Methoden van Onderzoek en Basis Statistiek 1

Research Methods and Basic Statistics 1

Eigenaar	Biologie/bio-medisch (algemeen)
Coördinator	drs. Peter Assink
Onderdeel van	Bachelor Biologie, jaar 1Bachelor Biomedische wetenschappen, jaar 1

Studiewijzer 2016/2017

Globale inhoud

Methoden van Onderzoek en Basis Statistiek 1 is een zestienweekse eerstejaars cursus die plaatsvindt gedurende periode 1 (september, oktober) en periode 2 (november, december). In de cursus wordt aandacht besteed aan de volgende onderwerpen:

Periode 1

• Wat is wetenschap?
• Wat is statistiek?
• Populaties en steekproeven
• Variabelen
• Weergeven van data
• Beschrijven van data
• Kansrekenen
• Binomiale verdeling
• Excel

Periode 2

• Normale verdeling
• Centrale limietstelling
• Steekproefverdelingen
• Betrouwbaarheidsintervallen
• Toetsen van hypothesen
• Student's t-verdeling en Student's t-toets
• Statistische power
• Pseudoreplicatie, 'confounding variables', 'reverse causation'
• Excel, R

Studiemateriaal

Literatuur

• The Analysis of Biological Data. Whitlock and Schluter, 2nd edition, 2015. LET OP: dit mag NIET de 1st edition zijn!

Syllabus

• Handleiding Excel (Microsoft) Basisvaardigheden.
• Handleiding R (CRANE) Basisvaardigheden.

Practicummateriaal

• Grafische rekenmachine met kansfuncties. Onder andere de volgende machines voldoen hieraan: Texas Instrumens TI-83, T-84, nSpire; Casio fx-9750G, fx-9850G, fx-9860G series en fx-CG20; Hewlett-Packard HP 50g en HP Prime. Heb je een ander model of type en twijfel je of die is toegestaan, neem dan contact op met de cursuscoördinator.

• Laptop met als besturingssysteem Windows (Vista, 7, 8 of 10) of Mac OS X (bij voorkeur Mavericks, Yosemite, El Captain of Sierra, eventueel Lion of Mountain Lion).

Software

• Voor Windows machines: (bij voorkeur de Engelstalige) Excel uit Microsoft Office 2010, 2013, 2016 of 365.
  Voor Mac's: (bij voorkeur de Engelstalige) Excel uit Microsoft Office 2011, 2016 of 365.

  LET OP: andere versies van Excel zijn toegestaan maar de assistenten kunnen het werken met deze versies mogelijk niet ondersteunen.

• CRANE R 3.2.0 (of latere release: in de cursus gebruiken we 3.3.1).

• RStudio 0.99.441 (of latere release: in de cursus gebruiken we 0.99.903).

Leerdoelen

Aan het eind van de cursus kan de student:

• de mogelijkheden, beperkingen en valkuilen van wetenschappelijk onderzoek in de levenswetenschappen benoemen.
• basale statistische technieken toepassen op empirische data.
• basale statistische termen uitleggen.
• basishandelingen in Excel uit voeren (dit wordt niet expliciet getoetst, maar moet je wel beheersen om de andere leerdoelen uit te kunnen voeren).

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Zelfstudie
• Werkcollege
• (Computer)practicum

Hoorcolleges moet je zien als toelichting op en uitleg van de meeste (maar niet alle) tentamenstof. De tentamenstof beslaat een aantal hoofdstukken (of paragrafen daaruit) uit het studieboek (zie Studiemateriaal). Sommige paragrafen of onderwerpen die wel tot de tentamenstof behoren, komen echter op de hoorcolleges niet aan bod. Het is dus sowieso nodig om (ook) het boek te bestuderen: het alleen volgen van hoorcolleges is niet voldoende. Hoorcolleges zijn overigens niet verplicht om te volgen maar kunnen je de stof wel beter doen begrijpen.

Werkcolleges zijn bedoeld om te oefenen met het maken van opgaven. Ook als je de stof prima begrijpt, wil dat niet zeggen dat je die stof dan ook kunt toepassen. Op de werkcolleges ga je dat oefenen. Dat is belangrijk, want het tentamen bestaat vooral uit opgaven waarbij je stof moet toepassen.

Op de computerpractica (die in het rooster staan aangegeven als 'laptopcollege' maar dus geen colleges zijn!) leer je de basisvaardigheden van Microsoft Excel (een spreadsheetprogramma waarin je data kunt invoeren en bewerken) en van R (een statistiekprogramma om data statistisch te analyseren). Tijdens de computerpractica werk je op je eigen laptop. Je leert werken met R vanuit het programma RStudio, waardoor werken met R makkelijker wordt.

Excel heb je misschien al op je laptop staan (het is onderdeel van Microsoft Office). Is dat nog niet het geval, schaf dan één van de versies aan die bij Studiemateriaal wordt genoemd. Dit kan voor een paar tientjes via bijvoorbeeld www.surfspot.nl.
LET OP: Je moet Excel op je laptop hebben geïnstalleerd voordat het eerste Excelpracticum van start gaat (in week 42).

R en RStudio zul je waarschijnlijk niet op je laptop hebben staan (tenzij je recidivist bent). Op het eerste R practicum (week 48) krijg je instructies hoe je R en RStudio op dat moment kunt downloaden. R en RStudio zijn gratis programma's en draaien zowel onder Windows, Mac OS X als Linux.

Verdeling leeractiviteiten

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica computerpractica veldwerk en werkcolleges in het curriculum is verplicht en de student dient zich op deze bijeenkomsten terdege voor te bereiden.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Aanvullende eisen voor dit vak:

Aanwezigheid bij de hoorcolleges wordt sterk aanbevolen.

Je deelname aan de werkcolleges en computerpractica wordt beoordeeld op grond van een puntensysteem dat rekening houdt met je aanwezigheid en met je werkzaamheid.

• Voor elk werkcollege kun je 2 punten behalen, opgebouwd uit een aanwezigheidspunt en een werkzaamheidspunt. Het aanwezigheidspunt verdien je door van begin tot eind op het werkcollege aanwezig te zijn. Je werkzaamheidspunt verdien je door voorafgaand aan het werkcollege je huiswerk te maken en tijdens het werkcollege de opgegeven opdrachten te maken. In werkelijkheid zijn deze regels iets soepeler: zie daarvoor de Blackboard-site van de cursus, knop Cursusverplichtingen.
  Als je een werkcollege niet bezoekt en ook niet op een ander moment inhaalt, krijg je 0 punten.
  Er zijn 10 werkcolleges. T.a.v. het werkcollege-onderdeel moet je minimaal 17 punten behalen om aan het tentamen te mogen deelnemen, en minimaal 16 punten om aan de herkansing te mogen deelnemen.

• Voor elk Excelpracticum kun je 1 aanwezigheidspunt halen. Je verdient dat punt door van begin tot eind op het computerpracticum aanwezig te zijn*. Als je een Excelpracticum niet bezoekt en ook niet op een ander moment inhaalt, krijg je voor dat practicum geen aanwezigheidspunt. Er zijn 3 Excelpractica dus in totaal kun je 3 aanwezigheidspunten verzamelen.
  Daarnaast krijg je aan het eind van het laatste Excelpracticum 0, 1, 2 of 3 werkzaamheidspunten, afhankelijk van hoe ver je bent gekomen.
  In totaal kun je zodoende voor de Excelpractica 6 punten halen.
  Om aan het tentamen te mogen meedoen, moet je 5 of 6 punten hebben behaald. Om aan de herkansing te mogen meedoen moet je minimaal 4 punten hebben behaald.

• Voor elk R-practicum kun je 1 aanwezigheidspunt halen. Je verdient dat punt door van begin tot eind op het computerpracticum aanwezig te zijn*. Als je een R-practicum niet bezoekt en ook niet op een ander moment inhaalt, krijg je voor dat practicum geen aanwezigheidspunt. Er zijn 2 R-practica dus in totaal kun je 2 aanwezigheidspunten verzamelen.
  Daarnaast krijg je aan het eind van het laatste R-practicum 0, 1 of 2 werkzaamheidspunten, afhankelijk van hoe ver je bent gekomen.
  In totaal kun je zodoende voor de R-practica 4 punten halen.
  Om aan het tentamen of aan de herkansing te mogen meedoen, moet je 3 of 4 punten hebben behaald.

* In werkelijkheid is deze regel iets soepeler: zie daarvoor de Blackboard-site van de cursus, knop Cursusverplichtingen.

Wat te doen als je een werkcollege of computerpracticum dreigt te missen?
Als je ziet aankomen dat je een werkcollege of computerpracticum gaat missen, hoef je dat niet door te geven. Echter, het missen van een werkcollege of computerpracticum kost punten. Daarom kan het een goed idee zijn om een werkcollege of computerpracticum dat je gaat missen bij een andere groep in te halen, Als je dat wilt, moet je dat verzoek voorleggen aan de hoofdassistenten (mondeling of via het cursus-emailadres, zie Contactinformatie) en dat moet je doen voordat het werkcollege of computerpracticum dat je gaat missen, plaatsvindt. Als je het achteraf doet, wordt je aanvraag niet gehonoreerd en kun je het werkcollege of practicum niet meer inhalen.

 

Toetsing

Onderdeel en weging	Details
Eindcijfer
1 (100%) Tentamen	Moet ≥ 5.5 zijn, Herkansbaar

De student heeft het vak behaald als het eindcijfer minimaal een 6.0 is. Het eindcijfer is het tentamencijfer of het herkansingscijfer. NB. Eindcijfers worden op een halve punt nauwkeurig gegeven, maar eindcijfers die uitkomen tussen een 5.0 en 6.0 worden afgerond naar 5.0 of 6.0.

Voor toelating tot het tentamen moeten zowel voldoende punten behaald zijn voor de werkcolleges als voor de computerpractica (zie bij Aanwezigheid).

Inzage toetsing

De datum, het tijdstip en de locatie van het inzagemoment staan in het rooster in DataNose.

Opdrachten

Voorwerk werkcollege

• Voorafgaand aan het bezoeken van een werkcollege maak je opgaven uit het studieboek als huiswerk. Dit betreft meestal een stuk of 5 opgaven waar je (ruim) 1 uur mee bezig bent. Van de opgegeven opgaven staan de antwoorden in het studieboek en je kunt jezelf dus controleren.
  Aan het begin van het werkcollege moet je de assistenten laten zien dat je deze huiswerkopgaven hebt gemaakt.

  Het kunnen laten zien van je huiswerk is noodzakelijk om je werkzaamheidspunt voor het werkcollege te kunnen krijgen (zie Aanwezigheid).

Tijdens werkcollege

• Tijdens het werkcollege maak je moeilijkere opgaven uit het studieboek. Hiervan staan de antwoorden niet in het boek maar worden aan het eind van het werkcollege door de assistenten uitgedeeld. Later in de week komen de antwoorden ook digitaal beschikbaar (Blackboard).

  Het maken van de werkcollege-opgaven is noodzakelijk om je werkzaamheidspunt voor het werkcollege te kunnen krijgen (zie Aanwezigheid).

Tijdens computerpractica

• Tijdens de computerpractica werk je een handleiding door waarin opdrachten staan die je moet maken. Antwoorden komen aan het eind van de computerpractica-reeks digitaal beschikbaar (Blackboard), maar tijdens de practica kun je altijd de assistenten vragen om je antwoorden te controleren.
  Als je een hoofdstuk hebt doorgewerkt, zullen de assistenten nagaan of je de stof uit dat hoofdstuk hebt begrepen en kunt toepassen. Als dat in orde is, word je voor het hoofdstuk afgetekend en kun je verder met het volgende hoofdstuk.

  Aan het eind van het laatste practicum bepaalt het aantal afgetekende hoofdstukken hoeveel werkzaamheidspunten je krijgt (zie Aanwezigheid).

Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:

•    Naam opdracht 1 : beschrijving 2
•    Naam opdracht 2 : beschrijving 1
•    ....

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene ‘Fraude- en plagiaatregeling’ van de UvA. Onder plagiaat of fraude wordt verstaan het overschrijven van het werk van een medestudent dan wel het kopiëren van wetenschappelijke bronnen (uit bijvoorbeeld boeken en tijdschriften en van het Internet) zonder daarbij de bron te vermelden. Uiteraard is plagiaat verboden. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd en streng tegen opgetreden. Bij verdenking van plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Wanneer de examencommissie overtuigd is dat er plagiaat gepleegd is dan kan dit maximaal leiden tot een uitsluiting van al het onderwijs van de opleiding voor een heel kalenderjaar. Zie voor meer informatie over het fraude- en plagiaatreglement van de Universiteit van Amsterdam.www.uva.nl/plagiaat

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

• Vanaf de eerste cursusdag is er een Blackboard-site beschikbaar die gedurende de gehele cursus up-to-date zal worden gehouden. Deze site bevat nuttige informatie over rooster, huiswerk- en werkcollegeopgaven, powerpoint-slides van de hoorcolleges, video-opnames van de hoorcolleges, overzicht van de tentamenstof, en meer.
• De kosten voor het studieboek en de beide handleidingen zijn inbegrepen bij het bedrag dat aan het begin van het studiejaar betaald wordt bij aanschaf van het boekenpakket. Echter, indien een grafische rekenmachine, een laptop of Excel moeten worden aangeschaft, is dat op eigen initiatief en op eigen kosten. R en RStudio zijn gratis te downloaden.

Contactinformatie

Coördinator

• drs. Peter Assink

• De cursus kent ook een cursus-emailadres dat studenten kunnen gebruiken om te communiceren met de hoofdassistenten. Dit adres kan gevonden worden op de Blackboard-site, knop Contact.

• Als je ziet aankomen dat je een werkcollege of computerpracticum niet kunt bijwonen en je wilt dit werkcollege of computerpracticum inhalen bij een andere groep, neem dan contact op met de hoofdassistenten. Zie Aanwezigheid.

• Voor inhoudelijke vragen kun je voor of na de hoorcolleges terecht bij de docenten, of tijdens de werkcolleges bij de assistenten. Ga inhoudelijke vragen niet mailen.

• Voor vragen van organisatorische aard (bv. over het rooster, over Blackboard, over webcolleges) kun je je mondeling of per mail richten tot de hoofdassistenten of tot de coördinator. Heb je een niet-inhoudelijke vraag over het tentamen (bv. over de uitslag, of een wens om je tentamen in te zien) dan kun je je tot de coördinator wenden.

• Heb je een vraag waarvan je niet weet aan wie je hem het beste kunt stellen, stuur hem dan aan de hoofdassistenten via het cursus-emailadres. Zij zorgen dan dat de vraag op de juiste plek terechtkomt.