Genetica en Evolutie Practicum

Genetics and Evolution Practical

Studiewijzer 2025/2026

Globale inhoud

Deze cursus richt zich op het ontwikkelen van praktische vaardigheden aan de hand van een aantal belangrijke concepten in de genetica en evolutie. Je leert de wetenschappelijke methode van onderzoeken via de empirische cyclus, hoe je experimenten rapporteert in een labjournaal en je leert kritisch na te denken over je resultaten en conclusies.

De volgende onderwerpen en concepten komen aan bod tijdens de practica:

1. Tetradenanalyse: je past je kennis over meiose toe om te bepalen wat de gevolgen zijn van recombinatie en hoe je dat kunt gebruiken om genen ten opzichte van het centromeer te kunnen karteren.
2. Genkartering: je past de principes van de Mendelse genetica en recombinatie toe om de posities van genen op chromosomen in kaart te brengen als basis voor GWAS en QTL-analyse.
3. Conjugatie: je leert de principes van bacteriële genoverdracht kennen en hoe je met een experiment genoverdacht kunt aantonen.
4. Moleculaire genetica: je leert in de praktijk de principes van DNA-isolatie, PCR en sequencing, hoe je sequenties analyseert en kunt gebruiken om de genetische variatie en mutaties in menselijk DNA te analyseren.
5. Evolutie genetica: je leert hoe je van populatie genetische variatie bij mensen kunt beschrijven en analyseren.
6. Fylogenetische analyse: je leert hoe je verschillende fylogenetische methodes kunt toepassen om inzicht te krijgen in de evolutionaire geschiedenis van de mens en zijn verwanten.

Je werkt met verschillende organismen tijdens de practica:.

• Tetradenanalyse in de schimmel Sordaria fimicola
• Genkartering in Drosophila melanogaster
  
• Conjugatie in Escherichia coli
• DNA vingerafdrukken- PCR -Sequencing in Homo sapiens
• Fylogenetische analyse afstamming mens

Studiemateriaal

Literatuur

• Introduction to Genetic Analysis. Griffiths et al (2020) (12th ed)

Syllabus

• Handleiding Practicum Genetica en Evolutie ( zelf printen vanaf CANVAS)

Practicummateriaal

• Labjournaal

• Labjas

• Snijset

• Markeer Stift kleur rood, permanent, Fijn 

• Markeer Stift kleur zwart, permanent, Fijn

Software

• MEGA 12:  https://www.megasoftware.net/

Overig

Leerdoelen

• De student kan effectief en efficiënt een aantal (moleculair) genetische technieken uitvoeren om erfelijke informatie te bestuderen, zoals het isoleren, manipuleren en sequencen van DNA, het in kaart brengen van genen, het analyseren van genetische variatie en fylogenetische informatie.
• De student kan een labjournaal bijhouden dat duidelijk en nauwkeurig alle belangrijke aspecten van een experiment vastlegt, waaronder de doelstellingen, methoden, resultaten en conclusies.
• De studenten kan de empirische cyclus toepassen om onderzoeksvragen te formuleren, hypotheses op te stellen, experimenten te ontwerpen en gegevens te analyseren om conclusies te trekken en vervolgvragen te stellen.
• De student kan verzamelde data statistisch beschrijven en opgestelde hypotheses statistisch toetsen.
• Student kan computerprogramma's gebruiken om DNA sequenties te analyseren, bijvoorbeeld hoe je de kwaliteit bepalen, hoe je ze kunt annoteren, en hoe je ze kunt gebruiken om evolutionaire relaties tussen verschillende soorten te kunnen afleiden.

Onderwijsvormen

• (Computer)practicum
• Begeleiding/feedbackmoment

Je ontwikkelt je praktische vaardigheden aan de hand van een genetische experimenten. Je leert de empirische cyclus toepassen in de experimenten. Je gebruikt genetische en evolutie concepten die je leert tijdens het gelijknamige theorievak en omgekeerd helpen de practica bij een beter begrip van deze concepten.

Verdeling leeractiviteiten

Aanwezigheid

Aanvullende eisen voor dit vak:

Practica zijn verplicht omdat praktische kennis en vaardigheden vanwege de benodigde biologisch materiaal, verbruiksgoederen, apparatuur en veiligheid, alleen onder supervisie in laboratoria kunnen worden opgedaan.

Er wordt een presentielijst bijgehouden.

Afwezigheid bij practicumonderdeel dient vooraf gemeld te worden via de mail bij de coördinator met vermelding van reden, volledige naam, studentnummer opleiding en practicumtafel. De coordinator bepaald of het geoorloofde reden is en in overleg met de student wat de consequentie is. In het minst gunstige geval wordt het genoteerd als student afwezig.

Ben je zonder afbericht afwezig of komt je afbericht te laat (na de start van je practicum), dan wordt dit zonder meer genoteerd als student afwezig.

Kom je meer dan 30 min te laat dan kun je wel aanschuiven, maar wordt wel dit wordt wel aangemerkt als afwezigheid.

Ben je bij twee of meer practica als afwezig genoteerd in de presentielijst, dan kun je het vak niet meer halen en moet je het vak volgend jaar in zijn geheel opnieuw doen.

In alle ander gevallen beslist de coordinator over de consequenties.

Toetsing

Het eindcijfer wordt op de volgende manier berekend:

Praktische vaardigheden en werkhouding:         0,4

Labjournaal tussenbeoordeling:                              0,1

Labjournaal eindbeoordeling:                                  0,5

BMW: Infographic*                                                          voldaan/niet voldaan

BIO: Mastertabel*                                                            voldaan/niet voldaan

*)Indien de infographic (BMW) of mastertabel (BIO) als niet voldaan wordt geregistreerd, wordt het eindcijfer NAV.

Herkansing

Indien het eindcijfer onvoldoende is, bepaalt de coördinator de wijze van herkansing.

Inzage toetsing

Ingevulde beoordelingsmodellen waarop het (deel)cijfers zijn gebasserd kunnen worden ingezien via CANVAS zodra (deel)cijfers bekend zijn gemaakt.

Opdrachten

Voor alle toetsonderdelen is een beoordelingsmodel (rubric) in CANVAS zichtbaar

tussenbeoordeling labjournaal - inleveren eind week 46 - de docent geeft feedback op je labjournaal, die je mee kunt nemen als je werkt aan je labjournaal tijdens de tweede helft

eindbeoordeling labjournaal - inleveren einde fylogenie practicum (laatste practicum)

praktische vaardigheden en werkhouding worden aan het einde van het vak beoordeeld.

inleverdata AV opdracht BIO en infographic BMW - tweede helft cursus, exacte datum wordt via AV werkgroepen bekend gemaakt.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Contactinformatie

Coördinator

• dr. Hans Breeuwer

Docenten

• Bryndan van Pinxteren