Evolutionary Biology Theory
12 EC
Semester 2, periode 4
5042EVT12Y
Algemeen:
De cursus geeft een breed overzicht van de Evolutiebiologie aan de hand van verschillende vormen van natuurlijke selectie (verwantschapsselectie, seksuele selectie) en de hiërarchie van selectieniveaus (gen, individu, groep, soort, ecosysteem).
Week 1-2
Evolutionaire ecologie omvat de dynamica van fenotypische kenmerken en gedrag (aangeduid als strategieën) van individuen in populaties. Inzicht in dit vakgebied wordt gedoceerd aan de hand van drie theoretische kaders: optimalisatietheorie, evolutionaire speltheorie, en adaptieve dynamica. Deze kaders geven voorspellingen over strategieën op het gebied van o.a. levensgeschiedenissen, sex-allocatie, partnerkeuze, ouder-kind conflicten, en foerageergedrag. De manier waarop de theoretische kaders logisch op elkaar aansluiten loopt als rode draad door de hoorcolleges.
Week 2-4
Evolutionaire genetica wordt behandeld met nadruk op inzicht in evolutionaire processen als drift, adaptatie, en populatiedifferentiatie. Diverse typen kenmerken waarmee differentiatieprocessen bestudeerd kunnen worden passeren de revue en hun bruikbaarheid en gevoeligheid worden geëvalueerd. Oorzaken van populatie- en soortverschillen in mate van genetische variatie en in ruimtelijke verdeling van deze variatie worden besproken.
Week 5- Synthese
De disciplines evolutionaire genetica en evolutionaire ecologie komen samen in onderwerpen als verwantschapsselectie en seksuele selectie. Beide disciplines bestuderen micro-evolutie maar slaan een brug naar macro-evolutie en fylogenie (week 6) middels de inzichten in soortvormingsprocessen. Verschillende soortvormingsprocessen worden behandeld, waarbij facetten als ecotypische differentiatie, hybridisatie, en polyploidisatie.
Week 6
Evolutionaire processen leiden tot een hiërarchisch geordende verscheidenheid (biodiversiteit). De systematische biologie ontrafelt en organiseert deze verscheidenheid in het licht van haar evolutie. Dit onderdeel van de module richt zich op de bestudering van diversiteitspatronen van soorten en hogere taxa. De fylogenie bestudeert de genealogische verwantschappen tussen soorten en hogere eenheden. Aan de orde komen o.a. principes van de fylogenetische analyse, moleculaire en morfologische kenmerken en hun analyse, moleculaire evolutie/substitutiemodellen, maximum parsimony, maximum likelihood, en Bayesiaanse methode. Stambomen vormen veelal de basis voor het vastleggen van biodiversiteitskennis in de vorm van een hierarchische classificatie van de levensvormen. Biogeografie beschrijft en verklaart de verspreiding van de organismen over de aarde. Aan de orde komen o.a.: biogeografische arealen, barrières, biogeografische rijken, biogeografische modellen, eilandbiogeografie en fylogeografie.
Week 7
Vragenuurtje en tentamen.
Week 8
Ethiek – dit onderdeel wordt ingevuld door Dirk Hilbers en hoort bij het lintvak Ethiek in jaar 2 van de BSc Biologie. Behandeld worden oa basale ideeën uit de wetenschapsfilosofie, en ethische aspecten van Evolutiebiologische kennis. Studenten Bèta-Gamma en Future Planet Studies die de major Biologie volgen zijn vrijgesteld voor dit onderdeel.
Aan het eind van het vak kan de student:
Activiteit | Aantal uur |
Computerpracticum | 2 |
Hoorcollege | 50 |
Laptopcollege | 8 |
Tentamen | 3 |
Tussentoets | 2 |
Vragenuur | 2 |
Werkcollege | 18 |
Zelfstudie | 251 |
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Aanwezigheid bij de hoorcolleges wordt sterk aanbevolen; hoorcolleges worden wel opgenomen en zijn daarom terug te kijken, behalve hoorcolleges in te Turingzaal (want daar is geen apparatuur aanwezig voor webcollege-opnames).
Voor de werkcolleges en practica geldt aanwezigheidsplicht.
Bij overmacht moet de student zich afmelden per e-mail bij de coördinator.
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
1 (33%) Tussentoets 1 | |
|
1 (33%) Tussentoets 2 | |
|
1 (33%) Tentamen |
De student heeft het vak behaald indien alle onderdelen boven het minimumcijfer beoordeeld zijn en het gewogen gemiddelde eindcijfer minimaal een 5.5 is.
|
Onderdeel |
Deadline |
Weging % |
Minimum cijfer |
Compenseerbaar |
Hertentamen (blijft staan, vervalt, herkansbaar) |
|
Opdrachten (uitleg zie hieronder) |
|
30% |
5.0 |
Ja, tussen opdrachten |
Blijft staan |
|
Tentamen |
|
70% |
5.0 |
Nee |
Herkansbaar |
|
|
|
|
|
|
|
|
Her tentamen |
|
|
|
|
Nvt |
In totaal wordt 30 % (hetgeen gelijk staat aan 180 punten) van het eindcijfer van de cursus Evolutiebiologie theorie bepaald door de activiteiten van iedere student. De 180 punten zijn als volgt verdeeld: er zijn in totaal 60 punten te scoren voor alle antwoorden die je geeft op opdrachten (model-tentamenvragen) van evolutionaire ecologie (Martijn Egas). Voor het onderdeel evolutionaire genetica: het geven van de presentatie over een recent artikel levert maximaal 30 punten op, voor de entreetoets evolutionaire genetica 20 punten, en voor de werkcolleges en computerpractica in week 3-6 zijn er opdrachten waarmee je in totaal 40 punten kan verdienen. Daarnaast zijn er 30 punten voor het schrijven van een samenvatting van een recent artikel uit de evolutiebiologische literatuur (deadline inleveren 15 maart 23:59; uitleg opdracht in de reader en op Canvas).
Een gedetailleerd overzicht van deze puntenverdeling is te vinden in het overzicht van de cursus per les, die als Excel-file beschikbaar is op de Canvas site, en ook afgedrukt is voorin de reader.
Om een inzagemoment aan te vragen, kun je contact opnemen met de coördinator.
Werkcolleges Evolutionaire ecologie: oefenvragen beantwoorden (alleen of in groepjes)
Werkcolleges/computerpractica Evolutionaire genetica: oefenvragen, rekensommen en computeropdrachten (in groepjes)
Presentatie: recent artikel uit de literatuur (in tweetallen)
Schrijven: samenvatting recent artikel uit de literatuur (individueel)
Zie ook het document “wat wordt er van de studenten verwacht” op de Canvas site en in de reader van de cursus.
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
| Cursusweek | Werkvorm | Uren per week | |
| 1 | Hoorcollege | 8 | |
| 1 | Werkcollege | 4 | |
| 2 | Hoorcollege | 6 | |
| 2 | Werkcollege | 2 | |
| 3 - 4 | Hoorcollege | 4 | |
| 3 - 4 | Werkcollege | 10 | |
| 5 | Hoorcollege | 2 | |
| 6 | Hoorcollege | 10 | |
| 7 | Hoorcollege | 8 | |
| 8 | Tentamen | 3 |
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
De leerstof van het 1ejaars Biologie-vak Genetica & Evolutie wordt als bekend beschouwd.
Onderstaande vragen moet iedere student kunnen beantwoorden bij aanvang van de lessen Evolutionaire genetica (midden van week 2). Middels een entreetoets (multiple choice vragen) wordt deze voorkennis getoets.