Advanced Genomcis Practical II
6 EC
Semester 1, periode 3
50522PAG6Y
Genomics technologieën, zoals next-generation sequencing (NGS), worden op grote schaal gebruikt binnen de life sciences. Deze technologieën maken het bijvoorbeeld mogelijk om te bestuderen welke genen gereguleerd worden na experimentele behandelingen, of om vast te stellen welke genen een rol kunnen spelen bij ziektes zoals kanker, Alzheimer of de ziekte van Huntington. Daarbij wordt genoom-breed het expressie-niveau van alle genen gekwantificeerd. Bij dit soort transcriptoom analyses (transcriptomics) is het traject vanaf de experimentele opzet tot en met de interpretatie van de data lang. Eerst wordt op het wet-lab gebruikt gemaakt van complexe en gevoelige moleculaire technologieën. Daarna speelt bioinformatica (dry-lab) een belangrijke rol bij het interpreteren van de hieruit voortvloeiende grote data sets. Het is voor studenten in de biomedische richting van groot belang om hier ervaring mee op te doen. Daarom bieden wij twee cursussen aan: Practicum Advanced Genomics I en Practicum Advanced Genomics II. Tijdens de eerste cursus zal de nadruk liggen op het wet-lab werk, en tijdens de tweede op het dry-lab werk. Gedurende beide cursussen zal een real-life experiment met een modelorganisme (planarians) dienen als rode draad. Het dry-lab werk in deze cursus, Practicum Advanced Genomics II, sluit aan op de cursussen “Statistiek en onderzoeksmethoden 1 & 2”, “OMICS in de biomedische wetenschappen”, en Practicum Advanced Genomics I.
Wordt verstrekt, en zelf opgezocht.
Wordt vertrekt.
Eigen laptop, en verbinding met onze server.
Technologie en bioinformatica:
Onderzoek:
Hoorcollege: Op de eerste dag wordt een introductiecollege gegeven waarvoor deelname zeer sterk aanbevolen wordt.
Werkgroepen: Belangrijke bioinformatica concepten worden middels werkcolleges inzichtelijk gemaakt. De resultaten van deze opdrachten moeten door de studenten zelfstandig bijgehouden worden in een labjournaal. Opdrachten worden toegelicht/ingeleid, maar studenten voeren het zoveel mogelijk zelfstandig uit, waarbij begeleiding aanwezig is.
Computerpracticum: Aan de hand van de voorbesprekingen en de practicumhandleiding worden de data analyse opdrachten uitgevoerd, waarbij assistentie aanwezig is. De resultaten van de opdrachten moeten door de studenten zelfstandig bijgehouden worden in een labjournaal. Studenten worden zo voorbereid op een grotere opdracht op basis van de data van Practicum Advanced Genomics 1. De studenten analyseren daarbij data zoveel mogelijk zelfstandig, maar met begeleiding, aan de hand van een onderzoeksvraag. Dit vormt de basis voor een wetenschappelijk verslag.
Zelfstudie: Er zijn verschillende facetten die bij het practicum horen die zelfstandig uitgevoerd dienen te worden, zoals een literatuurstudie uitvoeren, het definiëren van onderzoeksvragen, en het bedenken van een data analyse strategie. Hiervoor is zelfstudietijd ingeroosterd.
Activiteit | Uren | |
Laptopcollege | 142 | |
Zelfstudie | 26 | |
Totaal | 168 | (6 EC x 28 uur) |
De vaardigheden (leerdoelen) die worden geoefend en getoetst staan bij de Leerdoelen. Er zal geen directe koppeling zijn met het vak Academische Vaardigheden, maar er zal wel gebruik gemaakt worden van de stof. Toetsing vindt plaats volgens de beoordelingsmodellen die op Canvas worden gepubliceerd.
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Aanwezigheid bij practica en werkgroepen is verplicht. Aanwezigheid bij het introductiecollege wordt sterk aanbevolen, want als je deze niet volgt weet je niet wat je tijdens het practicum moet doen. Je mag gedurende het hele vak maximaal twee dagen van de (computer)practica en/of werkgroepen missen. In overleg met de coördinator wordt dan besloten hoe de gemiste onderdelen ingehaald kunnen worden. Ben je vaker afwezig dan wordt er geen eindcijfer geregistreerd.
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
20% Praktisch werk | |
|
15% Labjournaal | |
|
40% Eindverslag | |
|
25% Presenteren |
Computerwerk: In het computerlab ga je met toewijding, vlot en zelfstandig te werk. Je bereidt het practicum (waar nodig) voor en neemt actief deel aan de practicuminstructies en discussies. Ook de kwaliteit van de data analyse wordt beoordeeld.
Labjournaal: In het labjournaal houd je je data analyse stappen systematisch bij. Per (deel)experiment dient beknopt het doel, de experimentele aanpak (incl. afwijkingen van standaardprotocollen), resultaten, interpretatie en conclusies te worden beschreven. Gedetailleerde instructies worden in de cursus gegeven.
Wetenschappelijk verslag: In het wetenschappelijk verslag wordt een onderzoeksvraag aan de hand van (een deel van) de transcriptomics data beantwoord. In het verslag moet context worden gegeven, moet data en/of resultaten van data analyse worden gepresenteerd en bediscussieerd, en moeten wetenschappelijke conclusies worden geformuleerd. Het zandloper model, dat geleerd wordt bij Academische Basisvaardigheden is hierop van toepassing.
Presentaties: Tijdens de cursus en aan het einde geven de practicumgroepjes korte mondelinge presentaties aan elkaar, waarin ze hun bevindingen aan elkaar presenteren.
Tijdens de cursus en via email worden inzagemomenten gecommuniceerd
Details over de grote opdrachten staan bij Toetsing. Het kan gebeuren dat er nog "ondersteunende opdrachten" komen. Deze zullen dan tijdens de werkcolleges besproken worden.
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
| Weeknummer | Onderwerpen | Studiestof |
| 1 | RNAseq analyse en Scripting | |
| 2 | RNAseq analyse en Scripting | |
| 3 | Project Planarian Data | |
| 4 | Project Planarian Data |
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Dit vak is opnieuw vorm gegeven. Vorige jaren werd er in dit vak zowel wet-lab als dry-lab onderwijs gegeven. Dit jaar worden deze twee elementen, mede naar aanleiding van studenten feedback, na elkaar gegeven als aparte vakken (PAG I en PAG II).