Course manual 2017/2018

Course content

Terwijl in het onderdeel Biomoleculen van de cursus Chemische Reactiviteit en Biomoleculen vooral aandacht werd besteed aan de chemische eigenschappen van de belangrijkste bouwstenen van de cel, wordt nu de dynamiek van de levende cel nader belicht. De mechanismen van enzym-gekatalyseerde reacties worden uitgelegd. De plaats van enzymen in het metabole netwerk wordt geïllustreerd aan de hand van het katabolisme: hoe verkrijgt de cel de noodzakelijke energie voor de vele endergone reactie die uitgevoerd moeten worden? Hoe signaleert de cel de energiebehoefte en welke moleculaire mechanismen liggen ten grondslag aan de regulatie van metabole snelheden? De rol van (gereguleerde) eiwitsynthese via verder inzicht in de processen van transcriptie en translatie wordt daarbij behandeld. Celdeling vereist correcte DNA replicatie. Aandacht wordt gegeven aan de mechanismen die hieraan bijdragen.

Study materials

Literature

Biochemistry - Berg, Tymoczko, Gatto and Stryer, 8th edition

Other

Lesmateriaal zal via canvas beschikbaar worden gesteld.

Objectives

Aan het eind van het vak kan de student:

de primaire, secundaire en tertiaire structuren van eiwitten omschrijven en de krachten te benoemen die een rol spelen bij de structuurvorming;
aan de hand van algemene chemische kennis een aantal mechanismen van een enzym-gekatalyseerde reactie verklaren;
de verschillende manieren waarop moleculen over een membraan getransporteerd kunnen worden beschrijven en herkennen;
de chemie die ten grondslag ligt aan signaaltransductie in de levende cel omschrijven;
algemene thermodynamische concepten toepassen op de energieconserveringsmechanismen in de levende cel;
kwantitatief rekenen aan energie-opbrengsten en redoxbalansen van chemotroof katabolisme;
het principe van de ademhaling en de chemiosmotische theorie omschrijven;
de structuur-functie relatie van nucleinezuren omschrijven;
de mechanismen van DNA replicatie, reparatie, proofreading en recombinatie uitleggen;
transcriptie, RNA processing en van (de regulatie van) eiwitsynthese beschrijven.

Teaching methods

Hoorcollege
Werkcollege
Lecture
Seminar

Tijdens de hoorcolleges worden biochemische concepten en theorieen geintroduceerd en verder uitgelegd aan de hand van voorbeelden. The werkcolleges zijn zodanig geroosterd dat ze volgen op de hoorcolleges. De werkcolleges bestaan uit het bespreken van door de studenten vooraf gemaakte huiswerkopdrachten en vragen die tijdens het werkcollege gemaakt worden.

Learning activities

Activiteit	Aantal uur
Zelfstudie	168

Attendance

Programme's requirements concerning attendance (OER-B):

Each student is expected to actively participate in the course for which he/she is registered.
If a student cannot attend an obligatory part of a programme's component due to circumstances beyond his control, he must report in writing to the teacher in question as soon as possible. The teacher, if necessary after consulting the study adviser, may decide to issue the student a replacing assignment.
It is not allowed to miss obligatory parts of the programme's component if there is no case of circumstances beyond one's control.
In case of participating qualitatively or quantitatively insufficiently, the examiner can expel a student from further participation in the programme's component or a part of that component.

Assessment

Item and weight	Details
Final grade
1 (100%) Tentamen

Bonusregeling: Het op tijd inleveren van de huiswerkopgaven kan leiden tot een positieve bijdrage aan het uiteindelijke eindcijfer van maximaal 0.5 punt. Per op tijd ingeleverd huiswerk wordt 0.5/11=0.045 bonuspunt toegekend. Een tentamencijfer lager dan 5.0 kan geen voldoende worden door op tijd ingeleverd huiswerk.

Inspection of assessed work

Contact the course coordinator to make an appointment for inspection.

Assignments

De werkcolleges bestaan uit het bespreken van door de studenten vooraf gemaakte huiswerkopdrachten en vragen die tijdens het werkcollege gemaakt worden. Het document met huiswerkopdrachten wordt tijdig via canvas beschikbaar gesteld.

Het huiswerk dient aan het begin van elk werkcollege ingeleverd te worden. Bij het inleveren van het huiswerk wordt alleen gekeken of het gemaakt is. Nakijken gebeurt door de studenten zelf tijdens het nabespreken van de opgaven. Na afloop van elk werkcollege worden de uitwerkingen van de huiswerk- en werkcollegeopgaven op canvas geplaatst.

Fraud and plagiarism

The 'Regulations governing fraud and plagiarism for UvA students' applies to this course. This will be monitored carefully. Upon suspicion of fraud or plagiarism the Examinations Board of the programme will be informed. For the 'Regulations governing fraud and plagiarism for UvA students' see: www.student.uva.nl

Course structure

Weeknummer	Onderwerpen	Studiestof
1
2
3
4
5
6
7
8

Timetable

The schedule for this course is published on DataNose.

Additional information

Het vak zal gedeeltelijk in het Engels worden gegeven.

Contact information

Coordinator

dr. Jocelyne Vreede

Owner	Bachelor Scheikunde (joint degree)
Coordinator	dr. Jocelyne Vreede
Part of	Bachelor Chemistry (Joint Degree), year 2

Biochemistry