OMICS in de Biomedische Wetenschappen

OMICS in the Biomedical Sciences

12 EC

Semester 2, periode 5

5052OIB12Y

Eigenaar Bachelor Biomedische wetenschappen
Coördinator Antoine van Kampen
Onderdeel van Bachelor Bèta-gamma, major Biomedische wetenschappen, jaar 2Bachelor Bèta-gamma, major Neurobiologie, jaar 2Bachelor Biomedische wetenschappen, jaar 2

Studiewijzer 2016/2017

Globale inhoud

Inzicht in:

  • Experimentele omics technologieën (sequencing, microarrays, massaspectroscopie);
  • Toepassing van omics in biomedisch onderzoek;
  • Toepassing van omics in diagnostiek;
  • Analyse van biologische systemen (systeembiologie);
  • Analyse en interpretatie van omics data (bioinformatica);
  • Het managen van complexe en grote hoeveelheden data (informatiemanagement);

Studiemateriaal

Literatuur

Syllabus

  • Een deel van de leerstof is beschikbaar als syllabus

Overig

  • Overig materiaal wordt uitgereikt tijdens college

Leerdoelen

Na het volgen van dit vak is de student in staat om:

  • Uit te leggen hoe een aantal geselecteerde omics technologieën voor het bepalen van nucletoidesequenties, genexpressie, eiwitten, metabolieten, en vetten (lipidomics) werken;
  • Een aantal geselecteerde omics technologieën, met elkaar en met traditionele technologieën te vergelijken;
  • Eenvoudige experimentele proefopzetten uit te leggen en toe te passen voor omics experimenten;
  • Data van een aantal geselecteerde omics technologieën te kunnen interpreteren;
  • Simpele (statistische) analyses van omics data uit te leggen en uit te voeren;
  • Toepassingen van -omics en systeembiologie in biomedisch onderzoek en diagnostiek te beschrijven;
  • Uit te leggen hoe een aantal geselecteerde bioinformaticamethoden werken om -omics data te combineren/integreren (systeembiologie, personalized medicine, genome scale metabolic modeling);
  • Uit te leggen welke aspecten van belang zijn bij het managen van data en informatie in (publieke) databases (bv annotatie, curatie, informatiestandaarden, voortplanten van fouten)
  • Juridische en ethische aspecten van whole-genome sequencing in de diagnostiek te benoemen;
  • Uit te leggen hoe epigenetische regelmechanismen werken, hoe ze gemanipuleerd en gemeten worden, en hoe deze mechanismen worden bestudeerd door middel van gen-netwerken.

Onderwijsvormen

  • Hoorcollege
  • Laptopcollege
  • (Computer)practicum
  • Zelfstudie
Hoorcolleges84 uur
Computerpractica26 uur
Zelfstudie en tentamen 


Verdeling leeractiviteiten

Activiteit

Aantal uur

Deeltoets

6

Hoorcollege

90

Laptopcollege

26

Zelfstudie

214

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

  • Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.

Aanvullende eisen voor dit vak:

Toetsing

Onderdeel en weging Details

Eindcijfer

1 (50%)

Deeltoets 1

1 (50%)

Deeltoets 2

Opdrachten

Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:

  •    Naam opdracht 1 : beschrijving 2
  •    Naam opdracht 2 : beschrijving 1
  •    ....

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: www.uva.nl/plagiaat

Weekplanning

Weeknummer Onderwerpen Studiestof
1
2
3
4
5
6
7
8

Aanvullende informatie

Verwachte voorkennis:

  • Basis statistiek
  • Moleculaire biologie
  • R

Contactinformatie

Coördinator

  • prof. dr. Antoine van Kampen