OMICS in de Biomedische Wetenschappen

OMICS in the Biomedical Sciences

Studiewijzer 2017/2018

Globale inhoud

Inzicht in:

• Experimentele omics technologieën (sequencing, microarrays, massaspectroscopie);
• Toepassing van omics in biomedisch onderzoek;
• Toepassing van omics in diagnostiek;
• Analyse van biologische systemen (systeembiologie);
• Analyse en interpretatie van omics data (bioinformatica);
• Het managen van complexe en grote hoeveelheden data (informatiemanagement);

Studiemateriaal

Literatuur

• Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2014) Molecular biology of the cell. Sixth edition. Taylor & Francis Inc

Syllabus

• OMICS in Biomedische Wetenschappen

• Aanvullende documenten worden tijdens het vak via Canvas beschikbaar gemaakt

• Webcolleges, en videoclips van een aantal onderdelen van dit vak.

Software

• o.a. R en R studio. Wordt beschikbaar gemaakt voorafgaand of tijdens practica.

Overig

• Instructies voor laptop practica

Leerdoelen

Na het volgen van dit vak is de student in staat om:

• Toepassingen van -omics en systeembiologie in biomedisch onderzoek en diagnostiek beschrijven (bv personalized medicine);
• Juridische en ethische aspecten van whole-genome sequencing in de diagnostiek te benoemen;
• Uitleggen hoe een aantal geselecteerde omics technologieën voor het bepalen van nucletoidesequenties, genexpressie, eiwitten, metabolieten, en vetten (lipidomics) werken;
• Vergelijken van een aantal geselecteerde omics technologieën, met elkaar en met traditionele technologieën;
• Data van een aantal geselecteerde omics technologieën kunnen interpreteren;
• Eenvoudige experimentele proefopzetten uitleggen en toepassen voor omics experimenten;
• Simpele (statistische) analyses van omics data kunnen uitleggen en uitvoeren;
• Uitleggen hoe een aantal geselecteerde bioinformaticamethoden werken om -omics data te analyseren;
• Simple dynamische biologische systemen te beschrijven met differentiaal vergelijkingen, en deze wiskundig kunnen analyseren;
• Uitleggen welke aspecten van belang zijn bij het managen van data en informatie in (publieke) databases (bv annotatie, curatie, informatiestandaarden);
• Uitleggen hoe omics technologieën worden gebruikt binnen de epigenetica, en hoe epigenetische regelmechanismen werken, hoe ze gemanipuleerd worden, en hoe deze mechanismen worden bestudeerd door middel van gen-netwerken.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Laptopcollege
• Zelfstudie
• Werkcollege
• Begeleiding/feedbackmoment

Laptop colleges worden gebruikt om met behulp van R/Rstudio (en andere software) zelf OMICS data te analyseren

Voor het proteomics onderdeel zallen artikelen worden voorbereid en besproken 

Tijdens plenaire werkcolleges wordt een deel van de de leerstof voor het tentamen geoefend. 

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

Na het volgen van het vak is de student in staat om

• Wetenschappelijk literatuur waarin omics, bioinformatics, en/of systeembiologie worden gebruikt te lezen en te begrijpen;
• Geavanceerde software (bv ‘R’) alsmede Cloud en Unix systemen te gebruiken voor data analyse;
• De rol van juridische en ethische aspecten van genomics onderzoek (in diagnostiek) in beschouwing te nemen.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Het deelnemen aan de computerpractica is verplicht omdat deze sterk bijdragen aan begrip van de hoorcolleges. Als een computerpracticum niet tijdig wordt ingeleverd dan volgt een onvoldoende beoordeling voor het gehele vak OMICS in Biomedische Wetenschappen. Indien een practicum niet kan worden bijgewoond of indien een practicum niet tijd kan worden ingeleverd dan dient de student vooraf contact op te nemen met de coördinator van het vak.

Het practicum ‘Inleiding R’ wordt via Canvas aangeboden voor de studenten die hier nog geen ervaring mee hebben. Dit practicum is geen onderdeel voor het eindcijfer. Aanwezigheid bij de hoorcolleges wordt sterk aanbevolen omdat de ervaring leert dat het niet bijwonen van colleges leidt tot lage scores voor de tentamens.

Toetsing

Weging onderdelen:

Beide deeltentamens wegen voor 50% mee. De deeltentamens samen tellen voor 90% mee in het eindcijfer. De computerpractica maken 10% uit van het eindcijfer. De student is geslaagd voor de cursus als het afgeronde eindcijfer 6.0 of hoger bedraagt en als het practicum met voldoende is beoordeeld (0.5 of hoger). Bij een onvoldoende beoordeling voor het schriftelijk tentamen plus computerpractica is een hertentamen mogelijk. Het hertentamen omvat alle leerstof van het vak. Afzonderlijke deeltentamens kunnen niet herkanst worden. Het hertentamen omvat alle leerstof van het vak.

Opdrachten

9 laptop practica

In dit vak zijn tien computerpractica opgenomen waarin u wordt geleerd om omics data te analyseren of mathematische modellen op te stellen en uit te rekenen. Deze practica betreffen (1) Introductie R (beschikbaar via Canvas voor studenten die geen of weinig ervaring met R hebben), (2) analyse van exome sequencing data, (3) publieke biologische databases, (4, 5, 6) analyse van microarray data, (7) Proteomics, (8) pre-processing van metabolomics data, (9) processing van metabolomics data, en (10) opstellen en uitrekenen van mathematische modellen.

Recidivisten die de practica al eerder hebben gemaakt hoeven niet opnieuw de practica te volgen. Aangeraden wordt om de (eventuele nieuwe) practica wel te maken in verband met begrip van de leerstof. Naast de computerpractica worden er tijdens de hoorcolleges opdrachten gemaakt.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: www.uva.nl/plagiaat

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

Aanmelden

Je moet jezelf aanmelden via het systeem SIS. Zie voor meer informatie hierover www.student.uva.nl/sis

Als je je aanmeldt voor een vak word je ook automatisch ingeschreven voor het bijbehorende tentamen en voor eventuele andere toetsvormen van dat vak.

Niet aan voldaan

Als je om aantoonbare zwaarwegende redenen niet aan alle samenstellende onderdelen kunt voldoen, dien je je voorafgaand aan het toetsingsmoment (tentamen, inleveren opdracht, inleveren paper etc.) te melden bij de studieadviseurs. In geval van aantoonbaar zwaarwegende omstandigheden wordt er in samenspraak met de docent gekeken of er een andere oplossing mogelijk is.

Canvas

Op Canvas vind je de noodzakelijke aanvullende informatie, zoals de groepsindeling van de werkcolleges, de opdrachten. Bekijk Canvas dus met grote regelmaat (via de mobile App)!

Verwachte voorkennis

• Basis statistiek
• Moleculaire biologie
• R/Rstudio

Wijzigingen/verbeteringen van OiBMW t.o.z. vorig jaar

• De Syllabus is geupdate.
  • Hoofdstuk 6 (Proteomics in the study of disease, Dr. Dave Speijer) is toevoegd.
  • Hoofdstuk 5 (Proteomics Technologies; Prof. dr. Garry Corthals)) ontbreekt nog steeds. Dit hoofdstuk zal volgend jaar worden toegevoegd.
  • Hoofdstuk 13 (Publieke databases; Prof. dr. Antoine van Kampen) is ingekort. 
  • De laptop practica zijn niet langer opgenomen in de Syllabus. Deze worden apart via Canvas aangeboden.
  • Het onderdeel Proteomics Technologies (Prof. dr. Garry Corthals) is uitgebreid met 2 college-uren zodat er meer tijd is om de aangeboden stof goed te behandelen.
• Het onderdeel systeemmodelleren (Dr. Huub Hoefsloot, Prof. dr. Antoine van Kampen) is uitgebreid. Naast het bestaande materiaal uit de syllabus zal nu ook Hoofstuk 8 in The Molecular Biology of the Cell worden gevolgd.
• Het college van Dr. Jeroen Guikema (kiemcentrum en B-cel lymfoom) en het college van Prof. dr. Antoine van Kampen (modelleren van het kiemcentrum) is beter op elkaar afgestemd.
• Het college van Epigenetics van Dr. Pernette Verschure zal meer focus hebben op het gebruik van OMICS technologieën.
• Voor alle onderdelen van OiBMW zijn nu plenaire werkcolleges ingepland om tentamenstof te oefenen.
• Er zal worden zorggedragen dat de deeltentamens niet te veel vragen bevatten, en dat de vragen focusseren op OMICS, bioinformatica, systeembiologie, en systeemmodelleren.
• Blackboard wordt omgezet naar Canvas en nog beter gestructureerd.
• Studiegidswijzer is geupdate

Contactinformatie

Coördinator

• Antoine van Kampen

Bioinformatics Laboratory, Academic Medical Center, 020-5667096, a.h.vankampen@amc.uva.nl

Coordinator 2: Martijs Jonker, SILS, 020-5257939, m.j.jonker@amc.uva.nl