Computational Chemistry

Course manual 2018/2019

Course content

Computational chemistry is niet meer weg te denken uit de moderne scheikunde. Tal van moleculaire eigenschappen kunnen met chemische nauwkeurigheid berekend worden, waardoor experimenteel moeilijk of niet te achterhalen grootheden alsnog bestudeerd of voorspeld kunnen worden. De experimentator kan hierdoor veel gerichter te werk gaan en het beoogde doel sneller, met minder kosten en een lager verbruik aan grondstoffen en energie bereiken.
Eén van de hoofddoelen van het vak is het leren van en werken met state-of-the-art quantumchemische en moleculair mechanische methoden en computersoftware. Hierbij komen naast de traditionele ab initio-methoden (bijv. Hartree-Fock en post-Hartree-Fock-theorie) en ook dichtheidsfunctionaaltheorie (DFT) aan de orde. Deze worden onder meer toegepast op het voorspellen van structuren, het verkennen van potentiaaloppervlakken (bijv. t.b.v. het verkrijgen van reactieprofielen).
Een tweede hoofddoel is het verkrijgen van de vaardigheid (experimenteel) chemische problemen te vertalen naar een computationele
aanpak, die tot een praktische oplossing leidt. Er zal voorts een begin worden gemaakt met het interpreteren van berekende resultaten in termen van modellen van de elektronische structuur. Een wezenlijk punt in dit vak is het unificerende karakter van computational chemistry: dezelfde theoretische methoden dienen als gereedschap voor het oplossen van diverse vraagstukken uit alle gebieden van de scheikunde, van theoretische en organische chemie tot farmaco- en biochemie.

Study materials

Literature

• C. J. Cramer, Essentials of Computational Chemistry, 2nd Ed.; Wiley, 2004 (ISBN-13: 978-0470091821)

Objectives

• Het leren van moderne quantumchemische methoden;
• Het toepassen daarvan bij het computerondersteund oplossen van chemische problemen.

Teaching methods

• Hoorcollege
• Zelfstudie
• Presentatie/symposium
• (Computer)practicum
• Lecture
• Computer lab session/practical training
• Presentation/symposium

Hoorcollege en practicum, waarin een kort researchproject is opgenomen.

Learning activities

Attendance

Programme's requirements concerning attendance (OER-B):

• Each student is expected to actively participate in the course for which he/she is registered.
• If a student cannot attend an obligatory part of a programme's component due to circumstances beyond his control, he must report in writing to the teacher in question as soon as possible. The teacher, if necessary after consulting the study adviser, may decide to issue the student a replacing assignment.
• It is not allowed to miss obligatory parts of the programme's component if there is no case of circumstances beyond one's control.
• In case of participating qualitatively or quantitatively insufficiently, the examiner can expel a student from further participation in the programme's component or a part of that component.

Assessment

Assignments

Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:

•    Naam opdracht 1 : beschrijving 2
•    Naam opdracht 2 : beschrijving 1
•    ....

Fraud and plagiarism

The 'Regulations governing fraud and plagiarism for UvA students' applies to this course. This will be monitored carefully. Upon suspicion of fraud or plagiarism the Examinations Board of the programme will be informed. For the 'Regulations governing fraud and plagiarism for UvA students' see: www.student.uva.nl

Course structure

Additional information

Aanbevolen voorkennis: Quantumchemie en Thermodynamica.

Contact information

Coordinator

• prof. dr. Célia Fonseca Guerra