Voortgezette Statistiek in de BMW

Advanced Statistics in BMS

4 EC

Semester 1 & 2, periode 3, 4

5051VSIB4Y

Eigenaar Bachelor Biomedische Wetenschappen
Coördinator dr. ir. Michiel van Wijk
Onderdeel van Bachelor Biomedische Wetenschappen, jaar 1Dubbele bachelor Biomedische Wetenschappen en Geneeskunde, jaar 1
Links Zichtbare leerlijnen

Studiewijzer 2024/2025

Globale inhoud

Dit vak bouwt voort op de opgedane kennis over statistiek en het gebruik van R in het vak Basiswiskunde en statistiek. Deze stof wordt bekend verondersteld.

In deze cursus zal aandacht worden besteed aan het ontwerpen van experimenten en het analyseren van vergaarde data. Daarnaast leert de student hoe de resultaten van een statistische analyse correct worden gepresenteerd in een wetenschappelijke publicatie. 

Studiemateriaal

Literatuur

  • The analysis of biological data.  Whitlock & Schluter (3de druk)

Practicummateriaal

  • Materiaal van laptopcolleges wordt aangeboden in de digitale leeromgeving SOWISO

  • AI-assistent

Software

  • R & R-studio

Overig

  • Een laptop is verplicht

Leerdoelen

  • statistische toetsen en methoden uit het vak Basiswiskunde en Statistiek in de BMW zoals de binomiaaltoets, de chi-kwadraat toets voor passendheid, de chikwadraat-toets voor onafhankelijkheid en de Fisher-exact toets kunnen uitvoeren en interpreteren.
  • werken met normaal verdeelde data, o.a. "z-scoring" en het uitvoeren en interpreteren van de resultaten van t-toetsen.
  • het op de juiste wijze kunnen toepassen van data transformaties (log, arcsinus en wortel) en het kunnen toepassen van verdelingsvrije methoden, o.a. de tekentoets, de Mann-Withney U toets en Wilcoxon's signed rank test en permutatie testen.
  • een experiment plannen en ontwerpen met inachtneming van de daaropvolgende dataverwerking en de statistische analyse.
  • toetsen of variabelen gecorreleerd zijn met parametrische en verdelingsvrije methoden.
  • relaties tussen numerieke variabelen onderzoeken met behulp van enkelvoudige regressie.
  • relaties tussen een numerieke responsvariabele en meerdere numerieke verklarende variabelen onderzoeken met meervoudige regressie.
  • general linear models (LM) fitten en selecteren voor interpretatieve en predicatieve doeleinden.
  • het effect van numerieke en categorische verklarende variabelen op bivariate responsvariabelen toetsen met behulp van logistische regressie (GLM)
  • het vergelijken van de effectiviteit van interventies met survival analyse: de log rank test.
  • het op de juiste wijze rapporteren van de resultaten van statistische analyses in wetenschappelijke publicaties en het op de juiste wijze weergeven in tabellen en figuren die het resultaat zijn van deze analyses in wetenschappelijke publicaties.

Onderwijsvormen

  • Hoorcollege
  • Laptopcollege
  • Zelfstudie

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit

Uren

Digitale Deeltoetsen

3

Hoorcollege

22

Laptopcollege

40

Zelfstudie

53

Totaal

118

(4 EC x 28 uur)

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

  • Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.

Toetsing

Onderdeel en weging Details

Eindcijfer

23.75%

Tentamen digitaal 1

Deeltentamen 1 (gewicht 23.75%): We toetsen cumulatief, d.w.z. de statistiek stof die is behandeld in het vak Baiswiskunde en statistiek voor BMW wordt bekend verondersteld. Daarnaast omvat de toets de stof die is behandeld in de eerste 3 weken van de cursus. 

 

Deeltentamen 2 (Gewicht 71.25%) : We toetsen cumulatief, d.w.z. de statistiek stof die is behandeld in het vak Baiswiskunde en statistiek voor BMW en de stof die in de eerste drie weken van deze cursus is behandeld bekend wordt verondersteld. Daarnaast omvat de toets de stof die gedurende de laatste 8 weken van de cursus is behandeld. 

 

Onderzoeken & Analyseren (Gewicht 5%) : Gemiddelde cijfer Onderzoeken & Analyseren werkcollege opdrachten. 

 

Weektoetsen

Elke week kunnen studenten een formatieve weektoets maken. Deze toetsen dienen minimaal 1 keer met een score van 70% te worden afgesloten. 

Inzage toetsing

Inzages geschieden online in SOWISO.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Weeknummer Onderwerpen Studiestof
1 De normale verdeling Whitlock & Schluter hoofdstuk 10 & 11
2 Het vergelijken van gemiddelden (t-toetsen) Whitlock & Schluter hoofdstuk 12 
3 Verdelingsvrije methoden Whitlock & Schluter hoofdstuk 13
4 Deeltoets 1 Stof: Statistiek stof uit Basiswiskunde en statistiek + bovenstaande stof
5 Het vergelijken van gemiddelden in meer dan twee groepen (ANOVA & Kruska-Wallis) Whitlock & Schluter hoofdstuk 15
6 Correlatie en experimental design Whitlock & Schluter hoofdstuk 14 & 16
7 Enkelvoudige lineaire regressie Whitlock & Schluter hoofdstuk 17
8 General linear models 1: ANCOVA Whitlock & Schluter hoofdstuk 18
9 General linear models 2: multiple regressie en multiple comparissons  Whitlock & Schluter hoofdstuk 17 & 18
10 Generalized linear models: Logistische regressie Whitlock & Schluter hoofdstuk 17 & 18
11 Survival analyse: De log rank test Whitlock & Schluter hoofdstuk 21
12 Deeltoets 2 Stof: Alle statistiekstof uit de vakken basiswiskunde en statistiek en voortzetting statistiek. 

Contactinformatie

Coördinator

  • dr. ir. Michiel van Wijk

 

Docenten

  • Jochem Gielissen
  • Raneen Halawani
  • Tomas Meijer
  • Bryndan van Pinxteren MSc
  • A.E. Voortman