Evolutiebiologie

Evolutionary Biology

Studiewijzer 2020/2021

Globale inhoud

De cursus geeft een breed overzicht van het vakgebied Evolutiebiologie aan de hand van onderwerpen uit de evolutionaire ecologie, evolutionaire genetica en fylogenie. Evolutionaire ecologie omvat de dynamica van fenotypische kenmerken en gedrag (aangeduid als strategieën) van individuen in populaties. Inzicht in dit vakgebied wordt gedoceerd aan de hand van drie (deels eerder geleerde) theoretische kaders: optimalisatietheorie, evolutionaire speltheorie, en adaptieve dynamica. Evolutionaire genetica wordt behandeld met nadruk op inzicht in evolutionaire processen als drift, adaptatie, en populatiedifferentiatie. Diverse typen kenmerken waarmee differentiatieprocessen bestudeerd kunnen worden passeren de revue. Oorzaken van populatie- en soortverschillen in mate van genetische variatie en in ruimtelijke verdeling van deze variatie worden besproken. De disciplines evolutionaire genetica en evolutionaire ecologie komen samen in onderwerpen als verwantschapsselectie en  seksuele selectie. Beide disciplines bestuderen micro-evolutie maar slaan een brug naar macro-evolutie en fylogenie middels de inzichten in de vorming van nieuwe soorten. Evolutionaire processen leiden tot een hiërarchisch geordende verscheidenheid (biodiversiteit). De fylogenie bestudeert de genealogische verwantschappen tussen soorten en hogere eenheden. Aan de orde komen o.a. principes van de fylogenetische analyse, moleculaire en morfologische kenmerken en hun analyse, moleculaire evolutie/substitutiemodellen, maximum parsimony, maximum likelihood, en Bayesiaanse methode.

De studiestof van de cursus Genetica & Evolutie wordt als bekend beschouwd. De benodigde studiestof hiervoor staat in het studieboek van deze cursus, H. 5 en H. 6.1. Nadere beschrijving van de benodigde kennis staat in de reader.  Als de student beheersing van deze stof wil testen: er wordt op de Canvas site van de cursus een multiple-choice toets beschikbaar gesteld hiervoor.

Leerdoelen

• De belangrijkste concepten in de fylogenie, de evolutionaire genetica en evolutionaire ecologie (voor zover van toepassing op het niveau van de populatie en levensgemeenschap) uitleggen.
• Evolutionair-genetische en fylogenetische begrippen en processen definiëren en beschrijven.
• Deze begrippen toepassen in evolutionair-genetische studies.
• Algemene evolutionair-ecologische theorieën (optimalisatie, speltheorie, adaptieve dynamica) beschrijven en toepassen.
• Relevante fylogenetische technieken uitvoeren.
• Relevante analytische software in populatie-genetica en fylogenie gebruiken.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Werkcollege
• Laptopcollege
• Zelfstudie
• Presentatie/symposium

In deze cursus komen de volgende onderwijsvormen aan bod:

• Hoorcolleges: De theorie van de stof Evolutiebiologie wordt uitgelegd in hoorcolleges. De theorie wordt vervolgens geoefend in werkcolleges en computerpractica (zie onder).
• Werkcolleges: hierin worden oefenvraagstukken behandeld over populatiegenetica, populatie genetische analyse (Fst en AMOVA), etc.
• Laptopcolleges: hierin worden aspecten van de cursus behandeld waarbij computerprogramma’s nodig zijn (populatiegenetische computersimulaties, DNA sequentie analyse, moleculaire fylogenie, etc).
• Presentatie: voor de schrijfopdracht (in het kader van de leerlijn wetenschappelijk schrijven) wordt in deze cursus geoefend met het maken van een samenvatting van een wetenschappelijk artikel (over een zelf te kiezen onderwerp in de Evolutiebiologie). Elke student geeft in kleine kring een samenvattende presentatie van het zelfgekozen artikel, ter stimulering van het schrijven van de samenvatting en om feedback te krijgen op deze samenvatting.  

Zie ook de reader van de cursus.

Verdeling leeractiviteiten

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan (computer)practica, veldwerk en werkcolleges is in principe verplicht. Eventueel aanvullende eisen worden per onderdeel in de studiewijzer omschreven. Hier staat ook beschreven wat de eventuele consequenties zijn van het niet nakomen van deze verplichting.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Aanwezigheid bij de online hoorcolleges wordt sterk aanbevolen, maar is niet vereist. In principe wordt van elk college een kennisclip of inleidende video gepubliceerd via Canvas, en wordt het online hoorcollege via Zoom ook opgenomen en beschikbaar gesteld.

Voor de online werkcolleges en laptopcolleges geldt aanwezigheidsplicht, dat wil zeggen dat je op tijd inlogt in het Zoom college en dat je je video aan hebt.

Mocht je wegens persoonlijke omstandigheden (denk hierbij aan ziekte of bijzondere familieomstandigheden) niet kunnen deelnemen aan een verplichte onderwijsbijeenkomst, neem dan direct per e-mail contact op met de vakcoördinator. De vakcoördinator bespreekt dan met je of er mogelijkheden er zijn om het onderwijs op een andere wijze te volgen, en zo ja welke.

Ben je langdurig niet in staat om onderwijs te volgen (langer dan 1 week), neem dan ook contact op met de studieadviseur.

NB Covid-19: Houd je te allen tijde aan de RIVM richtlijnen, ook als dit betekent dat je daardoor één of meerdere verplichte onderwijsbijeenkomsten moet missen. Ook hiervoor geldt, neem direct contact op met de vakcoördinator zodat er samen gekeken kan worden naar een oplossing.

Voor alle werkcolleges en laptopcolleges zijn alternatieven beschikbaar indien je verhinderd bent.

Toetsing

In totaal wordt 30 % (hetgeen gelijk staat aan 100 punten) van het eindcijfer van de cursus Evolutiebiologie theorie bepaald door de activiteiten van iedere student. De 100 punten zijn als volgt verdeeld: er zijn in totaal 35 punten te scoren voor alle antwoorden die je geeft op opdrachten (model-tentamenvragen) van evolutionaire ecologie (Martijn Egas). Voor de werkcolleges en computerpractica van de onderdelen evolutionaire genetica en fylogenie: zijn er ook opdrachten waarmee je in totaal 30 punten kan verdienen. Daarnaast zijn er 15 punten voor het presenteren en 20 punten voor het schrijven van een samenvatting van een recent artikel uit de evolutiebiologische literatuur (deadline inleveren 29 januari 23:59; uitleg opdracht in de reader en op Canvas).

Een gedetailleerd overzicht van deze puntenverdeling is te vinden in het overzicht van de cursus per les, die als Excel-file beschikbaar is op de Canvas site, en ook voorin de reader staat.

Inzage toetsing

Inzage tentamen: mail voor een afspraak de cursus coordinator.

Opdrachten

Werkcolleges/computerpractica Evolutionaire genetica: oefenvragen, rekensommen en computeropdrachten (in groepjes)

Evolutionaire ecologie: oefenvragen (zelfstudie; model tentamenvragen; bij voorkeur in 2- of 3-tallen)

Schrijven en presenteren: samenvatting recent artikel uit de literatuur (individueel)

Zie ook de reader van de cursus.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Verwerking vakevaluaties

Dit vak gaat voor het eerst online gegeven worden. Voor de samenvattingsopdracht is naar aanleiding van de evaluatie van vorig jaar nu een presentatie van de samenvatting toegevoegd, zodat studenten voor het inleveren van de samenvatting al feedback kunnen krijgen op de inhoud van de samenvatting. Feedback op de tekst van de samenvatting (afgezien van het cijfer) wordt via de schrijf-leerlijn geregeld in periode 4.

Contactinformatie

Coördinator

• Martijn Egas