combinatie met de wetenschappelijke literatuur interpreteren.
• De student kan het uitgevoerde onderzoeksproject rapporteren in de structuur van een biomedisch wetenschappelijk artikel.
• De student kan relevante software en bioinformatica hulpmiddelen gebruiken om DNA/RNA/eiwit sequenties en eiwitkristalstructuren te analyseren.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• (Computer)practicum
• Zelfstandig werken aan bijv. project/scriptie
• Begeleiding/feedbackmoment
• Werkcollege
• Laptopcollege

Hoorcolleges
Naast een inleidend hoorcollege wordt een instructiecollege gegeven over massaspectrometrie en de analysesoftware MASCOT die bij een computerpracticum wordt gebruikt.

Computerpractica
Tijdens deze cursus worden de volgende computerpractica uitgevoerd:

• LabBuddy / CLC / BLAST– Direct bij de start van de cursus maken de deelnemers vanuit de gegeven onderzoeksvraag en de beschikbare moleculair biologische technieken, een experimentele strategie en planning voor het labwerk.
• MASCOT – Na een korte instructie over de basis van de massaspectrometrie analyseren de deelnemers onder begeleiding hun eigen resultaten met behulp van de MASCOT software.
• iCn3D -  Een web-based tool van NCBI, waarmee de 3d structuur van eiwitten bestudeerd kan worden.

Labwerk
Uitgaande van de gemaakte experimentele aanpak en planning worden onder begeleiding van een practicumassistent de deelexperimenten uitgevoerd, de resultaten verzameld en de data geïnterpreteerd. De uitgevoerde handelingen en verkregen resultaten worden nauwkeurig bijgehouden in het labjournaal. 

Werkgroep
In de tweede week wordt tijdens een interactieve werkgroepbijeenkomst uitleg gegeven en geoefend met het schrijven van een onderzoeksverslag over het onderzoeksproject.

Zelfstandig werken
Het practicumproject wordt afgesloten met het schrijven van een verslag in de Engelse taal en in de vorm van een biomedisch wetenschappelijk artikel. De laatste anderhalve week van het practicum is gereserveerd voor het schrijven van het verslag. Bij het tijdig inleveren van een eerste versie van het verslag wordt feedback gegeven door de assistent. Dit kan gebruikt wordt om een eindversie te schrijven die beoordeeld wordt en meetelt voor het eindcijfer.

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

De tijdens deze cursus uitgevoerde experimenten en de bespreking daarvan worden aan het eind vastgelegd in een verslag dat voor 40% meeweegt in het eindcijfer. De student dient de verslaglegging uit te voeren in de vorm van een Engelstalig biomedisch wetenschappelijk artikel. De basisvaardigheden verworven in het vak Academische Vaardigheden in jaar 1 worden hier verder ontwikkeld richting de schrijfstijl die typerend is voor de biomedische literatuur. Dit zal worden ondersteund door een werkcollege en persoonlijke feedback op een eerste versie van het verslag.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Voor dit vak gelden de aanwezigheidsregels zoals vermeld in het OER. Hoorcolleges zijn facultatief, maar gezien ze fungeren als instructie voor het aansluitende (computer)practicum wordt aanwezigheid aanbevolen. Het introductiecollege op de eerste dag van de cursus bevat belangrijke informatie dus het wordt sterk aangeraden om hierbij aanwezig te zijn.

Voor alle (computer)practica geldt een strikte aanwezigheidsplicht. Geplande afwezigheid dient vooraf overlegd te worden met de vakcoördinator en gecommuniceerd te worden met de dagelijkse begeleider (assistent). Bij overmacht dit zo spoedig mogelijk melden bij de vakcoördinator en de assistent. Bij afwezigheid is er voor de computerpractica gelegenheid tot het zelfstandig maken van de opdrachten op een later tijdstip. Dit zal moeten geschieden in overleg met de assistent/coördinator waarbij een nieuwe deadline voor het inleveren van de opdracht vast zal worden gesteld. Labwerk kan niet worden ingehaald en eventuele achterstand dient besproken te worden met de dagelijkse begeleiding en labpartner.

Mocht je wegens persoonlijke omstandigheden (denk hierbij aan ziekte of bijzondere familieomstandigheden) niet kunnen deelnemen aan een verplichte onderwijsbijeenkomst, neem dan direct per e-mail contact op met de vakcoördinator. De vakcoördinator bespreekt dan met je of er mogelijkheden zijn om het onderwijs op een andere wijze te volgen, en zo ja welke.

Ben je langdurig niet in staat om onderwijs te volgen (langer dan 1 week), neem dan ook contact op met de studieadviseur.

NB Covid-19: Houd je te allen tijde aan de RIVM richtlijnen, ook als dit betekent dat je daardoor één of meerdere verplichte onderwijsbijeenkomsten moet missen. Ook hiervoor geldt, neem direct contact op met de vakcoördinator zodat er samen gekeken kan worden naar een oplossing.

Van de in totaal 12 practicumdagen mag er één gemist worden. Ben je zonder geldige reden vaker dan één labwerkdag afwezig dan wordt er géén eindcijfer geregistreerd. Met opgaaf van geldige reden (bv. ziekte) kunnen maximaal twee labwerkdagen (exclusief de computerpractica) worden gemist. Bij langere afwezigheid ontstaat namelijk een te grote achterstand om nog tot een juiste beoordeling van het praktisch werk te kunnen komen en om een goed eindverslag te kunnen schrijven. 

Toetsing

• Het eindverslag moet uiterlijk op de laatste dag van de cursus (zie deadlines rooster) zijn ingeleverd op Canvas. Verslagen die na de deadline binnenkomen kunnen nog maximaal een 6.0 scoren.
• Tijdens de computerpractica worden verplichte opdrachten uitgevoerd. De hieraan verbonden vragen dienen uiterlijk op de eerste werkdag na het betreffende computerpracticum ingeleverd te zijn.
• Van het labwerk wordt een labjournaal bijgehouden dat éénmalig wordt ingenomen en beoordeeld wordt door de dagelijkse begeleiding. Tussendoor kan op verzoek feedback worden gevraagd op het labjournaal aan de begeleider

Inzage toetsing

Om een inzagemoment aan te vragen, kun je contact opnemen met je begeleider.

Opdrachten

LabBuddy/CLC computerpracticum

• De opdrachten worden in duo's gemaakt. 

MASCOT computerpracticum

• De opdrachten worden in duo's gemaakt.

Verslag

• Het verslag wordt individueel geschreven. De fraude en plagiaatregeleing is van toepassing.

Labjournaal

• Het Labjournaal dient individueel te worden bijgehouden. De fraude en plagiaatregeleing is van toepassing.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

De cursus zal worden gegeven op het Science Park en alterneert voor BMW studenten met de cursus Immunologie Theorie en Practicum (5052TPIM6Y). De cursus Moleculaire Celbiologie BMW is aanbevolen voorkennis.

Verwerking vakevaluaties

Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties.

Er zijn verbeteringen doorgevoerd in de digitale handleiding LabBuddy. In de opzet van het vak is gestreefd naar meer zelfstandigheid voor de student. Canvas is opnieuw ingericht om een beter overzicht te creeeren. 

Contactinformatie

Coördinator

• Richard de Boer

Richard de Boer: Algemene vragen, melden afwezigheid, vragen over het schrijven van het verslag, LabBuddy, iCn3D en Snapgene.

Gertjan Kramer: Vragen over het MASCOT computerpracticum.