Moleculaire Technieken

Molecular Techniques

Studiewijzer 2016/2017

Globale inhoud

Tijdens deze cursus ontwikkelt de deelnemer praktische vaardigheden in de recombinant DNA technologie en biochemie. De zgn. moleculaire technieken die hierbij gebruikt worden vormen de basis van de vakgebieden moleculaire biologie en biochemie, en worden derhalve vaak toegepast in het biomedisch en celbiologisch onderzoek. Ook zal kennis worden gemaakt met een aantal bio‐informatica hulpmiddelen en computerprogramma’s die in deze disciplines veel worden gebruikt. Dit vak valt in de leerlijn Moleculair en Celbiologisch Practicum, sluit aan op het vak Moleculaire Celbiologie BMW en is vereiste voorkennis voor het vak Medische Moleculaire Biologie. Tijdens dit practicum wordt een recombinant humaan fosfatase gekloneerd, geproduceerd en biochemisch gekarakteriseerd. Er wordt dus aan één lang experiment gewerkt met een aanpak en planning die zeer dicht bij een werkelijke onderzoekssituatie ligt.

Technieken die worden gebruikt zijn o.a.:
• BLAST
• (in silico) klonering
• (Kolonie)PCR
• Gel‐elektroforese
• DNA digestie
• Ligatie
• Transformatie
• DNA sequensen (Sanger)
• Eiwitstructuuranalyse
• Eiwitzuivering
• Enzymactiviteitsbepaling
• Eiwitidentificatie met massaspectrometrie

Studiemateriaal

Literatuur

• Verplicht: Effective Scientific Writing - Aleth Bolt & Walter Bruins - 1e editie (ISBN: 9789086596171)

• Aanbevolen naslagwerk: Molecular Biology of the Cell, 5e Editie of nieuwer.

Practicummateriaal

• Practicumhandleiding. Een geprinte versie dient zelf voor aanvang van het vak aangeschaft te worden via UvA Readers Online/Printing-on-Demand.

• Labjournaal (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)

• Een laboratoriumjas is verplicht!

Software

• CLC Main Workbench v6.8 (software + licentie gratis verkrijgbaar via Blackboard)

Leerdoelen

• De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken en bioinformatica hulpmiddelen die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitleggen en uitvoeren.
• De student kan de met de diverse technieken verkregen gegevens verwerken, interpreteren en gebruiken voor de vervolgstappen in het experiment.
• De student kan kan een hypothese opstellen voor de functie en biochemische activiteit van een enzym en de verkregen resultaten in combinatie met de wetenschappelijke literatuur interpreteren.
• De student kan het uitgevoerde onderzoeksproject rapporteren in de structuur van een biomedisch wetenschappelijk artikel.
• De student kan relevante software en bioinformatica hulpmiddelen gebruiken om DNA/RNA/eiwit sequenties en eiwitkristalstructuren te analyseren.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• (Computer)practicum
• Zelfstandig werken aan bijv. project/scriptie
• Begeleiding/feedbackmoment

De cursus bestaat uit 4 weken practica en zelfstandig werken aan het practicumverslag. In de eerste twee weken zullen een aantal inleidende hoorcolleges worden gegeven. Het practicum zelf bestaat uit tien dagen “wetlab” experimenten en vier computerpractica. Voor deze dagen geldt een aanwezigheidsplicht. Tijdens het practicum zal de opgedane kennis verdiept worden met behulp van theoretische vraagstukken, deze zullen deels thuis voorbereid moeten worden. Tevens zal men een labjournaal moeten bijhouden. Het practicumproject wordt afgesloten met het schrijven van een verslag in de Engelse taal en in de vorm van een biomedisch wetenschappelijk artikel. De laatste anderhalve week van het practicum is gereserveerd voor het schrijven van het verslag.

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

De tijdens deze cursus uitgevoerde experimenten en de bespreking daarvan worden aan het eind vastgelegd in een verslag dat voor 40% meeweegt in het eindcijfer. De student dient de verslaglegging uit te voeren in de vorm van een Engelstalig biomedisch wetenschappelijk artikel. De basisvaardigheden verworven in het vak Academische Vaardigheden in jaar 1 worden hier verder ontwikkeld richting de schrijfstijl die typerend is voor de biomedische literatuur. Dit zal worden ondersteund door een hoorcollege en persoonlijke feedback op een eerste versie van het verslag.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Aanvullende eisen voor dit vak:

Voor dit vak gelden de aanwezigheidsregels zoals vermeld in het OER. Hoorcolleges zijn facultatief, maar gezien ze fungeren als instructie voor het aansluitende computerpracticum wordt aanwezigheid aanbevolen. Het introductiecollege op de eerste dag van de cursus bevat belangrijke informatie dus het wordt sterk aangeraden om hierbij aanwezig te zijn.

Voor alle (computer)practica geldt een strikte aanwezigheidsplicht. Geplande afwezigheid dient vooraf overlegd te worden met de vakcoördinator en gecommuniceerd te worden met de dagelijkse begeleider (assistent). Bij overmacht dit zo spoedig mogelijk melden bij de vakcoördinator en de assistent. Bij afwezigheid is er voor de computerpractica gelegenheid tot het zelfstandig maken van de opdrachten op een later tijdstip. Dit zal moeten geschieden in overleg met de assistent/coördinator waarbij een nieuwe deadline voor het inleveren van de opdracht vast zal worden gesteld. Labwerk kan niet worden ingehaald en eventuele achterstand dient besproken te worden met de dagelijkse begeleiding en labpartner.

Van de in totaal 12 practicumdagen mag er één gemist worden. Ben je zonder geldige reden vaker dan één labwerkdag afwezig dan wordt er géén eindcijfer geregistreerd. Met opgaaf van geldige reden (bv. ziekte) kunnen maximaal twee labwerkdagen (exclusief de computerpractica) worden gemist. Bij langere afwezigheid ontstaat namelijk een te grote achterstand om nog tot een juiste beoordeling van het praktisch werk te kunnen komen en om een goed eindverslag te kunnen schrijven. 

Toetsing

• Het eindverslag moet uiterlijk op de laatste dag van de cursus (zie deadlines rooster) zijn ingeleverd op Blackboard. Verslagen die na de deadline binnenkomen kunnen nog maximaal een 6.0 scoren.
• Tijdens de vier computerpractica worden verplichte opdrachten uitgevoerd. De hieraan verbonden vragen dienen uiterlijk op de eerste werkdag na het betreffende computerpracticum ingeleverd te zijn op Blackboard. Als deze deadline wordt overschreden kan voor de betreffende opdracht hooguit nog een 6.0 gehaald worden.
• In de eerste twee weken van het practicum wordt op verschillende momenten de theoriekennis getest door het afnemen van een aantal vragen. Deze worden individueel gemaakt en beoordeeld als 'voldoende' of 'onvoldoende'. Er wordt alleen een eindcijfer voor het vak geregistreerd als minimaal 80% van deze vragen met 'voldoende' is beoordeeld.
• Van het labwerk wordt een labjournaal bijgehouden dat onaangekondigd éénmalig wordt ingenomen en beoordeeld wordt door de dagelijkse begeleiding.

Inzage toetsing

Om een inzagemoment aan te vragen, kun je contact opnemen met je begeleider.

Opdrachten

CLC computerpracticum

• Er worden opdrachten in duo's gemaakt. Het cijfer telt voor 5% mee.

BLAST computerpracticum

• Er worden opdrachten in duo's gemaakt. Het cijfer telt voor 5% mee.

MASCOT computerpracticum

• Er worden opdrachten in duo's gemaakt. Het cijfer telt voor 5% mee.

DeepView computerpracticum

• Er worden opdrachten in duo's gemaakt. Het cijfer telt voor 5% mee.

Theorievragen

• Verspreid over de eerste twee weken wordt een aantal schriftelijke theorievragen door de studenten individueel beantwoord.

Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:

•    Naam opdracht 1 : beschrijving 2
•    Naam opdracht 2 : beschrijving 1
•    ....

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: www.uva.nl/plagiaat

Weekplanning

Rooster

Aanvullende informatie

Een gedetailleerd rooster van deze cursus wordt gepubliceerd op Blackboard en is altijd leidend. Het kan op een aantal punten afwijken van de gegevens op Datanose. De cursus zal worden gegeven op het Science Park en alterneert voor BMW studenten met de cursus Immunologie Theorie en Practicum (5052TPIM6Y). De cursus Moleculaire Celbiologie BMW is aanbevolen voorkennis.

Contactinformatie

Coördinator

• dr. Rob Dekker

dr. Rob Dekker: Algemene vragen, melden afwezigheid, vragen over het schrijven van het verslag en het CLC/DeepView computerpracticum.

drs. Han Rauwerda: Vragen over het BLAST computerpracticum.

Ing. Henk Dekker: Vragen over het MASCOT computerpracticum.