Molecular Genetics
6 EC
Semester 1, periode 2
5052MOGE6Y
Deze cursus behandelt een aantal van de belangrijkste moleculaire signaleringsroutes die kanker kunnen veroorzaken. Dit gebeurt aan de hand van humane colon kanker als model, maar de behandelde pathways en principes gelden voor alle tumoren. De verschillende opeenvolgende stappen in het ontstaan van colon kanker -van een kleine poliep tot een uitgezaaide kwaadaardige kanker- zijn klinisch en pathologisch goed beschreven. Van veel stappen is inmiddels de onderliggende genetische verandering bekend en de moleculaire pathways die daarbij geactiveerd zijn. In alle verschillende humane tumor soorten zijn honderden defecte genen bekend. Toch lijken al deze genen maar in een beperkt aantal moleculaire pathways te functioneren. Deze 10-15 pathways reguleren embryogenese, stamcelbiologie en kanker en zijn ook bij veel andere ziekten betrokken. Het begrijpen van deze pathways en wat bekend en vooral nog onbekend is van hun interacties is een belangrijk doel van deze cursus. Aan de hand van deze pathways wordt ook de rol van stamcellen en kankerstamcellen in colon kanker behandeld. Tevens worden nieuwe geneesmiddelen behandeld die deze pathways gericht kunnen remmen. Een belangrijk aspect van kankeronderzoek is de veelheid aan moleculaire data. In elke tumor kunnen we de mRNA expressie in ca 20.000 humane genen meten. Sequencen van tumor-DNA kan alle gemuteerde genen identificeren, alsmede chromosomale defecten. Maar integratie van deze data in een model waarin duidelijk is hoe de gemuteerde genen de verschillende moleculaire pathways aansturen en een cell oneindig laten delen is nog erg moeilijk. Er is daarom ruim aandacht voor bioinformatische benaderingen om uit de grote hoeveelheid data de meest belangrijke processen te selecteren. Bioinformatica kan tevens beantwoorden welke genen en pathways in een individuele tumor geactiveerd zijn en welke therapie het beste is. Deze bioinformatische analyses zullen in een computerpracticum uitgevoerd worden.
De hoorcolleges zullen op Canvas komen.
Aan het einde van deze cursus kan de student:
Impliciet leerdoel (wordt niet getoetst):
De cursus wordt gegeven in de vorm van hoorcolleges van veel verschillende docenten. Tevens is er een practicum bioinformatica. Daarnaast verzorgt elke student een presentatie van een gepubliceerd artikel dat inhoudelijk bij de colleges aansluit (in Engels).
|
Activiteit |
Aantal uur |
|
Hoorcollege |
30 |
|
Tentamen |
2 |
|
Praktikum |
1 |
|
Presentaties |
12 |
| zelfstudie |
115 |
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Aanwezigheid bij de hoorcolleges wordt sterk aanbevolen. Voor de practica geldt een strikte aanwezigheidsplicht.
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
85% Tentamen | Moet ≥ 5 zijn |
|
15% Literatuurpresentatie | Moet ≥ 5 zijn |
De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.
Aan de hand van opdrachten uit de practicumhandleiding worden de practica (over chromosomen en bioinformatische technieken) doorlopen.
De studenten krijgen een artikel toegewezen. De inhoud van dit artikel wordt gepresenteerd aan medestudenten en docenten. De presentatie wordt in het Engels gegeven.
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
Week | Onderwerpen | Studiestof | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | |
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Het vak wordt in het AMC in het Engels gegeven.
Maximum 64 studenten