Chemical biology

Studiewijzer 2016/2017

Globale inhoud

Terwijl in het onderdeel Biomoleculen van het vak Chemische reactiviteit en biomoleculen vooral aandacht werd besteed aan de chemische eigenschappen van de belangrijkste bouwstenen van de cel, wordt nu de dynamiek van de levende cel nader belicht. Het mechanisme van enzym-gekatalyseerde reacties wordt aanschouwelijk gemaakt. De plaats van enzymen in het metabole netwerk wordt geïllustreerd aan de hand van het katabolisme: hoe verkrijgt de cel de noodzakelijke energie om de vele endergone reacties uit te voeren? Hoe signaleert de cel de energiebehoefte en welke moleculaire mechanismen liggen ten grondslag aan de regulatie van metabole snelheden? De rol van (gereguleerde) eiwitsynthese via verder inzicht in de processen van transcriptie en translatie wordt daarbij behandeld. Celdeling vereist correcte DNA replicatie. Aandacht wordt gegeven aan de mechanismen die hieraan bijdragen.

Studiemateriaal

Literatuur

• Horton, Moran, Scrimgeour and Perry, 'Principles of Biochemistry', vijfde editie, Pearson, ISBN 978-0-321-79579-3, circa 65 Euro.

Overig

• Materiaal dat wordt aangeleverd via Blackboard.

Leerdoelen

• In staat te zijn de primaire, secundaire en tertiaire structuren van eiwitten te omschrijven en de krachten te benoemen die een rol spelen bij de structuurvorming;
• Het vermogen te hebben a.d.h.v. algemene chemische kennis een aantal mechanismen van een enzymgekatalyseerde reactie te verklaren;
• Inzicht te hebben in de chemie die ten grondslag ligt aan signaaltransductie in de levende cel;
• Kunnen toepassen van algemene thermodynamische concepten op de energieconserveringsmechanismen in de levende cel;
• Kwantitatief kunnen rekenen aan energie-opbrengsten en redoxbalansen van chemotroof katabolisme en inzicht te hebben in het principe van de ademhaling en de chemiosmotische theorie;
• In staat te zijn de basisprincipes van het mathematisch modelleren van metabole processen in het algemeen en metabole flux analyse in het bijzonder te verwoorden en toe te passen voor eenvoudige reactie-sequenties;
• Kennis te hebben van de structuur-functie relatie van nucleinezuren;
• In staat zijn het mechanisme restrictie-enzymen te verklaren en deze enzymen te gebruiken in het ontwerpen van een moleculair biologische strategie;
• De mechanismen van DNA replicatie, reparatie, proofreading en recombinatie te kunnen uitleggen;
• Overzicht te hebben van transcriptie en RNA processing, van (de regulatie van) eiwitsynthese.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Werkcollege

Hoorcollege en werkcolleges met bespreking van opdrachten. De student krijgt huiswerkopdrachten die voor aanvang van de volgende werkcolleges ingeleverd kunnen worden en vervolgens worden besproken.

Verdeling leeractiviteiten

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Van elke student wordt actieve deelname verwacht aan het examenonderdeel waarvoor hij staat ingeschreven.
• Als een student door overmacht niet aanwezig kan zijn bij een verplicht onderdeel van het examenonderdeel, dient hij dit zo snel mogelijk schriftelijk te melden bij de betreffende docent. De docent kan, eventueel na overleg met de studieadviseur, besluiten om de student een vervangende opdracht op te leggen
• Het is niet toegestaan om verplichte onderdelen van een examenonderdeel te missen als er geen sprake is van overmacht.
• Bij kwalitatief of kwantitatief onvoldoende deelname, kan de examinator de student uitsluiten van verdere deelname aan het examenonderdeel of een gedeelte daarvan.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Toetsing

Op tijd inleveren van de huiswerkopgaven kan leiden tot een positieve bijdrage aan het uiteindelijke eindcijfer. Een  tentamencijfer lager dan 5.0 kan echter niet een voldoende worden door de opdrachtenbeoordeling. Er wordt 1 tentamen  afgenomen.

Inzage toetsing

De datum, het tijdstip en de locatie van het inzagemoment staan in het rooster in DataNose.

Opdrachten

Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:

•    Naam opdracht 1 : beschrijving 2
•    Naam opdracht 2 : beschrijving 1
•    ....

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene ‘Fraude- en plagiaatregeling’ van de UvA. Onder plagiaat of fraude wordt verstaan het overschrijven van het werk van een medestudent dan wel het kopiëren van wetenschappelijke bronnen (uit bijvoorbeeld boeken en tijdschriften en van het Internet) zonder daarbij de bron te vermelden. Uiteraard is plagiaat verboden. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd en streng tegen opgetreden. Bij verdenking van plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Wanneer de examencommissie overtuigd is dat er plagiaat gepleegd is dan kan dit maximaal leiden tot een uitsluiting van al het onderwijs van de opleiding voor een heel kalenderjaar. Zie voor meer informatie over het fraude- en plagiaatreglement van de Universiteit van Amsterdam.www.uva.nl/plagiaat

Weekplanning

Rooster