Building Blocks of Life

6 EC

Semester 1, periode 2, 3

5141BUBL6Y

Eigenaar Bachelor Science, Technology & Innovation
Coördinator dr. S. Allmann
Onderdeel van Bachelor Science, Technology & Innovation, jaar 1

Studiewijzer 2025/2026

Globale inhoud

In deze cursus maken we kennis met de belangrijkste basisprincipes en concepten van de celbiologie. We onderzoeken hoe cellen zijn opgebouwd uit verschillende (bio)chemische componenten – van ionen en kleine moleculen tot macromoleculen – en hoe deze samen de complexe processen van het leven mogelijk maken. Daarbij besteden we ook aandacht aan de principes van katalyse en het gebruik van energie door cellen, waarbij we eenvoudige thermodynamische concepten toepassen om te begrijpen hoe cellen energie omzetten en benutten.

We bestuderen de overdracht van genetische informatie en behandelen de basis van essentiële celprocessen, zoals transcriptie, translatie, genregulatie en DNA-replicatie. Daarnaast verdiepen we ons in de werking van eiwitten binnen de cel en hun rol in de regulatie van cellulaire functies.

Tijdens de projectfase werken we in kleine groepen aan een onderzoeksopdracht waarin theoretische kennis wordt gekoppeld aan praktische toepassingen. We combineren laboratoriumwerk met computationele analyses, d.w.z. het modelleren van eiwitten en het onderzoeken van hun interacties met andere moleculen. In deze fase leren we bovendien hoe een onderzoeksproject wordt opgezet, voorgesteld en gepresenteerd, en hoe de resultaten op een heldere en wetenschappelijke manier kunnen worden gecommuniceerd.

Studiemateriaal

Literatuur

  • Molecular Biology of the Cell, 7th edition, Alberts, ISBN: 978-0-393-88485-2

Syllabus

  • Handleiding voor het computerpracticum. Verkrijgbaar als PDF op Canvas. Zelf printen voorafgaand aan practicum!

  • Handleidingen voor de laboratoriumpractica. Verkrijgbaar als PDF op Canvas. Zelf printen voorafgaand aan practicum!

Practicummateriaal

  • Witte laboratoriumjas (verplicht te dragen tijdens het practicum in alle cursussen)

  • Goed tekenpotlood (zwart)

Software

  • YASARA (hier krijg je nog informatie over)

Overig

  • laptop

  • De PowerPoint-presentaties maken deel uit van de literatuur en worden voor of na het hoorcollege beschikbaar gesteld. 

Leerdoelen

  • Students can compare basic cellular function and the organelles involved.
  • Students can explain the most important biomolecules and describe how they can be used as building blocks to make polymers.
  • Students can describe the molecular principles underlying the flow of information from DNA to RNA to protein.
  • Students can clearly explain basic concepts and components of molecular genetics and describe how gene expression can be regulated.
  • Students can evaluate the implications of physicochemical properties of biomolecules and understand the forces responsible for correct folding and formation of macromolecules and protein complexes.
  • Students can operate a microscope to evaluate biological structures of a cell.
  • Students can apply a computational tool(s) to simulate behaviour of biomolecules.

Onderwijsvormen

  • Hoorcollege
  • Werkcollege
  • Laptopcollege
  • (Computer)practicum
  • Presentatie/symposium
  • Zelfstudie
  • Zelfstandig werken aan bijv. project/scriptie

Hoorcollege: De Hoorcolleges introduceren fundamenteel nieuwe concepten, theorieën en basiskennis, waardoor studenten informatie efficiënt kunnen opnemen in een gestructureerde setting.

Werkcolleges: De Werkcolleges bieden de mogelijkheid voor diepgaande discussies, kritisch denken en toepassing van de concepten die in de hoorcolleges zijn geïntroduceerd. Studenten verdiepen zich in het hoorcollege-materiaal en beantwoorden interactieve vragen.

Computerpracticum: Computerpractica geven studenten praktische ervaring met software, programmeren, data-analyse of andere computergebaseerde vaardigheden die relevant zijn om de bouwstenen van het leven op moleculair niveau te begrijpen. Deze sessies ontwikkelen technische vaardigheid en vertalen theoretische kennis naar praktische opdrachten.

Laboratoriumpracticum: Laboratoriumpractica stellen studenten in staat de toepassing van theoretische kennis in de praktijk te begrijpen, bijvoorbeeld door experimenten uit te voeren en resultaten te interpreteren.

Presentatie/Symposium: Presentaties en symposia bevorderen kritisch denken en presentatievaardigheden en bieden de mogelijkheid om feedback te ontvangen van medestudenten en docenten.

Zelfstandig werken: Zelfstandig werken (bijvoorbeeld groepsprojecten of het schrijven van een scriptie) stimuleert zelfstandigheid, versterkt probleemoplossend vermogen en ontwikkelt het vermogen tot zelfgestuurd leren.

Zelfstudie: Zelfstudie versterkt kennis en bereidt voor op tentamens en andere toetsen.

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit

Uren

Hoorcollege

18

Laptopcollege

4

Practicum

12

Presentatie

8

Project

20

Tentamen digitaal

2

Werkcollege

20

Zelfstudie

84

Totaal

168

(6 EC x 28 uur)

Aanwezigheid

Aanvullende eisen voor dit vak:

Voor sommige studieonderdelen geldt een aanwezigheidsplicht. Indien er een aanwezigheidsplicht geldt, dan staat dit aangegeven in de studiegids die te raadplegen is via de UvA-website. De onderbouwing voor, en invulling van, deze aanwezigheidsplicht kan per vak verschillen, en is indien van toepassing opgenomen in deze studiewijzer.

Aanvullende eisen voor dit vak:

Bovenstaande aanwezigheidsplicht geldt ook voor alle 'live' aangeboden practica en werkcolleges (inclusive laptopcollege).

Mocht je wegens persoonlijke omstandigheden (denk hierbij aan ziekte of bijzondere familieomstandigheden) niet kunnen deelnemen aan een verplichte onderwijsbijeenkomst, neem dan direct per e-mail (S.Allmann@uva.nl) contact op met de vakcoördinator. De vakcoördinator bespreekt dan met je of er mogelijkheden zijn om het onderwijs op een andere wijze te volgen, en zo ja welke. Ben je langdurig niet in staat om onderwijs te volgen (langer dan 1 week), neem daarnaast dan ook contact op met de studieadviseur.

De werkcolleges (inclusive laptopcollege), en practica zijn verplicht. Werkcolleges zijn een onderwijsvorm waarin we de tijdens de hoorcolleges opgedane kennis toepassen. Het toepassen van deze kennis staat centraal voor het behalen van de leerdoelen van de cursus en vereist actieve, begeleide deelname. Er wordt een presentielijst bijgehouden door de docent. Mocht je door overmacht niet in staat zijn om bij één van deze onderdelen aanwezig te zijn, meld dit dan vooraf bij de vakcoördinator (S.Allmann@uva.nl).

De consequentie van het missen van een werkcollege (of laptopcollege) of practicumdeel wordt in overleg met de vakcoördinator bepaald.

Herhaaldelijke afwezigheid zonder geldige reden of zonder afmelding kan tot de eindbeoordeling niet aan voldaan (NAV) leiden. Ook bij te laat komen voldoe je niet aan de aanwezigheidsplicht. Bij de beoordeling NAV wordt er geen eindcijfer geregistreerd ook al is voor het tentamen en de presentaties een voldoende behaald.

De hoorcollege's zijn niet verplicht, maar deelname wordt sterk aangeraden.

Toetsing

Onderdeel en weging Details

Eindcijfer

0.5 (50%)

Tentamen digitaal

Moet ≥ 5.5 zijn

0.15 (15%)

Presentatie projectvoorstel

Moet ≥ 5.5 zijn

0.35 (35%)

Eindpresentatie project

Moet ≥ 5.5 zijn
  • Deze cursus wordt beoordeeld met een tentamen bestaande uit multiplechoicevragen, dat 50% van het eindcijfer bepaalt. De examenvragen zijn vergelijkbaar met de oefenopdrachten in de werkcolleges en de onderwerpen die tijdens de hoorcolleges zijn behandeld. Om het tentamen te halen, moet het cijfer voor het multiplechoice-examen hoger zijn dan 5,5.

  • De gestructureerde wetenschappelijke presentatie over het voorgestelde project telt voor 15% van het eindcijfer. De presentatie wordt beoordeeld aan de hand van een rubric.

  • De eindpresentatie van het project telt voor 35% van het eindcijfer. De presentatie wordt beoordeeld aan de hand van een rubric. 

  • Het eindcijfer wordt als volgt berekend: 50% multiplechoice + 15% presentatie projectvoorstel + 35% eindpresentatie project. Het vak is gehaald als zowel het tentamencijfer als ook de cijfers voor de presentaties een 5,5 of hoger zijn en het practicum is afgesloten met 'aan voldaan'. 

  • Er is één herkansing per jaar voor het multiplechoice-examen.

  • Als een deadline niet wordt gehaald, heeft dit gevolgen voor het eindcijfer en wordt dit meegenomen in de beoordeling van actieve deelname en samenwerking.

Inzage toetsing

Na de bekendmaking van de uitslag van het tentamen krijgt de student op verzoek inzage in het beoordeelde werk. Indien je een inzagemoment wilt plannen, stuur dan binnen 10 werkdagen nadat de uitslag bekend is gemaakt een e-mail naar S.Allmann@uva.nl

Na de aanvraag zal de cursus coördinator je uitnodigen om langs te komen op Science Park en krijg je één uur de tijd om de tentamenvragen en de door jou gegeven antwoorden in te zien.

Opdrachten

Formatieve beoordeling: Na de hoorcolleges wordt van studenten gevraagd een multiplechoicequiz te maken over het onderwerp van die dag. Dit gebeurt individueel. Studenten ontvangen direct feedback op hun antwoorden.

Summatieve beoordeling: Zie de hierboven beschreven onderdelen die meetellen voor het eindcijfer.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

zie Canvas

Aanvullende informatie

Een deel van de cursus wordt in het Engels gegeven.

Er is een Canvas-pagina beschikbaar.

Contactinformatie

Coördinator

  • dr. S. Allmann

Docenten

  • dr. S. Allmann
  • dr. V. Tseliou
  • dr. R. Gjaltema