Data Collection and Analysis
6 EC
Semester 1, periode 1, 2
5042DAVA6Y
| Eigenaar | Bachelor Biologie |
| Coördinator | drs. Peter Assink |
| Onderdeel van | Bachelor Biologie, jaar 1Pre-master Biological Sciences, jaar 1 |
| Links | Zichtbare leerlijnen |
Data Verzamelen en Analyseren is een zestienweekse cursus die plaatsvindt gedurende de eerste vier maanden (sep-dec) van het eerste studiejaar. In de cursus wordt (1) aandacht besteed aan op welke wijze je onderzoeksgegevens moet verzamelen om ze zinvol te kunnen analyseren, en worden (2) enige eenvoudige analysetechnieken besproken en geoefend, zowel met pen en papier als met statistiekprogramma 'R'. Veel van deze analysetechnieken worden in latere cursussen van de bachelor regelmatig toegepast.
In onderstaand overzicht staan de onderwerpen met hun Engelse term aangegeven (o.a. vanwege het Engelstalige cursusboek), maar de cursus wordt in het Nederlands gegeven.
Periode 1
Periode 2
The Analysis of Biological Data. Whitlock and Schluter, 3rd edition, 2019. ISBN: 9 781319 325343
Er zijn van dit boek minstens 3 verschillende voorkaften in omloop, maar de inhoud is identiek.
Wij ontraden je om de e-book versie te gebruiken. Je kunt dan niet lekker bladeren, niet even iets in de kantlijn krabbelen en je vermeerdert je dagelijkse schermwerk weer met een paar uur, wat simpelweg niet gezond is. Bovendien, als je laptop uitvalt, heb je geen toegang meer tot de stof.
'R Companion bij het cursusboek' (hoe doe je de berekeningen uit het cursusboek met R).
'R Handleiding bij de laptopcolleges' (data opslaan in R, grafieken maken met R, statistische analyses uitvoeren in R).
Deze (gratis) syllabi komen digitaal beschikbaar tijdens de cursus in de vorm van losse, van Canvas te downloaden files.
Laptop met als besturingssysteem Windows (10 of 11) of macOS 12 of hoger. Oudere besturingssystemen kunnen voor problemen zorgen omdat er dan oudere versies geïnstalleerd moeten worden van de software die er tijdens de cursus gebruikt wordt, en in die oudere software kunnen bepaalde functionaliteiten ontbreken.
Chromebooks worden ontraden. Het installeren van de benodigde software voor deze cursus wordt dan omslachtig (vereist linux) en de cursusbegeleiders kunnen je dan minder goed helpen in geval van problemen.
Voor Windows machines zowel als Mac's: (bij voorkeur de Engelstalige) Excel uit Microsoft Office 2016, 2019, 2021 of 365.
LET OP: eerdere en/of Nederlandstalige versies van Excel zijn toegestaan maar Excel wordt uitgelegd a.h.v. Engelstalige tutorials.
Zorg dat de Excel-applicatie op je laptop staat voordat de cursus begint.
CRAN R-4.5.1 of een recentere release (bij oudere besturingssystemen kan het zijn dat je een oudere release moet gebruiken). Je installeert deze applicatie tijdens de cursus. Ga het niet thuis al doen.
RStudio 2025.05.x of een recentere release (bij oudere besturingssystemen kan het zijn dat je een oudere release moet gebruiken). Je installeert deze applicatie tijdens de cursus. Ga het niet thuis al doen.
Tijdens de hoorcolleges bespreekt de docent de stof uit het boek, vaak vanuit een wat andere invalshoek en met andere voorbeelden dan het boek hanteert.
Tijdens de werkcolleges oefenen studenten om de behandelde stof toe te passen a.h.v. opgaven uit het boek en oude tentamenopgaven. Dit gebeurt met pen en papier of in een tekstverwerker, en met R als rekenmachine.
Tijdens de laptopcolleges leren studenten werken met R vanuit RStudio. Dit doen ze op hun eigen laptop.
Zelfstudie (de helft van de studielast-uren) is bedoeld om, buiten de contacturen om, zelf de theorie te bestuderen, huiswerkopgaven te maken, na een werk- of laptopcollege alsnog de opgaven te maken waar men niet was aan toegekomen, en voor de deeltoetsen te studeren.
|
Activiteit |
Uren |
|
|
Hoorcollege |
29 |
|
|
Laptopcollege |
26 |
|
|
Theorietoets |
3 |
|
|
Werkcollege |
24 |
|
|
Zelfstudie |
84 |
|
|
Practicumtoets |
2 |
|
|
Totaal |
168 |
(6 EC x 28 uur) |
Merk op dat er 84 uur zelfstudie deel uitmaakt van de cursus. Dat komt neer op wekelijks ca. 5 tot 6 uur. Als je dus wekelijks thuis nog wat werk moet verzetten voor deze cursus, is dat geen teken van traagheid of domheid: het is simpelweg onderdeel van de cursus.
Aanvullende eisen voor dit vak:
Absentie bij een werkcollege of laptopcollege dient ALTIJD vooraf te worden gemeld, met reden.
In zeldzame gevallen waarin vooraf melden niet mogelijk of niet reëel is, dien je je absentie in elk geval z.s.m. te melden.
Melden doe je bij voorkeur via het cursus-emailaccount (Zie Contactinformatie).
Indien meedoen met de andere groep mogelijk is, dan heeft dat de voorkeur (dat moet wel de goedkeuring hebben van de cursusleiding). In dat geval word je als 'present' genoteerd voor het onderdeel.
Als je een bacterie of virus bij je draagt waarmee je anderen makkelijk kunt besmetten als je langere tijd met hen in een zaal verblijft, dan stellen we het op prijs als je (a) het hoorcollege niet bezoekt maar thuis de video-opname ervan bekijkt en (b) je je absent meldt voor de werkcolleges / laptopcolleges. Als je niet te ziek bent, kun je online meedoen met het werkcollege of het laptopcollege, in welk geval je daarvoor als 'present' wordt genoteerd. Kun je of wil je niet online meedoen, dan wordt je als 'absent' genoteerd. Te vaak absent zijn heeft consequenties, zie hieronder.
Iedere student mag 3 keer absent zijn tijdens de cursus (dat is 1 keer per 8 bijeenkomsten) zonder consequenties, mits deze absenties tijdig zijn gemeld.
Voor een niet-gemelde absentie én voor elke absentie vanaf de 4e geldt:
Bij een werkcollege: je kunt voor je ingeleverde huiswerk nu nog maar 1/2 punt krijgen (i.p.v. 1 punt); om 1 punt te krijgen moet je ook de antwoorden op de werkcollege-opgaven inleveren.
Bij een laptopcollege uit de tweede helft van de cursus: je moet bepaalde, door de cursusleiding aan te geven, opgaven maken en de antwoorden inleveren. Doe je dat niet, dan zal de cursuscoördinator een passende maatregel bedenken.
Voor studenten met privé-problemen of met specifieke gezondheidsproblemen e.d., kunnen mildere regels gelden. Alleen de studieadviseur kan bepalen of je tot deze categorie behoort, niet jijzelf. Als de studieadviseur meent dat er voor jou mildere regels mogen worden gehanteerd, zal de studieadviseur dat melden aan de cursuscoördinator, die vervolgens mildere regels zal opstellen, aangepast aan jouw situatie.
De absentieregeling staat in detail beschreven op Canvas in de module "ABSENTIES".
Voor recidivisten geldt dat, als zij van een bepaald onderdeel (R1, R2, T) de deeltoets willen (over)doen, zij aanwezigheidsplicht hebben voor de lessen van dat onderdeel indien zij
(a) op de momenten dat die lessen plaatsvinden (zie rooster) GEEN andere vakken hoeven te volgen,
(b) toen zij destijds deze cursus volgden, afwezig waren bij meer dan de helft van de lessen voor dat onderdeel.
De regels voor aanwezigheidsplicht voor recidivisten staat in detail beschreven op Canvas in de module "RECIDIVISTEN".
| Onderdeel en weging | Details |
|
Eindcijfer | |
|
1 (100%) Deeltoets 1 |
De tabel hierboven kon niet correct worden ingevuld.
Negeer de tabel en lees hieronder hoe het eindcijfer verkregen wordt.
Op Canvas vind je bij module "BECIJFERING" meer informatie, en voorbeelden.
Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit 4 deelcijfers, met de volgende gewichten*:
deelcijfer theorie 70%
deelcijfer huiswerk 10%
deelcijfer R1 10%
deelcijfer R2 10%
(De letter 'R' refereert naar de naam van de software waarmee gewerkt wordt en waarvan de vaardigheid van gebruik getoetst wordt.)
Het deelcijfer theorie bestaat uit het cijfer (schaal 0-10) dat je krijgt voor het resultaat van het deeltentamen theorie. Dit deeltentamen wordt in twee delen afgenomen, waarvan de resultaten worden gecombineerd. Het eerste deel wordt afgenomen na de eerste helft van de cursus ('T1 toets'), het tweede deel wordt afgenomen na de tweede helft van de cursus ('T2 toets').
Het deelcijfer theorie mag niet lager zijn dan een 4 (een vakspecifiek besluit). Is dat wel het geval, dan moet de theoretische component herkanst worden middels een hertentamen theorie (voorjaar 2025, de precieze datum staat nog niet vast). Dit hertentamen heeft dezelfde omvang als de twee delen van het deeltentamen samengevoegd.
Het deelcijfer huiswerk bestaat uit het cijfer (schaal 0-10) dat je krijgt voor ingeleverd huiswerk. Dit deelcijfer is niet gekoppeld aan een toets, maar kan verkregen worden door wekelijks huiswerk in te leveren. Dit huiswerk wordt nagekeken en beoordeeld, en over de gehele cursus heen kan ingeleverd huiswerk aldus een cijfer op een schaal 0-10 opleveren.
Het inleveren van huiswerk is niet verplicht. Wie niets inlevert kan echter geen 10 halen als eindcijfer, daar het deelcijfer huiswerk voor 10% meetelt bij de berekening van het eindcijfer.
Het deelcijfer R1 en het deelcijfer R2 volgen uit de resultaten behaald bij de respectievelijke toetsen. Elk van deze deelcijfers (schaal 0-10) telt voor 10% mee in het eindcijfer.
Geen der beide R deelcijfers mag lager zijn dan een 5 (vakspecifiek besluit). Is dat wel het geval, dan moet de betreffende toets herkanst worden. Deze herkansingen staan vooralsnog geroosterd op 7 januari 2026.
Tot slot worden er Excelvaardigheden getoetst, middels een zelf te downloaden toets die net zo vaak gemaakt kan worden tot er een voldoende is behaald. Het resultaat van deze toets draagt niet bij aan het eindcijfer van de cursus (de beoordeling luidt enkel 'voldoende' of 'onvoldoende') maar zolang er geen voldoende is behaald, wordt het eindcijfer van de cursus niet vrijgegeven.
De Exceltoets moet in elk geval één keer zijn ingeleverd op 31 oktober 2025. Wordt het ingeleverde werk als 'onvoldoende' beoordeeld, dan moet een tweede versie uiterlijk op 31 december 2025 zijn ingeleverd. Is het nodig een derde versie in te leveren, dan is de deadline daarvoor 1 week na het hertentamen theorie.
Het eindcijfer mag niet lager zijn dan een 6.0 (OER-A 4.6.4). Is dat wel het geval dan kunnen er onderdelen naar keuze herkanst worden (R1 herkansing en/of R2 herkansing en/of theoriehertentamen), waarbij zij opgemerkt dat onderdelen met een cijfer dat lager is dan de genoemde minima (theorie: 4; R toetsen: 5) sowieso herkanst moeten worden, ook als het eindcijfer voldoende is. Huiswerk kan niet opnieuw worden ingeleverd.
------------------
* Voor recidivisten kunnen andere gewichten gelden. Zolang zij één of meer deelcijfers hebben staan die nog stammen uit de cursus van 2023 of eerder, zijn de gewichten voor ál hun deelcijfers conform de toen gehanteerde regels. Pas als, door het overdoen van deeltoetsen, alle deelcijfers behaald zijn in 2024 of 2025, gelden de 2025 gewichten.
De antwoorden op de vragen van de theorie deeltoets komen daags na de deeltoets op Canvas.
Het bespreken van deze vragen is geen ingeroosterd onderdeel, maar kan desgewenst individueel plaatsvinden voor wie dat wil. Benader daarvoor de coördinator.
De antwoorden van de R deeloetsen komen niet online, maar een student kan wel aanvragen om het ingeleverde werk te mogen inzien.
Voorafgaand aan elke deeltoets is er een 'inloop spreekuur' (rooster: vragenuur) waar studenten naar toe kunnen komen (niet verplicht) als zij nog vragen hebben de stof voor die deeltoets. Bij de R deeltoetsen gaat dit spreekuur direct vooraf aan de toets; bij de theorie deeltoets is het spreekuur geroosterd enkele dagen voor de toets plaatsvindt.
De Exceltoets moet gemaakt worden om de cursus te kunnen afronden. Deze toets kunnen studenten downloaden van Canvas en maken wanneer het hen uitkomt. De eerste versie dient echter te worden ingeleverd uiterlijk 31 oktober 2025. Voor de tweede en derde versies zijn ook deadlines, die te vinden zijn op Canvas bij module "EXCELTOETS".
Het maken en inleveren van huiswerkopdrachten is vrijwillig, maar ingeleverd huiswerk wordt met een cijfer beoordeeld dat uiteindelijk 10% meetelt voor het eindcijfer.
Bij het onderdeel Toetsing hierboven, staat meer informatie over de Exceltoets en het huiswerk.
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
| Weeknummer | Onderwerpen | Studiestof |
| 1 (=week 36) | introductie | R1 handleiding week 36 |
| 2 (=week 37) | boek: Ch1 R1 handleiding week 37 | |
| 3 | boek: Ch2 R1 handleiding week 38 | |
| 4 | boek: Ch3-4 R1 handleiding week 39 | |
| 5 | boek: Ch5 R1 handleiding week 40 | |
| 6 | boek: Ch7 R1 handleiding week 41 | |
| 7 | boek: Ch10 inhaalwerk R1 handleiding | |
| 8 (=week 43) |
R1 toets theorietoets (eerste deel) |
|
| 9 | boek: Ch6 R2 handleiding week 44 | |
| 10 | boek: Ch8 R2 handleiding week 45 | |
| 11 | boek: Ch11 R2 handleiding week 46 | |
| 12 | boek: Ch12 R2 handleiding week 47 | |
| 13 | boek: Ch13 R2 handleiding week 48 | |
| 14 | boek: Ch15 R2 handleiding week 49 | |
| 15 (=week 50) | theorietoets (tweede deel) | |
| 16 (=week 51) | R2 toets |
Zie liever de uitgebreide informatie op Canvas.
Wellicht zinnig om nu vast te weten: voor de cursusonderdelen in de eerste week (week 36) hoef je niets voor te bereiden. Zorg wel dat je je bij het laptopcollege (donderdag 4 sep) je laptop bij je hebt. Het cursusboek heb je pas nodig vanaf week 37.
VOERTAAL: NEDERLANDS
De cursus wordt gegeven in het Nederlands, maar vanwege het Engelstalige cursusboek en omdat de wetenschappelijke voertaal doorgaans Engels is, worden in de hoor- en werkcolleges karakteristieke statistiektermen in het Engels gebezigd.
MEER CURSUSINFO OP CANVAS
Vanaf de eerste cursusdag is er een Canvas-omgeving beschikbaar die gedurende de gehele cursus up-to-date zal worden gehouden. Deze omgeving bevat nuttige informatie over rooster, huiswerk-, werkcollege- en laptopcollege-opgaven, powerpoint-slides van de hoorcolleges, video-opnames van de hoorcolleges, overzicht van de tentamenstof, absentie-regels, beoordeling van de cursus, contact met de begeleiding, en meer.
De informatie op Canvas is identiek met of uitgebreider dan de informatie in deze studiewijzer.
De studiewijzer is hoofdzakelijk bedoeld om een indruk te krijgen van de cursus voordat deze van start gaat. Daarna is de Canvas-omgeving de aangewezen plek voor informatie. Tijdens het introductiecollege zal het gebruik van Canvas worden toegelicht.
Zolang de cursus nog niet gestart is, kunnen studenten communiceren met de coördinator.
Als de cursus eenmaal loopt (dat is vanaf 4 september 2025) wordt de studenten verzocht in eerste instantie te communiceren met de assistenten. Daartoe kan gebruik gemaakt worden van het cursus e-mailadres 5042DAVA@gmail.com.
Begeleiders
De cursus wordt begeleid door een docent en twee assistenten.
De docent (die tevens de coördinator is) verzorgt de hoorcolleges, en de assistenten begeleiden de werkcolleges en de laptopcolleges (maar de docent zal ook meestal aanwezig zijn).
Veelal zullen de assistenten de werkcolleges beginnen met het voordoen van een opdracht op het bord en/of de computer.
Wanneer neem je contact op met de assistenten?
Neem contact op met de cassistenten (via het cursus e-mailadres) als je een vraag of mededeling hebt die te maken heeft met je deelname aan of functioneren bij het gegeven onderwijs. Sowieso om een absentie te melden, en verder voor elke gewenste of noodzakelijke wijziging in je deelname (bv. groepsruil), vragen over het rooster, je groepsindeling, waar info op Canvas te vinden is, e.d. Uiteraard kun je de assistenten over deze onderwerpen ook aanspreken tijdens de contactmomenten.
Wanneer neem je contact op met de coördinator/docent?
Neem contact op met de coördinator/docent als je een vraag of mededeling hebt die NIET direct te maken heeft met je deelname aan of functioneren bij het gegeven onderwijs. Bv. als je meent dat er een fout zit in een tijdens het hoorcollege vertoonde slide, als je wilt weten wanneer er een oefentoets op Canvas komt, als je (als recidivist) wilt weten wat je deelcijfers ook alweer zijn, e.d.
Stuur geen inhoudelijke vragen (vragen over de stof) naar de docent of de assistenten. Met dergelijke vragen kun je terecht op de hoorcolleges, werkcolleges en laptopcolleges.