Advanced Genomics Practical
6 EC
Semester 1, periode 3
5052PAGE6Y
| Eigenaar | Bachelor Biomedische wetenschappen |
| Coördinator | dr. M.J. Jonker |
| Onderdeel van | Bachelor Biomedische wetenschappen, jaar 3Bachelor Bèta-gamma, major Biomedische wetenschappen, jaar 3 |
Genomics technologieën, zoals DNA microarrays, worden inmiddels op grote schaal gebruikt binnen de biologische en (bio)medische wetenschappen. De microarray technologie maakt het mogelijk om te bestuderen welke genen gereguleerd worden na experimentele behandelingen, of om vast te stellen welke genen een rol kunnen spelen bij bijvoorbeeld ziektes zoals kanker, Alzheimer of de ziekte van Huntington. Daarbij wordt genoom-breed het expressie-niveau van alle bekende en voorspelde genen gekwantificeerd. Bij microarray experimenten is het traject vanaf de experimentele opzet tot en met de interpretatie van de data lang. Dit wordt altijd multidisciplinair uitgevoerd. Het is voor studenten in de biomedische richting daarom van groot belang om hier ervaring mee op te doen. Daarom bieden wij een cursus aan waarbij we dit gehele proces zullen behandelen aan de hand van een real-life experiment met het modelsysteem Caenorhabditis elegans. Deze cursus is een uitbreiding op Moleculaire Technieken en sluit aan op Genomics van Ziekte.
De colleges en protocollen worden op Blackboard geplaatst. Daarnaast zullen de studenten zelf aantekeningen moeten maken en literatuur moeten zoeken die ze nodig hebben voor hun verslag.
De Syllabus wordt op Blackboard geplaatst.
Technologie:
Onderzoek:
Verplicht practicum en (werk-/hoor-)colleges, en zelfstudie.
Hoorcollege: Ieder practicumonderdeel wordt voorafgegaan door een inleidend voorcollege, waarin de theoretische achtergrond besproken wordt. De belangrijkste onderwerpen zullen worden uitgereikt in syllabi, maar er wordt van de studenten verwacht dat zij zelf dictaat maken. Er is ruim gelegenheid tot het stellen van vragen.
Practicum: Aan de hand van de voorcolleges en de practicumhandleiding worden de experimenten in het lab in groepjes of zelfstandig uitgevoerd, waarbij assistentie aanwezig is. De resultaten van de proeven moeten door de studenten zelfstandig bijgehouden worden in een labjournaal.
Computerpracticum: Studenten analyseren de data zoveel mogelijk zelfstandig, maar met begeleiding, aan de hand van een zelfbedachte onderzoeksvraag. Dit vormt de basis voor een wetenschappelijk verslag in artikelvorm.
Zelfstudie: Er zijn verschillende facetten die bij het practicum horen die zelfstandig uitgevoerd dienen te worden, zoals experiment opzet bedenken, een literatuurstudie uitvoeren, het definiëren van onderzoeksvragen, en het bedenken van een data analyse strategie. Hiervoor is zelfstudietijd ingeroosterd.
|
Activiteit |
Aantal uur |
|
Computerpracticum |
70 |
|
Hoorcollege |
6 |
|
Practicum |
74 |
|
Presentatie |
4 |
|
Zelfstudie |
14 |
|
Totaal 6EC * 28 |
168 |
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Aanvullende eisen voor dit vak:
Aanwezigheid bij practica is verplicht, aanwezigheid bij colleges wordt sterk aanbevolen, want als je de colleges niet volgt weet je niet wat je tijdens het practicum moet doen. Je mag gedurende het hele vak maximaal twee dagen van de (computer)practica missen. Ben je vaker afwezig dan wordt er geen eindcijfer geregistreerd.
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
15% Labjournaal | Moet ≥ 5 zijn, Herkansbaar |
|
40% Eindverslag | Moet ≥ 5 zijn, Herkansbaar |
|
25% Eindpresentatie | Moet ≥ 5 zijn, Herkansbaar |
|
20% Praktisch werk | Moet ≥ 5 zijn |
De toetsing vindt plaats door beoordeling van het praktisch werk (20%), labjournaal (15%), eindverslag (40%), en de presentatie (25%). De deadlines voor de verslagen worden tijdens de cursus tijdig vermeld, maar alle deadlines vallen binnen de periode dat de cursus loopt. Ieder deelcijfer moet minimaal een 5 zijn. De student heeft het vak behaald als het gewogen gemiddelde eindcijfer minimaal een 5,5 is. Herkansing van een onderdeel kan maximaal een 6.5 opleveren.
In het lab ga je met toewijding, vlot en zelfstandig te werk. Je bereidt het practicum voor en neemt actief deel aan de practicuminstructies en discussies. De kwaliteit van de labresultaten wordt beoordeeld.
In het labjournaal houd je gedurende de eerste twee weken je wet-lab experimenten bij op een georganiseerde en chronologische wijze. Per (deel)experiment dient beknopt het doel, de experimentele aanpak (incl. afwijkingen van standaardprotocollen), resultaten, interpretatie en conclusies te worden beschreven.
In het wetenschappelijk verslag wordt een onderzoeksvraag aan de hand van (een deel van) de microarray data beantwoord. In het verslag moet context worden gegeven, moet data en/of resultaten van data analyse worden gepresenteerd en bediscussieerd, en moeten wetenschappelijke conclusies worden geformuleerd. Het zandloper model, dat geleerd wordt bij Academische Basisvaardigheden is hierop van toepassing.
Aan het eind van de cursus geven de practicumgroepjes aan elkaar een mondelinge presentatie, waarin ze hun bevindingen die in het wetenschappelijk verslag staan aan elkaar presenteren.
Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:
Dit vak hanteert de algemene ‘Fraude- en plagiaatregeling’ van de UvA. Onder plagiaat of fraude wordt verstaan het overschrijven van het werk van een medestudent dan wel het kopiëren van wetenschappelijke bronnen (uit bijvoorbeeld boeken en tijdschriften en van het Internet) zonder daarbij de bron te vermelden. Uiteraard is plagiaat verboden. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd en streng tegen opgetreden. Bij verdenking van plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Wanneer de examencommissie overtuigd is dat er plagiaat gepleegd is dan kan dit maximaal leiden tot een uitsluiting van al het onderwijs van de opleiding voor een heel kalenderjaar. Zie voor meer
informatie over het fraude- en plagiaatreglement van de Universiteit van Amsterdam.www.uva.nl/plagiaat
| Weeknummer | Onderwerpen | Studiestof |
| 1 | Experiment met C. Elegans | |
| 2 | RNA extractie en microarray | |
| 3 | Data analyse | |
| 4 | Zelfstudie, rapportage, af te sluiten met verslag en presentatie |
Alle toetsingsmomenten zijn geplanned tijdens de cursus. Als je niet aan alle voorwaarden hebt voldaan, dan moet je het vak het jaar daarna opnieuw doen. Als je om aantoonbare zwaarwegende redenen niet aan alle samenstellende onderdelen kunt voldoen, dien je je voorafgaand aan het toetsingsmoment (tentamen, inleveren opdracht, inleveren paper etc.) te melden bij de studieadviseurs. In geval van aantoonbaar zwaarwegende omstandigheden wordt er dan in samenspraak met de docent gekeken of er een andere oplossing mogelijk is.