Studiewijzer 2019/2020

Globale inhoud

Basis Statistiek en Wiskunde in Biomedische Wetenschappen 2

De vakken Basis Statistiek en Wiskunde in Biomedische Wetenschappen 1 & 2 worden als een lint gegeven gedurende periode 1, 2, 3 en 4. Binnen deze twee vakken zijn het wiskunde onderdeel en het statistiek onderdeel niet onderling compenseerbaar. Voor zowel het wiskunde onderdeel als het statistiek onderdeel geldt dat er een doorlopende opbouw in de vakken Basis Statistiek en Wiskunde in Biomedische Wetenschappen 1 & 2 zit. Om deze leerlijn en de uiteindelijke leerdoelen duidelijk te maken worden hieronder voor ieder onderdeel eerst de algemene leerdoelen geformuleerd. Daarna wordt kort aangegeven welke onderdelen van deze algemene leerdoelen worden gegeven in het vak Basis Statistiek en Wiskunde in Biomedische Wetenschappen 2

Studiemateriaal

Literatuur

- The Analysis of Biological Data. Whitlock and Schluter, 2nd edition, 2015. ISBN-10: 1-936221-48-9; ISBN-13: 978-1-936221-48-6; LET OP:dit mag NIET de 1st edition zijn!
- Introductory statistics with R. Springer, 2nd edition, 2008, e-ISBN: 978-0-387-79054-1; LET OP: Niet kopen, dit boek is vrij beschikbaar binnen het uva domein (https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2F978-0-387-79054-1.pdf)

Practicummateriaal

Laptop

Software

- R
- Rstudio
- Excel
- Sowiso

Leerdoelen

een experiment plannen en ontwerpen met inachtneming van de daaropvolgende dataverwerking en de statistische analyse.
relaties tussen numerieke variabelen onderzoeken met behulp van simpele regressie.
relaties tussen een numerieke responsvariabele en meerdere numerieke verklarende variabelen onderzoeken met multiple regressie.
general linear models (LM) fitten en selecteren voor interpretatieve en predicatieve doeleinden.
het effect van verklarende variabelen onderzoeken op bivariaten responsvariabelen met behulp van logistische regressie (GLM)
data die bestaan uit herhaalde metingen analyseren met behulp van mixed effects models (lmer)
differentiëren en afgeleide functies opstellen en deze technieken toepassen voor extrema en stabiliteitsonderzoek van oplossingen van differentiaalvergelijkingen.
nulde- en eerste-orde differentiaalvergelijkingen opstellen om continue dynamische processen te beschrijven, zoals processen van groei, reactiekinetiek en farmacokinetiek.
onderzoek naar stabiliteit en asymptotiek bij autonome eerste-orde differentiaalvergelijkingen uitvoeren.
basistechnieken in de bestudering van dynamische systemen in twee veranderlijken toepassen.
dynamische systemen in de context van regulatie van genexpressie opstellen en analyseren.

Onderwijsvormen

Hoorcollege
Laptopcollege
Zelfstudie

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit	Uren
Digitale Toets	3
Hoorcollege	24
Laptopcollege	36
Vragenuur	2
Werkcollege	0
Zelfstudie	47
Totaal	112	(4 EC x 28 uur)

Academische vaardigheden

Empirische cyclus

De student leer onderzoeksvragen om te zetten in toetsbare hypotheses
De student leer hoe onderzoeksresultaten statistisch worden getoetst en welke conclusies aan deze toetsing kunnen worden verbonden.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.

Aanvullende eisen voor dit vak:

Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.

Toetsing

Onderdeel en weging	Details
Eindcijfer
1 (100%) Digitale Toets

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Weeknummer	Onderwerpen	Studiestof
1
Periode	Week nr.	Datum	Onderdeel	Studiestof
3	2		Statistiek	Hoofdstuk 15: Comparing means of more than two groups (ANOVA)
		06-Jan
		10-Jan

	3		Statistiek	Hoofdstuk 14: Designing experiments
		13-Jan
		17-Jan

	4		Statistiek	Hoofdstuk 17 Regression (linear, quadratic and logistic)
		20-Jan
		27-Jan

	5			Geen les
		13-Jan
		17-Jan


	6		Wiskunde	Theorie Wiskunde Blok 1 (SOWISO)

		03-Feb
		07-Feb	Statistiek	Hoofdstuk 18 Multiple explanatory variables


	7		Wiskunde	Theorie Wiskunde Blok 2 (SOWISO)

		10-Jan
		14-Feb	Statistiek	Hoofdstuk 18 General linear models 2 & GLM (logistisch model)


	8		Wiskunde	Theorie Wiskunde Blok 3 (SOWISO)
		17-Feb
		21-Feb

	9			Geen les



4	10		Wiskunde	Theorie Wiskunde Blok 4 (SOWISO)

		02-Mar
		06-Mar	Statistiek	Mixed models (repeated measures) (Theorie op SOWISO)


	11		Wiskunde	Theorie Wiskunde Blok 5 (SOWISO). Theorie op SOWISO.
		09-Mar
		13-Mar

	12		Statistiek	Survival analyse. Theorie op SOWISO
		16-Mar
		20-Mar

	13		Vragenuur en Tentamen	-Het tentamen wordt afgenomen in sowiso -R en R-Studio plus de benodigde libraries zijn beschikbaar -Het statistiek onderdeel betreft een openboek tentamen (W&S dus meenemen!) -Het wiskunde onderdeel betreft geen openboek tentamen. De theorie op sowiso zal niet toegankelijk zijn. -Voor Statistiek zal een R referentie code blad beschikbaar zijn. -“Help” in R is wel toegankelijk tijdens de toets





		23-Mar
		27-Mar

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Verwerking vakevaluaties

Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties.

Eigenaar	Bachelor Biomedische wetenschappen
Coördinator	dr. ir. Michiel van Wijk
Onderdeel van	Bachelor Biomedische wetenschappen, jaar 1 Dubbele bachelor Biomedische wetenschappen en Geneeskunde, jaar 1

Basis Statistiek en Wiskunde in de Biomedische Wetenschappen 2