Studiewijzer 2020/2021
Globale inhoud
Onderstaande onderdelen zullen worden behandeld gedurende het vak:
- Structuur en werking van het genetisch materiaal, celdeling, celcyclus en controle
- Basale genetica, mutaties en extra-nucleaire overerving
- Moleculaire mechanismen van DNA-replicatie, transcriptie en translatie
- Virussen, prokaryoten en eukaryoten; eukaryote genexpressie
- Recombinant-DNA technologie en genetische modificatie
- Relatie tussen DNA-afwijkingen en ziekten
- Ontstaan van het leven op Aarde, (moleculaire) evolutie, soortvorming en ontstaan van de mens
- Genomische informatie en reconstructie van de fylogenie
- Kwantitatieve genetica en complexe eigenschappen
Studiemateriaal
Literatuur
Practicummateriaal
- Practicumhandleiding
- Labjournaal
- Labjas (verplicht voor het practicum in alle cursussen)
Software
Overig
- Watervaste stiften zwart en rood (FIJN), dus niet medium of groter
Leerdoelen
- aan de hand van resultaten van empirische onderzoek en een aantal theorieën uitleggen hoe vermoedelijk het leven op aarde is ontstaan.
- rekenen met Mendels wetten, analyses aan de hand van stambomen verrichten en kan uitleggen welke moleculair biologische mechanismen ten grondslag liggen aan Mendels wetten.
- aan de hand van kruisingsproeven een genen kaart maken en interacties tussen genen vast stellen.
- de structuur van DNA beschrijven en kan uitleggen hoe DNA repliceert. De student kan uitleggen hoe fouten in de DNA replicatie tot chromosomale afwijkingen kunnen leiden en de oorzaak en het fenotype van een aantal veel voorkomende chromosomale afwijkingen uitleggen.
- uitleggen hoe transcriptie verloopt en wordt gereguleerd.
- uitleggen hoe genexpressie in eukaryoten wordt gereguleerd door transcriptiefactoren, chromatine veranderingen, epigenetiche modificaties en miRNA's.
- de theoretische achtergrond van veel gebruikte Moleculair biologische technieken als PCR kloneren en sequensen uitleggen en de student kan verzinnen hoe deze technieken kunnen worden ingezet om onderzoeksvragen te beantwoorden.
- uitleggen hoe een genoom wordt gesequenced, geassembleerd en geannoteerd.
- uitleggen hoe transposons, mutaties en het DNA reparatie systeem tot veranderingen in het genoom kunnen leiden en hoe deze veranderingen tot ziektes als kanker kunnen leiden.
- aan de hand van de wet van Hardy-Weinberg allel frequenties in populaties bereken. De student kan uitleggen hoe inteelt drift en selectie de allel frequenties in populaties veranderen.
- een eenvoudig model voor kwantitatieve genetische eigenschappen formuleren en hier aan rekenen. De student kan de erfelijkheid van complexe psychische en fysieke eigenschappen berekenen aan de hand van tweeling studies. De student kan uitleggen hoe AFLP en GWA kunnen worden gebruikt om markers te vinden die geassocieerd zijn met een complexe erfelijke eigenschap.
- uitleggen welke principes ten grondslag liggen aan evolutie. De student kan uitleggen wat de "neutrale theorie van moleculaire evolutie" is en hoe deze gebruikt kan worden om vast te stellen of bepaalde stukken DNA aan selectie onderhevig zijn. De student kan uitleggen hoe nieuwe genen ontstaan.
- uitleggen hoe genexpressie wordt gecoördineerd tijdens de vroege embryonale ontwikkeling en de student kent de rol die deze geconserveerde genen in de evolutie hebben gespeeld.
- uitleggen welke processen tot soortvorming leiden en de student kan beschrijven hoe een fylogenie wordt geconstrueerd
- de evolutionaire geschiedenis van de mens samenvatten. De student kan uitleggen hoe aan de hand van genetisch onderzoek kan worden bepaald hoe de mens zich over de wereld heeft verspreid. De student kan de hand van voorbeelden uitleggen hoe genetische veranderingen de evolutie van het brein hebben beïnvloed
- uitleggen wat er onder een professionele academische houding wordt verstaan en zich hiernaar gedragen, is in staat te reflecteren op het eigen handelen en is in staat een zelfstandige wetenschappelijke werkwijze en houding te ontwikkelen.
- de theoretische achtergronden (concepten) van de volgende experimenten en technieken uitleggen en toepassen in experimenteel onderzoek: Basale aseptische en microbiologische technieken, tetradenanalyse, karyotypering, conjugatie, genkartering, basale moleculaire genetica / moleculaire technieken (PCR, gelelektroforese en RFLP).
Onderwijsvormen
- Hoorcollege
- Werkcollege
- Zelfstudie
- Practica
- Web portal (LaunchPad) met interactieve oefeningen
- (Computer)practicum
- Laptopcollege
- Hoorcolleges
- Werkcolleges
- Practica
- Web portal (LaunchPad) met interactieve oefeningen
- Zelfstudie
Verdeling leeractiviteiten
|
Activiteit
|
Aantal uur
|
|
Deeltoets
|
3 |
|
Hoorcollege
|
32 |
|
Practicum
|
28 |
|
Werkcollege
|
14 |
|
Zelfstudie
|
91 |
Academische vaardigheden
De studenten wordt in stappen geleerd hoe de empirische cyclus wordt gebruikt in het onderzoek.
Aanwezigheid
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
-
Deelname aan alle practica, computerpractica, veldwerk en werkcolleges in het curriculum is verplicht. Eventueel aanvullende eisen worden per onderdeel in de studiewijzer omschreven. Hier staat ook beschreven wat de eventuele consequenties zijn van het niet nakomen van deze verplichting.
Toetsing
| Onderdeel en weging
|
Details
|
|
| |
|
| |
De toetsen bepalen 80% van het eindcijfer en er wordt cumulatief getoetst. De theorietoetsen zijn onderverdeeld in twee deeltoetsen. Deeltoets 1 maakt 20% van het eindcijfer uit en deeltoets 2 60%. Het practicumcijfer bepaald de overige 20% van het eindcijfer.
Het practicum dient met een voldoende te worden afgesloten
Inzage toetsing
De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.
Fraude en plagiaat
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
Weekplanning
| Weeknummer | Onderwerpen | Studiestof |
| 1 | | |
| 2 | | |
| 3 | | |
| 4 | | |
| 5 | | |
| 6 | | |
| 7 | | |
| 8 | | |
Rooster
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Eindtermen
Via de Zichtbare Leerlijnen Creator kun je zien aan welke eindtermen de leerdoelen van deze cursus bijdragen en hoe de vakleerdoelen, leerlijndoelen en eindtermen van de opleiding aan elkaar gekoppeld zijn:
https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/outcomes
https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/trajectories
Zie de studiewijzer voor nadere informatie.
Verwerking vakevaluaties
Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties.
Coördinator
Docenten
- L.A. Anderson MSc
- dr. Hans Breeuwer
- dr. Cato Drion
- dr. Veerle Eggens
- Luna van der Gun
- L. Hagedoorn
- Anna van Harmelen
- Enzo van Leeuwen
- M. Leijtens BSc
- Parcival Maissan BSc
- Marlijn van der Poel
- Roan van Scheppingen MSc
- dr. Eleni Spyropoulou
- Benjamin Tak
- D.M. Urbach
- Inez Verdaasdonk
- dr. Chantal Vlaskamp
- Cato de Vos MSc