Studiewijzer 2020/2021

Globale inhoud

De technieken die in deze cursus aan bod zullen komen behoren toe aan de vakgebieden immunologie, moleculaire biologie en biochemie. De practica, welke de ruggegraad vormen van deze cursus, zijn onderverdeeld in de volgende samenhangende onderwerpen:

In de eerste twee weken zullen de studenten kennis maken met de een aantal humorale en immunologische technieken, zoals bijvoorbeeld isoleren van antistoffen, immunoassay en immuno-affiniteitschromatografie, isoleren en kweken van lymfocyten en fagocytose assay. Ook zullen er een aantal verschillende immunologische technieken en onderzoeksmethoden theoretisch aan bod komen. De studenten zullen hun eigen immunologische experimenten uitvoeren en de resultaten rapporteren in een labjournaal.

De daaropvolgende twee weken zal de focus liggen op moleculair biologische en biochemische technieken. In dit deel wordt de functie en activiteit van een van de twee voornaamste allergenen van de huisstofmijt Dermatophagoides pteronyssinus bestudeerd. Er zal hierbij ook kennis worden gemaakt met een aantal bio-informatica tools die in deze disciplines veel worden gebruikt. Het practicum volgt een lintstructuur. Dit houdt in dat er aan één lang experiment wordt gewerkt, waarbij elke dag verder wordt gewerkt met het materiaal dat de dag ervoor is verkregen. Technieken die worden gebruikt zijn o.a.:

BLAST
(in silico) klonering
(kolonie)PCR
gel-elektroforese
DNA digestie
ligatie
transformatie
sequensen
eiwitzuivering
SDS-PAGE
Western Blot

Studiemateriaal

Literatuur

Aanbevolen naslagwerken: Molecular Biology of the Cell, 6 th Edition en Janeway’s Immunobiology 8th edition of Parham The Immune System 3e of 4e editie

Syllabus

Practicum handleiding (Immunologie deel)

Practicummateriaal

Labjournaal (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)
Een laboratoriumjas en -bril zijn verplicht.

Software

CLC workbench, Labbuddy (inloggegevens worden verstrekt)

Leerdoelen

De student is in staat om de theoretische achtergronden (concepten) van de volgende experimenten en technieken uit te leggen: Isolatie van antistoffen met Proteine-A-sepharose, ELISA, Immuno-affiniteits chromatography, Bioassay : adalimumab antistoffen aantonen met WEHI cellen, Isolatie van bloed cellen, Bloedcel suspensies tellen, Bloedcompositie bepalen met immunomagnetisch technieken, Immunoperoxidase labelling van cryosections, oxidase-activiteit van granulocyten.
De student is in staat om bovenstaande technieken te combineren om toe te passen op experimenteel onderzoek
De theoretische en praktische achtergronden van de volgende technieken uitleggen: Bereiding van poly- en monoklonale antistoffen, Data-analyse aan de hand van een dose response curve.
De student is in staat om methodologische problemen op te sporen, op te lossen en onderbouwde experimentele alternatieven aan te dragen
De student kan de praktische technieken en vaardigheden benodigd op het gebied van moleculaire biologie en biochemie begrijpen.
De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitleggen
De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitvoeren
Een (generiek) protocol interpreteren en uitvoeren.
De student kan relevante software en bioinformatica hulpmiddelen gebruiken om DNA/RNA/Eiwit sequenties te analyseren
De student kan de uitvoering, resultaten en conclusies van de experimenten in het labjournaal bondig en inhoudelijk correct weergeven
De student is in staat om steriel te werken
De student is in staat om het gebruik van antistoffen in het laboratorium te begrijpen
De student is in staat om de juiste controles bij een experiment te gebruiken
De student is in staat om cellen te kweken en deze microscopisch te analyseren
De student is in staat om professioneel te communiceren met collegae, medestudenten en docenten
De student is in staat om deel te nemen aan een wetenschappelijke discussie
De student is in staat om uit te leggen wat er onder een professionele lab- (academische-)houding wordt verstaan en je hiernaar gedragen
De student is in staat om de algemene veiligheidsregels (voor mens en milieu) te benoemen en deze correct toe te passen

Onderwijsvormen

(Computer)practicum
Zelfstudie
Hoorcollege

Tijdens het practicum worden experimenten uitgevoerd. Deze worden tijdens de werkgroepen en zelfstudie voorbereid en uitgewerkt.

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit	Aantal uur
Hoorcollege	30
Practicum	160

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.

Toetsing

Onderdeel en weging	Details	Opmerkingen
Eindcijfer
1 (50%) Immunology		Moet 5,5 of hoger zijn
20% Tentamen digitaal (Immunology)
10% Laboratory Notebook
10% Understanding
10% Motivation
1 (50%) Molecular Techniques		Moet 5,5 of hoger zijn
15% Practical work
15% Academic attitude
20% Laboratory Notebook

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Weeknummer	Onderwerpen	Studiestof
1
2
3
4

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

De cursus zal worden gegeven op het Science Park. Voor de cursus is een vaccinatie tegen hepatitis B verplicht.
Voor het immunologie deel geldt de volgende aanbevolen voorkennis:

Janeway’s Immunobiology 8th edition chapter 1, chapter 4 (par 4.10-4.16), chapter 9 (par. 9.1, 9.4, 9.6, 9.11, 9.17, 9.18), chapter 10 (par. 10.1, 10.3, 10.6, 10.7, 10.14), of
Parham The Immune System 3rd edition: Chapter 1, Chapter 2, 2-10 tm 2-11, Chapter 3, 3-1 tm 3-11, Chapter 4, 4-14 tm 4-16, Chapter 5, 5-6 tm 5-16; 5-20, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-13, Chapter 9, 9-4, 9-8 tm 9-10, of
Parham The Immune System 4th edition: Chapter 1, Chapter 2, 3-1, 3-2 and 3-13, Chapter 4, 4-14 tm 4-17, Chapter 5, 5-6 tm 5-17, 5-21, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-12, 8-13, 8-14, Chapter 9-3, 9-7 tm 9-10.

Daarbij zullen de opnames van de colleges uit het BMW vak Immunologie theorie en praktijk beschikbaar worden gesteld.

Deze kennis zal voorafgaand aan het practicum getoetst worden en wanneer deze onvoldoende gemaakt wordt is deelname aan het practicumgedeelte niet zinvol.

De voertaal in de cursus zal Engels zijn.

Verwerking vakevaluaties

Voor het moleculaire deel is LabBuddy geintroduceerd. Dit zou het overzicht en inzicht in de samenhang moeten vergroten

Contactinformatie

Coördinator

Richard de Boer

Eigenaar	Bachelor Biomedische wetenschappen
Coördinator	Richard de Boer
Onderdeel van	Dubbele bachelor Biomedische wetenschappen en Geneeskunde, jaar 2

Moleculaire Technieken en Immunologie BMW/GNK