Moleculaire Technieken

Molecular Techniques

Studiewijzer 2017/2018

Globale inhoud

Tijdens deze cursus ontwikkelt de deelnemer praktische vaardigheden in de recombinant DNA technologie en biochemie. De zgn. moleculaire technieken die hierbij gebruikt worden vormen de basis van de vakgebieden moleculaire biologie en biochemie, en worden derhalve vaak toegepast in het biomedisch en celbiologisch onderzoek. Ook zal kennis worden gemaakt met een aantal bio‐informatica hulpmiddelen en computerprogramma’s die in deze disciplines veel worden gebruikt. Dit vak valt in de leerlijn Moleculair en Celbiologisch Practicum, sluit aan op het vak Moleculaire Celbiologie BMW en is vereiste voorkennis voor het vak Medische Moleculaire Biologie. Tijdens dit practicum wordt een recombinant humaan fosfatase gekloneerd, geproduceerd en biochemisch gekarakteriseerd. Er wordt dus aan één lang experiment gewerkt met een aanpak en planning die zeer dicht bij een werkelijke onderzoekssituatie ligt.

Technieken die worden gebruikt zijn o.a.:
• BLAST
• (in silico) klonering
• (Kolonie)PCR
• Gel‐elektroforese
• DNA digestie
• Ligatie
• Transformatie
• DNA sequensen (Sanger)
• Eiwitstructuuranalyse
• Eiwitzuivering
• Western blotting
• Basis enzymkinetiek
• Eiwitidentificatie met massaspectrometrie

Studiemateriaal

Literatuur

• Aanbevolen naslagwerk: Molecular Biology of the Cell, 5e Editie of nieuwer.

Syllabus

• Een syllabus is voor deze cursus NIET nodig. Deze is vervangen door de e-learning omgeving LabBuddy (zie onder software).

Practicummateriaal

• Labjournaal (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)

• Een laboratoriumjas is verplicht!

Software

• CLC Main Workbench v6.8 (software + licentie gratis verkrijgbaar via Blackboard)

• LabBuddy (bij aanvang van de cursus worden uitleg en login gegevens verstrekt)

Leerdoelen

• De student kan vanuit een onderzoeksvraag een plan van aanpak en planning maken voor het labwerk.
• De student kan de moleculair biologische en biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en karakteriseren van een recombinant eiwit uitleggen en uitvoeren.
• De student kan de met de diverse technieken verkregen gegevens verwerken, interpreteren en gebruiken voor de vervolgstappen in het experiment.
• De student kan de verkregen resultaten in combinatie met de wetenschappelijke literatuur interpreteren en evalueren.
• De student kan het uitgevoerde onderzoeksproject rapporteren in de structuur van een biomedisch wetenschappelijk artikel.
• De student kan relevante software en bioinformatica hulpmiddelen gebruiken om DNA/RNA/eiwit sequenties en eiwitkristalstructuren te analyseren.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• (Computer)practicum
• Zelfstandig werken aan bijv. project/scriptie
• Begeleiding/feedbackmoment
• Werkcollege

Hoorcolleges
Naast een inleidend hoorcollege wordt een instructiecollege gegeven over massaspectrometrie en de analysesoftware MASCOT die bij een computerpracticum wordt gebruikt.

Computerpractica
Tijdens deze cursus worden de volgende computerpractica uitgevoerd:

• LabBuddy / CLC – Direct bij de start van de cursus maken de deelnemers vanuit de gegeven onderzoeksvraag en de beschikbare moleculair biologische technieken, een experimentele strategie en planning voor het labwerk.
• MASCOT – Na een korte instructie over de basis van de massaspectrometrie analyseren de deelnemers onder begeleiding hun eigen resultaten met behulp van de MASCOT software.
• DEEPVIEW – De deelnemers analyseren m.b.v. opdrachten stapsgewijs de driedimensionale structuur van het eiwit dat centraal staat in de onderzoeksvraag.

Labwerk
Uitgaande van de gemaakte experimentele aanpak en planning worden onder begeleiding van een practicumassistent de deelexperimenten uitgevoerd, de resultaten verzameld en de data geinterpreteerd. De uitgevoerde handelingen en verkregen resultaten worden nauwkeurig bijgehouden in het labjournaal. 

Werkgroep
In de tweede week wordt tijdens een interactieve werkgroepbijeenkomst uitleg gegeven en geoefend met het schrijven van een onderzoeksverslag over het onderzoeksproject.

Zelfstandig werken
Het practicumproject wordt afgesloten met het schrijven van een verslag in de Engelse taal en in de vorm van een biomedisch wetenschappelijk artikel. De laatste anderhalve week van het practicum is gereserveerd voor het schrijven van het verslag. Bij het tijdig inleveren van een eerste versie van het verslag wordt feedback gegeven door de assistent. Dit kan gebruikt wordt om een eindversie te schrijven die beoordeeld wordt en meetelt voor het eindcijfer.

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

De tijdens deze cursus uitgevoerde experimenten en de bespreking daarvan worden aan het eind vastgelegd in een verslag dat voor 40% meeweegt in het eindcijfer. De student dient de verslaglegging uit te voeren in de vorm van een Engelstalig biomedisch wetenschappelijk artikel. De basisvaardigheden verworven in het vak Academische Vaardigheden in jaar 1 worden hier verder ontwikkeld richting de schrijfstijl die typerend is voor de biomedische literatuur. Dit zal worden ondersteund door een werkcollege en persoonlijke feedback op een eerste versie van het verslag.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Voor dit vak gelden de aanwezigheidsregels zoals vermeld in het OER. Hoorcolleges zijn facultatief, maar gezien ze fungeren als instructie voor het aansluitende (computer)practicum wordt aanwezigheid aanbevolen. Het introductiecollege op de eerste dag van de cursus bevat belangrijke informatie dus het wordt sterk aangeraden om hierbij aanwezig te zijn.

Voor alle (computer)practica geldt een strikte aanwezigheidsplicht. Geplande afwezigheid dient vooraf overlegd te worden met de vakcoördinator en gecommuniceerd te worden met de dagelijkse begeleider (assistent). Bij overmacht dit zo spoedig mogelijk melden bij de vakcoördinator en de assistent. Bij afwezigheid is er voor de computerpractica gelegenheid tot het zelfstandig maken van de opdrachten op een later tijdstip. Dit zal moeten geschieden in overleg met de assistent/coördinator waarbij een nieuwe deadline voor het inleveren van de opdracht vast zal worden gesteld. Labwerk kan niet worden ingehaald en eventuele achterstand dient besproken te worden met de dagelijkse begeleiding en labpartner.

Van de in totaal 12 practicumdagen mag er één gemist worden. Ben je zonder geldige reden vaker dan één labwerkdag afwezig dan wordt er géén eindcijfer geregistreerd. Met opgaaf van geldige reden (bv. ziekte) kunnen maximaal twee labwerkdagen (exclusief de computerpractica) worden gemist. Bij langere afwezigheid ontstaat namelijk een te grote achterstand om nog tot een juiste beoordeling van het praktisch werk te kunnen komen en om een goed eindverslag te kunnen schrijven. 

Toetsing

• Het eindverslag moet uiterlijk op de laatste dag van de cursus (zie deadlines rooster) zijn ingeleverd op Blackboard. Verslagen die na de deadline binnenkomen kunnen nog maximaal een 6.0 scoren.
• Tijdens de drie computerpractica worden verplichte opdrachten uitgevoerd. De hieraan verbonden vragen dienen uiterlijk op de eerste werkdag na het betreffende computerpracticum ingeleverd te zijn op Blackboard. Als deze deadline wordt overschreden kan voor de betreffende opdracht hooguit nog een 6.0 gehaald worden.
• Van het labwerk wordt een labjournaal bijgehouden dat onaangekondigd éénmalig wordt ingenomen en beoordeeld wordt door de dagelijkse begeleiding.

Inzage toetsing

Om een inzagemoment aan te vragen, kun je contact opnemen met je begeleider.

Opdrachten

LabBuddy/CLC computerpracticum

• De opdrachten worden individueel gemaakt. Het cijfer telt voor 10% mee.

MASCOT computerpracticum

• De opdrachten worden in duo's gemaakt. Het cijfer telt voor 5% mee.

DEEPVIEW computerpracticum

• De opdrachten worden in duo's gemaakt. Het cijfer telt voor 5% mee.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: www.uva.nl/plagiaat

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

Een gedetailleerd rooster van deze cursus wordt gepubliceerd op Blackboard en is altijd leidend. Het kan op een aantal punten afwijken van de gegevens op Datanose. De cursus zal worden gegeven op het Science Park en alterneert voor BMW studenten met de cursus Immunologie Theorie en Practicum (5052TPIM6Y). De cursus Moleculaire Celbiologie BMW is aanbevolen voorkennis.

Contactinformatie

Coördinator

• dr. Rob Dekker

dr. Rob Dekker: Algemene vragen, melden afwezigheid, vragen over het schrijven van het verslag en het DeepView computerpracticum.

Richard de Boer: Vragen over LabBuddy en CLC.

Ing. Henk Dekker: Vragen over het MASCOT computerpracticum.