Gene Regulation
12 EC
Semester 2, periode 4
5042GEN12Y
Eukaryote genomen bevatten 6.000 (gist) tot 30.000 genen (mens). Om optimaal te kunnen functioneren moet een individu deze genen selectief tot expressie laten komen op het juiste moment en in het juiste weefsel. De eukaryote celkern heeft diverse mechanismen om groepen genen specifiek tot expressie te laten komen, of om deze juist te onderdrukken. Daarbij speelt de structuur en vouwing van chromatine een belangrijke rol. Histon modificatie, DNA methylatie en Polycomb eiwitten, maar ook chromatine remodelling en RNAi staan centraal in deze cursus. De colleges bevatten veel materiaal uit zeer recente literatuur.
De volgende onderwerpen komen aan bod:
De cursus is in 4 blokken opgedeeld:
Als achtergrondliteratuur wordt verwezen naar Molecular Biology of the Cell (5th or 6th edition) door Alberts et al.
De student kan:
Het onderwijs wordt gegeven in de vorm van hoor- en werkcolleges (week 1-4) en een aantal opdrachten waarin recente publicaties geanalyseerd worden. De opdrachten worden uitgevoerd in kleine groepjes (2-4 studenten). Tijdens een opdracht wordt de kennis van de stof verbreed en verdiept, resulterend in een mondelinge voordracht of een poster-presentatie. Aan het eind van de cursus wordt een werkstuk geschreven over toegepast onderzoek (gentherapie, biotechnologie, voeding), waarin de opgedane kennis over genregulatie is verwerkt (week 6-8). Afhankelijk van het aantal studenten worden de laatste 3 weken van de cursus besteed aan het werkstuk en een aantal experimenten, waarbij studenten kennis maken met technieken die gebruikt worden bij de analyse van chromatine en chromosomen.
| Hoorcollege | 36 uur |
| Werkcollege | 6 uur |
| Opdracht 1 | 1 week |
| Opdracht 2 | 1 week |
| Opdracht 3 | 2 weken |
| Opdracht 4/practicum | 3 weken |
|
Activiteit |
Aantal uur |
|
Hoorcollege |
40 |
|
Presentatie |
18 |
|
Tentamen |
3 |
|
Vragenuur |
2 |
|
Werkcollege |
6 |
|
Zelfstudie |
267 |
|
Totaal: 12 EC x 28 uur |
336 |
Tijdens de opdrachten moeten de studenten aangereikte artikelen over genregulatie analyseren. Ze leren de boodschap, de werkwijze en de conclusies samen te vatten. Ze moeten de belangrijkste experimenten selecteren. De informatie moeten ze (in groepsverband) overbrengen naar de medestudenten in opdracht 2 via een poster en in opdracht 1 en 3 via een mondelinge presentatie. In opdracht 4 moeten ze zelf literatuur zoeken en de gevonden informatie in een duidelijke en samenhangende tekst weergeven. Voor de presentaties en de schrijfopdracht kunnen de studenten de syllabus van Academische Vaardigheden uit jaar 1 raadplegen. De vaardigheden worden beoordeeld tijdens de presentaties. De essays worden door de docenten apart beoordeeld. Bij de beoordelingen worden beoordelingsmodellen gehanteerd. Deze zijn te vinden op Blackboard.
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Deelname aan werkcolleges is verplicht.
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
0.5 (50%) Tentamen | Moet ≥ 5 zijn, Herkansbaar |
|
0.1 (10%) posterpresentatie | Moet ≥ 5 zijn |
|
0.15 (15%) mondelinge presentatie | Moet ≥ 5 zijn |
|
0.25 (25%) essay en presentatie | Moet ≥ 5 zijn |
De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.
De studenten moeten in week 1 een review artikel lezen en presenteren. Daartoe hebben de studenten ca. 3 dagen. Deze opdracht wordt niet beoordeeld.
De studenten moeten aan de hand van 2 artikelen een poster presenteren (en uitleggen) in week 3. Deze opdracht wordt beoordeeld.
De studenten moeten aan de hand van 2 artikelen een presentatie geven in week 4 of 5. Deze opdracht wordt beoordeeld.
De studenten moeten aan de hand van opgegeven onderwerpen zelf artikelen vinden en een essay schrijven waarbij de collegestof geïntegreerd wordt. Het onderwerp en aanvechtbare stellingen worden gepresenteerd in de presentatie in week 8, waarbij de stellingen bediscussieerd/verdedigd moeten worden. Deze opdracht wordt beoordeeld.
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: www.uva.nl/plagiaat
| Weeknummer | Onderwerpen | Studiestof |
| 1 | chromatine, cis-regelementen, methods/techniques, opdracht 1 | |
| 2 | epigenetic mechanisms, kernorganisatie, reprogramming | |
| 3 | opdracht 2, RNAi, noncoding RNA, Cell Cycle | |
| 4 | case studies | |
| 5 | opdracht 3, voorbereiding tentamen | |
| 6 | tentamen | |
| 7 | zelfstudie voor opdracht 4 | |
| 8 | presentatie opdracht 4 |
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.