Moleculaire Technieken

Molecular Techniques

Studiewijzer 2015/2016

Globale inhoud

Tijdens deze cursus ontwikkelt de deelnemer praktische vaardigheden in de recombinant DNA technologie en biochemie. De zgn. moleculaire technieken die hierbij gebruikt worden vormen de basis van de vakgebieden moleculaire biologie en biochemie, en worden derhalve vaak toegepast in het biomedisch en celbiologisch onderzoek. Ook zal kennis worden gemaakt met een aantal bio‐informatica hulpmiddelen en computerprogramma’s die in deze disciplines veel worden gebruikt. Dit practicum valt in de leerlijn Moleculair en Celbiologisch Practicum, sluit aan op het vak Moleculaire Celbiologie (5052MCB12Y) en is vereiste voorkennis voor het vak Medische Moleculaire Biologie (5052MMB12Y). Tijdens dit practicum wordt een recombinant humaan fosfatase gekloneerd, geproduceerd en biochemisch gekarakteriseerd. Er wordt dus aan één lang experiment gewerkt met een aanpak en planning die zeer dicht bij een werkelijke onderzoekssituatie ligt.

Technieken die worden gebruikt zijn o.a.:
• BLAST
• (in silico) klonering
• (Kolonie)PCR
• Gel‐elektroforese
• DNA digestie
• Ligatie
• Transformatie
• DNA sequensen (Sanger)
• Eiwitstructuur analyse
• Eiwitzuivering
• Enzymatische activiteitbepaling
• Eiwitidentificatie met massaspectrometrie

Leerdoelen

• De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken en bioinformatica hulpmiddelen die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitleggen en uitvoeren.
• De student kan de met de diverse technieken verkregen gegevens verwerken, interpreteren en gebruiken voor de vervolgstappen in het experiment.
• De student kan de verkregen resultaten in combinatie met de wetenschappelijke literatuur interpreteren en kan een hypothese opstellen van de functie en biochemische activiteit van een specifiek eiwit.
• De student kan het uitgevoerde onderzoeksproject rapporteren in de structuur van een biomedisch wetenschappelijk artikel.
• De student kan relevante software en bioinformatica hulpmiddelen gebruiken om DNA/RNA/eiwit sequenties en eiwitkristalstructuren te analyseren.
  

Onderwijsvormen

De cursus bestaat uit 4 weken voltijdspracticum. In de eerste twee weken zullen een aantal inleidende hoorcolleges worden gegeven. Het practicum zelf bestaat uit tien dagen “wetlab” experimenten en vier computerpractica. Voor deze dagen geldt een aanwezigheidsplicht. Tijdens het practicum zal de opgedane kennis verdiept worden met behulp van theoretische vraagstukken, deze zullen deels thuis voorbereid moeten worden. Tevens zal men een labjournaal moeten bijhouden. Het experiment wordt afgesloten met het schrijven van een verslag in de vorm van een artikel. De laatste anderhalve week van het practicum is gereserveerd voor het schrijven van het verslag en leren voor het tentamen.

Verdeling leeractiviteiten

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Aanvullende eisen voor dit vak:

Toetsing

Opdrachten

Onderstaande opdrachten komen aan bod in deze cursus:

•    Naam opdracht 1 : beschrijving 2
•    Naam opdracht 2 : beschrijving 1
•    ....

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: www.uva.nl/plagiaat

Weekplanning

Rooster

Contactinformatie

Coördinator

• dr. Rob Dekker