Moleculaire Technieken en Immunologie BMW/GNK

Molecular Techniques and Immunology

Studiewijzer 2017/2018

Globale inhoud

De technieken die in deze cursus aan bod zullen komen behoren toe aan de vakgebieden immunologie, moleculaire biologie en biochemie. De practica, welke de ruggegraad vormen van deze cursus, zijn onderverdeeld in de volgende samenhangende onderwerpen:

In de eerste twee weken zullen de studenten kennis maken met de een aantal humorale en immunologische technieken, zoals bijvoorbeeld isoleren van antistoffen, immunoassay en immuno-affiniteitschromatografie, isoleren en kweken van lymfocyten en fagocytose assay. Ook zullen er een aantal verschillende immunologische technieken en onderzoeksmethoden theoretisch aan bod komen. De studenten zullen hun eigen immunologische experimenten uitvoeren en de resultaten rapporteren in een labjournaal.

De daaropvolgende twee weken zal de focus liggen op moleculair biologische en biochemische technieken. In dit deel wordt de functie en activiteit van een van de twee voornaamste allergenen van de huisstofmijt Dermatophagoides pteronyssinus bestudeerd. Er zal hierbij ook kennis worden gemaakt met een aantal bio-informatica tools die in deze disciplines veel worden gebruikt. Het practicum volgt een lintstructuur. Dit houdt in dat er aan één lang experiment wordt gewerkt, waarbij elke dag verder wordt gewerkt met het materiaal dat de dag ervoor is verkregen. Technieken die worden gebruikt zijn o.a.:

• BLAST
• (in silico) klonering
• (kolonie)PCR
• gel-elektroforese
• DNA digestie
• ligatie
• transformatie
• sequensen
• eiwitzuivering
• SDS-PAGE
• Western Blot

Studiemateriaal

Literatuur

• Aanbevolen naslagwerken: Molecular Biology of the Cell, 6 th Edition en Janeway’s Immunobiology 8th edition of Parham The Immune System 3e of 4e editie

Syllabus

• Practicum handleiding (Immunologie deel) (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)
• Practicum handleiding (Moleculaire biologie en biochemie deel) (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)

Practicummateriaal

• Labjournaal (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)
• Een laboratoriumjas en -bril zijn verplicht.

Software

• CLC workbench

Leerdoelen

Immunologie deel:

Aan het eind van het vak kan de student

• de principes achter de volgende technieken uitleggen:
  - isoleren van bloedcellen door positieve of negatieve selectie
  - analyse van leukocyten met behulp van flow cytometrie
  - cytokine assays.

• de volgende technieken zelfstandig uitvoeren
  - antistof isolatie
  - immunoassa
  - immuno-affiniteitschromatografie
  - isoleren en kweken van lymfocyten
  - neutrofielen fagocytose

• de uitvoering, resultaten en conclusies van de experimenten in een labjournaal weergeven en uitleggen hoe de conclusies tot stand zijn gekomen en waarom de conclusies correct zijn.
• flowcytometrische data uit wetenschappelijke artikelen interpreteren.
• de opgedane kennis toepassen bij het plannen van experimenten om een wetenschappelijke vraag te beantwoorden.

Moleculaire biologie deel:

Aan het eind van het vak kan de student:

• de theoretische achtergronden (concepten) van de volgende experimenten en technieken uitleggen en deze combineren om toe te passen op experimenteel onderzoek:
  - Basale aseptische en microbiologische technieken
  - PCR
  - Restrictie/digestie
  - Sanger Sequencing
  - Transformatie
  - Eiwitzuivering
  - Bradford Assay
  - SDS PAGE
  - Western Blot
• de praktische technieken en vaardigheden benodigd op het gebied van moleculaire biologie en biochemie begrijpen.
•  de verworven kennis uit de practica toepassen op een onderzoeksvraag.
  - een protocol interpreteren en uitvoeren.
  - zelfstandig de empirische cyclus te doorlopen en toe passen op experimenteel onderzoek:
• selecteren en uitleggen concepten
• opstellen onderzoeksvraag en onderzoekshypothese
• maken van proefopzet (inclusief opstellen nul- en alternatieve hypothese(s) en voorspellingen)
• (statistisch) analyseren, interpreteren en bediscussiëren van verkregen resultaten
• een labjournaal bijhouden (inclusief noteren van volledig doorlopen empirische cyclus).
• reflecteren op zijn/haar eigen handelen tijdens de experimenten.
• professioneel samenwerken met de duo partner tijdens experimenten.
• deelnemen aan wetenschappelijke discussies (mening naar voren brengen, verantwoorden en overeind houden; denk- en redeneerfouten ontdekken).
• uitleggen wat er onder een professionele lab- (academische-)houding wordt verstaan en zich hier naar gedragen.
• de algemene veiligheidsregels (voor mens en milieu) benoemen en deze toepassen.
• omgaan met National Centre for Biotechnology Information (NCBI) databases en het computerprogramma CLC workbench

Onderwijsvormen

• (Computer)practicum
• Zelfstudie
• Hoorcollege

Tijdens de hoorcolleges word de theorie behandeld die aansluit bij de practica die aan bod komen. Tijdens de practica zullen en drylab (computer opdrachten) en wetlab experimenten worden uitgevoerd.

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

• reflecteren op zijn/haar eigen handelen tijdens de experimenten.
• professioneel samenwerken met de duo partner tijdens experimenten.
• deelnemen aan wetenschappelijke discussies (mening naar voren brengen, verantwoorden en overeind houden; denk- en redeneerfouten ontdekken).

Deze onderdelen worden getoetst en beoordeeld volgens het (Rubric) beoordelingsmodel dat te vinden is op blackboard.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Afwezigheid dient gemeld te worden bij de coördinator. Bij overmacht en afwezigheid zonder bericht bepaald de coördinator de consequentie.

Toetsing

Voor het open boek tentamen en het labjournaal geldt een minimaal cijfer van 5. Bij het open boek tentamen mogen de volgende zaken meegenomen: calculator, Course manual Molecular Cell Biology; Laboratory notebook; optional: Alberts et al.,Molecular Biology of the Cell.

Opdrachten

Labjournaal

• Tijdens de practica moet een individueel labjournaal worden bijgehouden. Deze wordt beoordeeld middels het beoordelingsmodel op Blackboard

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

De cursus zal worden gegeven op het Science Park. Voor de cursus is een vaccinatie tegen hepatitis B verplicht.
Voor het immunologie deel geldt de volgende aanbevolen voorkennis:

• Janeway’s Immunobiology 8th edition chapter 1,  chapter 4 (par 4.10-4.16), chapter 9 (par. 9.1, 9.4, 9.6, 9.11, 9.17, 9.18), chapter 10 (par. 10.1, 10.3, 10.6, 10.7, 10.14), of
• Parham The Immune System 3rd edition: Chapter 1, Chapter 2, 2-10 tm 2-11, Chapter 3, 3-1 tm 3-11, Chapter 4, 4-14 tm 4-16, Chapter 5, 5-6 tm 5-16; 5-20, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-13, Chapter 9, 9-4, 9-8 tm 9-10, of
• Parham The Immune System 4th edition: Chapter 1, Chapter 2, 3-1, 3-2 and 3-13, Chapter 4, 4-14 tm 4-17, Chapter 5, 5-6 tm 5-17, 5-21, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-12, 8-13, 8-14, Chapter 9-3, 9-7 tm 9-10.

De voertaal in de cursus zal Engels zijn.

Contactinformatie

Coördinator

• Richard de Boer

Docenten

• Simone Kruithof
• Anja ten Brinke
• Irma Rensink
• Jolanda van Leeuwen