6 EC
Semester 2, periode 4
5042KPIB6Y
| Eigenaar | Bachelor Biologie |
| Coördinator | prof. dr. M.A. Haring |
| Onderdeel van | Bachelor Biologie, jaar 2Bachelor Bèta-gamma, major Biologie, jaar 2 |
Welke genen worden geactiveerd bij stress? Waarom bevorderen sommige bacterieën immuniteit? Hoe ontstaat kanker? Hoe wordt een microbe een ziekteverwekker? Om dit soort vragen te beantwoorden worden er vaak grote datasets –“Big Data” gecreëerd. In deze gevallen is analyse van de resultaten met eenvoudige middelen (Excel etc.) niet meer werkbaar.
Om hiermee om te gaan gaat de student leren hoe Big Data gebruikt kunnen worden in het oplossen van biologische vraagstukken (experimental design), welke statistische analyses er gedaan kunnen worden en hoe de resultaten hiervan gevisualiseerd kunnen worden. Studenten leren omgaan met websites en eenvoudige R-scripts die analyse, modellering en visualisatie mogelijk maken. Deze skills worden aan de hand van biologische voorbeelden in de praktijk gebracht (computerpractica en zelfstudie) en door de student in een verslag weergegeven.
Studenten zullen deelnemen aan projecten die verschillende typen biologische data gebruiken. Transcriptomics (RNA-seq) data bijvoorbeeld, dit kan inzicht geven in welke processen die als reactie op een stimulus aangeschakeld worden. Studenten vergelijken een controle en een behandelde situatie om verschillen te identificeren en de biologische processen achter de response te identificeren. Tegenwoordig is het eenvoudig en goedkoop om het genoom van microbe (bacterie / schimmel) compleet te sequencen. Door verschillende genomen met elkaar te vergelijken kunnen we identificeren welke genen ten grondslag liggen aan bepaalde eigenschappen en evolutionaire veranderingen in biologische processen reconstrueren. Met Next Generation Sequencing technieken kunnen we complexe microbiële ecosystemen in kaart brengen en interacties tussen microben en hun omgeving blootleggen.
Het project:
Studenten bewerken zelf een dataset behorend bij een biologische vraagstelling en presenteren hun resultaten in een verslag.
In deze cursus zal ook aandacht besteed worden aan data management en ethisch aspecten van Big Data. Hoe gaan wetenschappers om met data uit publieke projecten?
Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2014) Molecular biology of the cell. Sixth edition. Taylor & Francis Inc
Aanvullende documenten worden tijdens het vak via Canvas beschikbaar gemaakt
o.a. R en R studio. Wordt beschikbaar gemaakt voorafgaand of tijdens practica.
|
Activiteit |
Uren |
|
|
Hoorcollege |
20 |
|
|
Laptopcollege |
6 |
|
|
Project |
8 |
|
|
Tentamen |
|
|
|
Werkcollege |
38 |
|
|
Zelfstudie |
96 |
|
|
Totaal |
168 |
(6 EC x 28 uur) |
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
1 (20%) Assignment Gene characterization Arabidopsis | Moet ≥ 5 zijn |
|
1 (20%) Assignment Ecological Data | Moet ≥ 5 zijn |
|
1 (20%) Assignment Microbiome data analysis | Moet ≥ 5 zijn |
|
0.5 (10%) Assignment genome alignment | Moet ≥ 5 zijn |
|
0.5 (10%) Assignment Phylogenomics | Moet ≥ 5 zijn |
|
1 (20%) Assignment RNA-seq module | Moet ≥ 5 zijn |
Studenten kunnen zich melden bij de cursuscoordinator voor toelichting op de beoordeling die in Canvas gepubliceerd is
Na het bekend maken van de eindcijfers kan er contact opgenomen worden met de cursuscoordinator
Er worden 5 verplichte opdrachten gemaakt: Databases/gene annotation; Ecological Data; Genome comparison/Phlygenomics; Microbiome analysis; RNAseq analysis. Deze worden allen beoordeeld en becijferd. Totaal maakt dit 100% van het eindcijfer
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
| Weeknummer | Onderwerpen | Studiestof |
| 1 | ||
| 2 | ||
| 3 | ||
| 4 | ||
| 5 | ||
| 6 | ||
| 7 | ||
| 8 |
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Let op: Dit vak is in principe niet toegankelijk voor bijvakkers omdat het een projectvak betreft en daarmee een beperkte onderwijscapaciteit heeft.
Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties: De cursus wordt in 2022 gegeven aan de hand van 5 opdrachten. Er is geen tentamen meer.