Genetica en Evolutie PB

Genetics and Evolution PB

6 EC

Semester 1, periode 2

5102GEEV6Y

Eigenaar Bachelor Psychobiologie
Coördinator dr. P.M. Bleeker
Onderdeel van Bachelor Psychobiologie, jaar 1
Links Zichtbare leerlijnen

Studiewijzer 2025/2026

Globale inhoud

Onderstaande onderdelen zullen worden behandeld gedurende het vak:

  • Structuur en werking van het genetisch materiaal
  • Moleculaire mechanismen van DNA-replicatie, transcriptie en translatie
  •  genexpressie
  • Basale genetica, mutaties en extra-nucleaire overerving
  • Kwantitatieve genetica en complexe eigenschappen
  • Recombinant-DNA technologie en genetische modificatie
  • Relatie tussen DNA-afwijkingen en ziekten
  • Ontstaan van het leven op Aarde, (moleculaire) evolutie, soortvorming en ontstaan van de mens
  • Genomische informatie en reconstructie van de fylogenie

Studiemateriaal

Literatuur

    • Introduction to Genetic Analysis, Digital Update (12th ed., 2025) plus Achieve Access. Griffith AJF, Doebley J, Peichel CL and Wassarman DA. ISBN: 9781319598297 (paperback + Achieve) of 9781319444440 (Achieve + e-book).

    Let op: Bij dit boek dien je los toegang tot het bijbehorende web portal (Achieve) te kopen !

    https://achieve.macmillanlearning.com/courses

     

    Pas op: de toegangscode voor de digitale leeromgeving voor zelfstudie in Achieve staat op een los velletje bij het boek. Let hierop bij aanschaf en gooi deze niet weg!

Practicummateriaal

  • Practicumhandleiding
  • Labjournaal
  • Labjas (verplicht voor het practicum in alle cursussen)

Software

  • R en R-studio dienen op je laptop te staan

Overig

  • Watervaste stiften zwart en rood (FIJN), dus niet medium of groter

Leerdoelen

  • De student kan uitleggen hoe vermoedelijk het leven op aarde is ontstaan.
  • De student kan de concepten en onderdelen uit de erfelijkheidsleer/genetica op duidelijke wijze uitleggen en eenvoudige kruisingsexperimenten interpreteren en er mee rekenen.
  • De student kan aan de hand van kruisingsproeven een genen kaart maken en interacties tussen genen vast stellen.
  • De student kent de structuur van DNA, kan uitleggen hoe DNA repliceert en hoe fouten in DNA replicatie tot chromosomale afwijkingen kunnen leiden.
  • De student kan uitleggen hoe transcriptie verloopt en wordt gereguleerd.
  • De student kan uitleggen hoe genexpressie in eukaryoten wordt gereguleerd.
  • De student kan een aantal (moleculair) genetische technieken uitleggen en toepassingen aangeven.
  • De student kan uitleggen hoe een genoom wordt gesequenced, geassembleerd en geannoteerd.
  • De student kan uitleggen hoe mutaties, transposons en DNA reparatie tot veranderingen in het genoom kunnen leiden die ziekten tot gevolg kunnen hebben.
  • De student kan aan de hand van de wet van Hardy-Weinberg allel frequenties in populaties bereken. De student kan uitleggen hoe inteelt drift en selectie de allel frequenties in populaties veranderen.
  • De student kan een eenvoudig model voor kwantitatieve genetische eigenschappen formuleren en hier aan rekenen. De student kan de erfelijkheid van complexe eigenschappen berekenen aan de hand van tweeling studies. De student kan uitleggen hoe QTL en GWA kunnen worden gebruikt om markers te vinden die geassocieerd zijn met een complexe erfelijke eigenschap.
  • De student kan uitleggen welke principes ten grondslag liggen aan evolutie. De student kan uitleggen wat de "neutrale theorie van moleculaire evolutie" is en hoe deze gebruikt kan worden om vast te stellen of bepaalde stukken DNA aan selectie onderhevig zijn. De student kan uitleggen hoe nieuwe genen ontstaan.
  • De student kan uitleggen hoe genexpressie wordt gecoördineerd tijdens de vroege embryonale ontwikkeling.
  • De student kan uitleggen welke processen tot soortvorming leiden en beschrijven hoe een fylogenie wordt geconstrueerd
  • De student kan de evolutionaire geschiedenis van de mens samenvatten en uitleggen hoe aan de hand van genetisch onderzoek kan worden bepaald hoe de mens zich over de wereld heeft verspreid. De student kan de hand van voorbeelden uitleggen hoe genetische veranderingen de evolutie van het brein hebben beïnvloed
  • De student kan uitleggen wat er onder een professionele academische houding wordt verstaan en zich hiernaar gedragen, is in staat te reflecteren op het eigen handelen en is in staat een zelfstandige wetenschappelijke werkwijze en houding te ontwikkelen.
  • De student kan de theoretische achtergronden (concepten) van een aantal experimenten en technieken uitleggen, toepassen in experimenteel onderzoek en vastleggen in een labjournaal: Basale aseptische en microbiologische technieken, conjugatie, genkartering, basale moleculaire genetica / moleculaire technieken.

Onderwijsvormen

  • Hoorcollege
  • Zelfstudie
  • Practica
  • (Computer)practicum
  • Web portal (LaunchPad) met interactieve oefeningen
  • Werkcollege

Hoorcolleges: De hoorcolleges zijn een platform waar de docenten onderwerpen kunnen verhelderen en actuele voorbeelden kunnen geven die de relevantie van de theorie illustreren. Studenten kunnen vragen stellen over het college en over de theorie uit het boek.

Zelfstudie: Elke week bestudeer je de stof in het studieboek. Het studieboek heeft ook een digitale leeromgeving "Achieve" waarmee je kunt nagaan of je de stof begrepen hebt. Het kan ook gebruikt worden om gericht het boek te bestuderen. Achieve heeft verhelderende voorbeelden en (interactieve) oefeningen. 

Module-afsluitingen: het vak is ingedeeld in vier modules. Na afloop van elke module vindt er een werkcollege plaats waarin we oefenen met vragen op tentamenniveau. De docent is aanwezig om vragen te beantwoorden en de oefenvragen na te bespreken.

Werkcollege practicum:  de werkcolleges in de eerste week zijn ter introductie van de practica. Aanwezigheid bij dit werkcollege is verplicht.

Practica:  In het practicum pas je de stof uit de hoorcolleges toe op praktijkvoorbeelden. Ook leer je hoe je wetenschappelijk onderzoek uitvoert en documenteert. Daarnaast werk je aan je academische vaardigheden en je vaardigheden op het gebied van praktisch werk. Aanwezigheid bij de practica is verplicht.

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit

Aantal uur

Deeltoetsen

4 (2 toetsen van elk 2 uur)

Hoorcollege

32 (4-6 uur per week, met uitzondering van tentamenweken)

Practicum

24 (4 uur per week, met uitzondering van tentamenweken)

Werkcollege

10 (2 uur werkcollege practicum; 4x 2 uur module-afsluiting)

Zelfstudie

98 (gemiddeld 12-13 uur per week; zelfstudie theorie en voorbereiding practicum)

Totaal

168

Aanwezigheid

  • Voor sommige studieonderdelen geldt een aanwezigheidsplicht. Indien er een aanwezigheidsplicht geldt, dan staat dit aangegeven in de studiegids die te raadplegen is via de UvA-website. De onderbouwing voor, en invulling van, deze aanwezigheidsplicht kan per vak verschillen, en is indien van toepassing opgenomen in deze studiewijzer.
  • Aanvullende eisen voor dit vak:

    Deelname aan alle practica en bepaalde werkcolleges (aangegeven) in het curriculum is verplicht en de student dient zich op deze activiteiten voor te bereiden. 

    Voor de practica  en het werkcollege ter voorbereiding van het practicum geldt een strikte aanwezigheidsplicht. Practicumvaardigheden kunnen alleen geleerd en getoetst worden in een daadwerkelijke lab-setting. In zeer uitzonderlijke gevallen waarbij de student om zwaarwegende redenen verhinderd is deel te nemen aan het practicum, kan er naar een vervangende opdracht worden gezocht, na communicatie. LET OP: Het niet voldoen aan de practicum aanwezigheidsplicht resulteert in het niet toekennen van een cijfer voor het gehele vak. 

    De module-afsluiting werkcolleges zijn niet verplicht, maar wel zeer sterk aanbevolen. De oefenvragen zijn alleen in het werkcollege beschikbaar en er is geen college-opname beschikbaar. De enige manier om aan de module-afsluiting mee te doen en te oefenen met vragen op tentamenniveau, is door fysiek aanwezig te zijn.

    Toetsing

    Onderdeel en weging Details

    Eindcijfer

    0.8 (80%)

    Theorie

    0.5 (50%)

    Deeltoets 1

    0.5 (50%)

    Deeltoets 2

    0.2 (20%)

    Praktijk

    Moet ≥ 5.5 zijn

    0.3 (30%)

    Academische Houding

    0.3 (30%)

    Praktisch Werk

    0.08 (8%)

    Labjournaal deel 1

    0.32 (32%)

    Labjournaal deel 2

    Moet ≥ 5 zijn

    De theorie telt 80% mee in het eindcijfer en wordt getoetst door middel van 2 toetsen.  De eerste deeltoets maakt 50% van het theoriecijfer uit. De tweede toets maakt 50% van het theoriecijfer uit.

    Het practicum telt 20% mee in het eindcijfer. Het practicum dient met een voldoende te worden afgesloten. Het labjournaal wordt getoetst in 2 delen (deel 1 : 20% en deel 2: 80% van het labjournaalcijfer). Het tweede deel van het labjournaal moet minimaal een 5 zijn. Bij een onvoldoende cijfer voor het practicum kan het labjournaal (deel 2) eenmalig herkanst worden voor maximaal een 6. 

    Het hertentamen gaat over de gehele theoretische leerstof en telt dus mee voor 80% in het eindcijfer. 

    Inzage toetsing

    De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.

    Fraude en plagiaat

    Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

    Weekplanning

    Zie Canvas

    Weeknummer Onderwerpen - Theorie Toets Onderwerpen - Practicum
    1 Introductie | Genetica   Introductie | Conjugatie
    2 Genetica | Regulatie   Conjugatie | Drosophila
    3 Regulatie   Drosophila
    4   Deeltoets 1  
    5 Genomics   DNA-vingerafdrukken
    6 Genomics | Evolutie   DNA-vingerafdrukken
    7 Evolutie   DNA-vingerafdrukken
    8   Deeltoets 2  

    Eindtermen

    Via de Zichtbare Leerlijnen Creator kun je zien aan welke eindtermen de leerdoelen van deze cursus bijdragen en hoe de  vakleerdoelen, leerlijndoelen en eindtermen van de opleiding aan elkaar gekoppeld zijn:

    https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/outcomes

    https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/trajectories

    Contactinformatie

    Coördinator

    • dr. P.M. Bleeker

    Coördinatie:

    • dr. Petra Bleeker
    • dr. Dennis Kruijssen

    Docenten

    • dr. Petra Bleeker
    • dr. Hans Breeuwer
    • Prof. dr. Harro Bouwmeester
    • dr. ir. Michiel van Wijk

    Practicum

    • dr. Marlijn van der Poel (Practicumcoördinator)
    • dr. Eva Peters
    • Cass Maes MSc.
    • dr. Dennis Kruijssen