Advanced Genomics Practical
6 EC
Semester 1, periode 3
5052PAGE6Y
| Eigenaar | Bachelor Biomedische wetenschappen |
| Coördinator | dr. M.J. Jonker |
| Onderdeel van | Bachelor Biomedische wetenschappen, jaar 3Bachelor Bèta-gamma, major Biomedische wetenschappen, jaar 3 |
Genomics experimenten, zoals Genome wide gene expression studies, worden inmiddels op grote schaal uitgevoerd binnen het biologisch en (bio)medisch onderzoek. Dit gebeurd door middel van technologiëen zoals microarrays en sequencing, die het mogelijk maken om genoom-breed het expressie-niveau van alle bekende en voorspelde genen te kwantificeren. Op die manier kan bestudeerd worden welke genen differentieel gereguleerd worden na een experimentele behandeling, of kan vastgesteld worden welke genen een rol kunnen spelen bij ziektes zoals bijvoorbeeld kanker, Alzheimer of de ziekte van Huntington. Om goed inzicht te hebben in de waarde van genomics technologieën voor de biomedische wetenschap is het voor studenten van groot belang om ervaring op te doen met genomics experimentatie. Daarom bieden wij een unieke cursus aan waarbij we dit gehele proces zullen behandelen en uitvoeren aan de hand van een real-life genoom-breed gen expressie experiment met het modelsysteem Caenorhabditis elegans.
Laptop
In deze cursus wordt geleerd hoe een genomics experiment wordt voorbereid, uitgevoerd, geanalyseerd en hoe de resultaten wetenschappelijk worden geïnterpreteerd. Daarvoor zijn de volgende leerdoelen geformuleerd:
Technologie:
• De basisprincipes van transcriptomics technologie beschrijven en uitleggen.
• De wet-lab protocollen van de microarray technologie uitvoeren/uitleggen.
• De wet-lab protocollen van C. elegans uitvoeren/uitleggen.
• De wet-lab protocollen van de RNA extractie uitvoeren/uitleggen.
• De dry-lab protocollen van de microarray data analyse beschrijven en uitvoeren.
Onderzoek:
• De moleculair biologische theorie toepassen richting onderzoek.
• Transcriptomics data interpreteren.
• De resultaten relateren aan het modelorganisme en het experiment.
• Het experiment kritisch beschouwen en aanbevelingen voor verbetering kunnen geven.
• Het bovenstaande op wetenschappelijke wijze kunnen rapporteren (schriftelijk en mondeling).
|
Activiteit |
Aantal uur |
|
Computerpracticum |
70 |
|
Hoorcollege |
6 |
|
Practicum |
74 |
|
Presentatie |
4 |
|
Zelfstudie |
14 |
|
Totaal 6EC * 28 |
168 |
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Aanwezigheid bij practica is verplicht, aanwezigheid bij colleges wordt sterk aanbevolen, want als je de colleges niet volgt weet je niet wat je tijdens het practicum moet doen. Je mag gedurende het hele vak maximaal twee dagen van de (computer)practica missen. Ben je vaker afwezig dan wordt er geen eindcijfer geregistreerd.
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
20% Praktisch werk | Moet ≥ 5 zijn |
|
15% Labjournaal | Moet ≥ 5 zijn, Herkansbaar |
|
40% Eindverslag | Moet ≥ 5 zijn, Herkansbaar |
|
25% Eindpresentatie | Moet ≥ 5 zijn, Herkansbaar |
De toetsing vindt plaats door beoordeling van het praktisch werk (20%), labjournaal (15%), eindverslag (40%), en de presentatie (25%). De deadlines voor de verslagen worden tijdens de cursus tijdig vermeld, maar alle deadlines vallen binnen de periode dat de cursus loopt. Ieder deelcijfer moet minimaal een 5 zijn. De student heeft het vak behaald als het gewogen gemiddelde eindcijfer minimaal een 5,5 is. Herkansing van een onderdeel kan maximaal een 6.5 opleveren.
Om een inzagemoment aan te vragen, kun je contact opnemen met de coördinator.
In het lab ga je met toewijding, vlot en zelfstandig te werk. Je bereidt het practicum voor en neemt actief deel aan de practicuminstructies en discussies. De kwaliteit van de labresultaten wordt beoordeeld. Je neemt actief deel aan de literatuuropdracht en de schrijfopdracht.
In het labjournaal houd je gedurende de eerste twee weken je wet-lab experimenten bij op een georganiseerde en chronologische wijze. Per (deel)experiment dient beknopt het doel, de experimentele aanpak (incl. afwijkingen van standaardprotocollen), resultaten, interpretatie en conclusies te worden beschreven.
In het wetenschappelijk verslag wordt een onderzoeksvraag aan de hand van (een deel van) de microarray data beantwoord. In het verslag moet context worden gegeven, moet data en/of resultaten van data analyse worden gepresenteerd en bediscussieerd, en moeten wetenschappelijke conclusies worden geformuleerd. Het zandloper model, dat geleerd wordt bij Academische Basisvaardigheden is hierop van toepassing. Het verslag wordt in artikelvorm geschreven.
Aan het eind van de cursus geven de practicumgroepjes aan elkaar een mondelinge presentatie, waarin ze hun bevindingen die in het wetenschappelijk verslag staan aan elkaar presenteren.
Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: www.uva.nl/plagiaat
| Weeknummer | Onderwerpen | |
| 1 | Experiment met C. Elegans / data analyse training | |
| 2 | RNA extractie en microarray / data analyse training | |
| 3 | Transcriptomics Data analyse | |
| 4 | Zelfstudie, rapportage, af te sluiten met verslag en presentatie |
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Locatie: Alle practica en (werk)colleges worden gegeven op het Science Park.
Maximaal 40 studenten.
Deze cursus is een uitbreiding op Moleculaire Technieken en sluit aan op Genomics van Ziekte.
Een laptop is noodzakelijk.
Aanpassingen naar aanleiding van de vakevaluatie van vorig jaar:
De cursus bestaat voor een deel uit drylab werk en wetlab werk, dat door verschillende groepen studenten wordt uitgevoerd. Er zal gewerkt worden aan een betere intergratie van deze twee groepen, middels een aantal opdrachten. De hoorcolleges zullen beter afgestemd worden op de groep studenten die toehoort.