Practicum Advanced Genomics I

Advanced Genomics Practical I

Studiewijzer 2018/2019

Globale inhoud

Genomics technologieën, zoals next-generation sequencing (NGS), worden op grote schaal gebruikt binnen de life sciences. Deze technologieën maken het bijvoorbeeld mogelijk om te bestuderen welke genen gereguleerd worden na experimentele behandelingen, of om vast te stellen welke genen een rol kunnen spelen bij ziektes zoals kanker, Alzheimer of de ziekte van Huntington. Daarbij wordt genoom-breed het expressie-niveau van alle genen gekwantificeerd. Bij dit soort transcriptoom analyses (transcriptomics) is het traject vanaf de experimentele opzet tot en met de interpretatie van de data lang. Eerst wordt op het wet-lab gebruikt gemaakt van complexe en gevoelige moleculaire technologieën. Daarna speelt bioinformatica (dry-lab) een belangrijke rol bij het interpreteren van de hieruit voortvloeiende grote data sets. Het is voor studenten in de biomedische richting van groot belang om hier ervaring mee op te doen. Daarom bieden wij twee cursussen aan: Practicum Advanced Genomics I en Practicum Advanced Genomics II. Tijdens de eerste cursus zal de nadruk liggen op het wet-lab werk, en tijdens de tweede op het dry-lab werk. Gedurende beide cursussen zal een real-life experiment met een modelorganisme (plenarians) dienen als rode draad. Het labwerk in deze cursus heeft een sterk moleculaire basis en is daarmee een uitbreiding op “Moleculaire Technieken”. Daarnaast sluit de cursus aan op “OMICS in de biomedische wetenschappen”.

Studiemateriaal

Literatuur

• Wordt uitgereikt tijdens de cursus

Syllabus

• n.v.t.

Practicummateriaal

• Labjas met lange mouwen

• Labjournaal

Software

• Wordt ter beschikking gesteld tijdens de cursus

Leerdoelen

Technologie:

• Je kunt de basisprincipes van transcriptomics technologie beschrijven en uitleggen.
• Je kunt de wet-lab protocollen van de RNA extractie uitleggen en uitvoeren.
• Je kunt de wet-lab protocollen van de NGS technologie uitleggen en uitvoeren.
• Je kunt eenvoudige dry-lab protocollen van de data analyse uitleggen en uitvoeren.
• Je kunt de wet-lab protocollen van het modelorganisme uitleggen en uitvoeren.

Onderzoek:

• Je kunt de moleculair biologische theorie toepassen richting omics technologie.
• Je kunt transcriptomics data interpreteren.
• Je kunt de resultaten relateren aan het modelorganisme en het experiment.
• Je kunt het experiment kritisch beschouwen en kunt aanbevelingen voor verbetering geven.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Werkcollege
• (Computer)practicum
• Zelfstudie
• Zelfstandig werken aan bijv. project/scriptie

Hoorcollege: Op de eerste dag wordt een introductiecollege gegeven waarvoor deelname zeer sterk aanbevolen wordt.

Werkgroepen: Tijdens het practicum zullen verschillende complexe technieken worden toegepast. Voorafgaand aan de dag dat een specifieke techniek wordt uitgevoerd op het wet-lab, wordt een dieper begrip van de werking en protocollen beoogd door middel van werkgroepen. De voorbereiding op de werkgroepen is geroosterd als zelfstudie. Het doel is om gezamenlijk tot het protocol te komen dat op het wet-lab uitgevoerd gaat worden. De tijdens deze werkgroepen aan bod gekomen materie is tentamenstof.

Practicum: Aan de hand van de voorbesprekingen en de tijdens de werkgroepen behandelde technieken en protocollen worden de experimenten in het lab in duo’s uitgevoerd, waarbij assistentie aanwezig is. De resultaten van de proeven moeten door de studenten individueel worden bijgehouden in een labjournaal.

Computerpracticum: Studenten worden voorbereid op een basale analyse van de data en analyseren de data zoveel mogelijk zelfstandig, maar met begeleiding.

Zelfstudie: De voorbereiding van de werkgroepen vindt plaats door middel van zelfstudie. Hiervoor is tijd ingeroosterd.

Verdeling leeractiviteiten

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Aanwezigheid bij practica en werkgroepen is verplicht. Aanwezigheid bij het introductiecollege wordt sterk aanbevolen, want als je deze niet volgt weet je niet wat je tijdens het practicum moet doen. Je mag gedurende het hele vak maximaal twee dagen van de (computer)practica en/of werkgroepen missen. In overleg met de coördinator wordt dan besloten hoe de gemiste onderdelen ingehaald kunnen worden. Ben je vaker afwezig dan wordt er geen eindcijfer geregistreerd.

Toetsing

Praktisch werk: Beoordeling vindt plaats op basis van de kwaliteit van de experimentele handelingen, actieve houding tijdens de voorbereidende opdrachten en houding op het lab.

Labjournaal: Van het labwerk moet een labjournaal worden bijgehouden volgens het format zoals eerder aangeleerd tijdens de opleiding. De beoordeling kan alleen aan voldaan of niet aan voldaan zijn, waarbij wordt gekeken of er een serieuze inspanning is gedaan om het labjournaal goed bij te houden. De kwaliteit van het labjournaal wordt niet beoordeeld in de vorm van een cijfer. Het labjournaal is onmisbaar bij het schrijven van het technisch rapport, dus het correct en volledig bijhouden van alle experimenten doe je vooral voor jezelf.

Technisch rapport: De uitgevoerde wet-lab protocollen en de hieruit verkregen data worden beknopt opgeschreven, geinterpreteerd en bediscussieerd. De beoordeling vindt plaats aan de hand van de kwaliteit, juistheid en diepgang van het gerapporteerde. Bijbehorende criteria worden tijdens de cursus verstrekt. Er wordt in duo's aan de rapportage gewerkt en beide studenten krijgen hier hetzelfde cijfer voor.

Toets: Tijdens de literatuurbespreking en werkgroepen worden opdrachten behandeld en theoretische achtergronden besproken. Op de laatste cursusdag wordt een korte toets afgenomen waarin de hier opgedane kennis wordt getest in de vorm van open vragen en/of enkele meerkeuzevragen. Toegestane hulpmiddelen zijn je eigen labjournaal en de gebruikte protocollen.

Inzage toetsing

Inzage is mogelijk nadat het toetscijfer bekend is gemaakt en zal worden afgestemd via e-mail.

Opdrachten

Labwerk: In het lab ga je met toewijding, vlot en zelfstandig te werk. Je bereidt het practicum voor en neemt actief deel aan de practicuminstructies en discussies. De kwaliteit van de labresultaten wordt beoordeeld.

Labjournaal: In het labjournaal houd je gedurende de eerste twee weken je wet-lab experimenten bij op een georganiseerde en chronologische wijze. Per (deel)experiment dient beknopt het doel, de experimentele aanpak (incl. afwijkingen van standaardprotocollen), resultaten, interpretatie en conclusies te worden beschreven.

Technisch rapport: De uitvoering van de protocollen en de interpretatie/analyse van de data moet op technisch niveau worden gepresenteerd en bediscussieerd. De nadruk ligt hierbij op kwaliteitscontrole en interpretatie van de data en nog niet op de bioinformatica. Zie hiervoor Practicum Advanced Genomics II.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Verwerking vakevaluaties

Gezien deze cursus voor het eerst wordt gegeven, zijn nog geen aanpassingen verwerkt n.a.v. vorig jaar.

Contactinformatie

Coördinator

• dr. Rob Dekker