Genetica en Evolutie Practicum

Genetics and Evolution Practical

Eigenaar	Biologie/bio-medisch (algemeen)
Coördinator	dr. Hans Breeuwer
Onderdeel van	Bachelor Biologie, jaar 1Bachelor Biomedische Wetenschappen, jaar 1Pre-master Biological Sciences, jaar 1Dubbele bachelor Biomedische Wetenschappen en Geneeskunde, jaar 2

Studiewijzer 2024/2025

Globale inhoud

Deze cursus richt zich op het ontwikkelen van praktische vaardigheden aan de hand van een aantal belangrijke concepten in de genetica en evolutie. Je leert de wetenschappelijke methode van onderzoeken via de empirische cyclus, hoe je experimenten rapporteert in een labjournaal en je leert kritisch na te denken over je resultaten en conclusies.

De volgende onderwerpen en concepten komen aan bod tijdens de practica:

1. Tetradenanalyse: je past je kennis over meiose toe om te bepalen wat de gevolgen zijn van recombinatie en hoe je dat kunt gebruiken om genen ten opzichte van het centromeer te kunnen karteren.
2. Genkartering: je past de principes van de Mendelse genetica en recombinatie toe om de posities van genen op chromosomen in kaart te brengen als basis voor GWAS en QTL-analyse.
3. Conjugatie: je leert de principes van bacteriële genoverdracht kennen en hoe je met een experiment genoverdacht kunt aantonen.
4. Moleculaire genetica: je leert in de praktijk de principes van DNA-isolatie, PCR en sequencing, hoe je sequenties analyseert en kunt gebruiken om de genetische variatie en mutaties in menselijk DNA te analyseren.
5. Evolutie genetica: je leert hoe je van populatie genetische variatie bij mensen kunt beschrijven en analyseren.
6. Fylogenetische analyse: je leert hoe je verschillende fylogenetische methodes kunt toepassen om inzicht te krijgen in de evolutionaire geschiedenis van de mens en zijn verwanten.

Je werkt met verschillende organismen tijdens de practica:.

• Tetradenanalyse in de schimmel Sordaria fimicola
• Genkartering in Drosophila melanogaster
  
• Conjugatie in Escherichia coli
• DNA isolatie - PCR -Sequencing in Homo sapiens
• Fylogenetische analyse afstamming mens

Studiemateriaal

Literatuur

• Introduction to Genetic Analysis. Griffiths et al (2020) (12th ed)

Syllabus

• Handleiding Practicum Genetica en Evolutie

Practicummateriaal

• Labjournaal

• Labjas

• Snijset

• Markeer Stift kleur rood, permanent, Fijn 

• Markeer Stift kleur zwart, permanent, Fijn

Software

• MEGA 11 - https://www.megasoftware.net/

Overig

Leerdoelen

• De student kan effectief en efficiënt een aantal (moleculair) genetische technieken uitvoeren om erfelijke informatie te bestuderen, zoals het isoleren, manipuleren en sequencen van DNA, het in kaart brengen van genen, het analyseren van genetische variatie en fylogenetische informatie.
• De student kan een labjournaal bijhouden dat duidelijk en nauwkeurig alle belangrijke aspecten van een experiment vastlegt, waaronder de doelstellingen, methoden, resultaten en conclusies.
• De studenten kan de empirische cyclus toepassen om onderzoeksvragen te formuleren, hypotheses op te stellen, experimenten te ontwerpen en gegevens te analyseren om conclusies te trekken en vervolgvragen te stellen.
• De student kan verzamelde data statistisch beschrijven en opgestelde hypotheses statistisch toetsen.
• Student kan computerprogramma's gebruiken om DNA sequenties te analyseren, bijvoorbeeld hoe je de kwaliteit bepalen, hoe je ze kunt annoteren, en hoe je ze kunt gebruiken om evolutionaire relaties tussen verschillende soorten te kunnen afleiden.

Onderwijsvormen

• (Computer)practicum
• Begeleiding/feedbackmoment

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

• Student kan zelfstandig de empirische cyclus doorlopen in het onderzoek volgens richtlijnen van cursus Academische Vaardigheden.
• Student kan op wetenschappelijke wijze een labjournaal bijhouden.
• Student ontwikkelt een eigen en juiste academische houding (theoretische voorbereiding en archivering van onderzoeksgegevens, veilig werken).
• De student leert om kritisch na te denken over experimenten en de resultaten die worden verkregen.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica computerpractica veldwerk en werkcolleges in het curriculum is verplicht en de student dient zich op deze bijeenkomsten terdege voor te bereiden.

Aanvullende eisen voor dit vak:

Practica zijn verplicht omdat praktische kennis en vaardigheden vanwege het benodigde biologisch materiaal, verbruiksgoederen en apparatuur en vanwege de veiligheid alleen onder supervisie en in laboratoria tijdens kunnen worden opgedaan.

Afwezigheid bij practicumonderdeel dient vooraf gemeld te worden via de mail bij de coördinator met vermelding van reden, volledige naam, studentnummer opleiding en practicumtafel.

Mis je twee of meer practica dan kun je het vak niet meer halen en moet je het volgend jaar in zijn geheel opnieuw doen.

Heb je reisvertraging tot 30 min dan hoef je dat niet te melden, maar kom zo snel mogelijk naar de practicumzaal.

 

Toetsing

Onderdeel en weging	Details
Eindcijfer

Het eindcijfer wordt voor BMW en BIO op verschillende manier berekend.

Biomedische Wetenschappen

Praktische vaardigheden en werkhouding:          0,4

Labjournaal tussenbeoordeling:                               0,1

Labjournaal eindbeoordeling:                                   0,5

Infographic*                                                                    voldaan/niet voldaan

 

*)Indien de infographic als niet voldaan wordt geregistreerd, wordt het eindcijfer NAV.

 

Biologie

Praktische vaardigheden en werkhouding:          0,3

Labjournaal tussenbeoordeling:                               0,1

Labjournaal eindbeoordeling:                                   0,4

AV-opdracht*:                                                                    0,2

 

*) Indien de AV-opdracht met een 5.49 of lager wordt beoordeeld, wordt het eindcijfer NAV.

 

Herkansing

Indien het eindcijfer onvoldoende is, bepaalt de coördinator de wijze van herkansing.

Inzage toetsing

Beoordeling(smodel) kan worden ingezien via CANVAS zodra (deel)cijfer bekend is gemaakt.

Opdrachten

Voor alle toetsonderdelen is een beoordelingsmodel (rubric) in CANVAS zichtbaar

tussenbeoordeling labjournaal - inleveren eind week 46 - de docent geeft feedback op je labjournaal, die je mee kunt nemen als je werkt aan je labjournaal tijdens de tweede helft

eindbeoordeling labjournaal - inleveren einde fylogenie practicum (laatste practicum)

praktische vaardigheden en werkhouding worden aan het einde van het vak beoordeeld.

inleverdata AV opdracht BIO en infographic BMW - tweede helft cursus, exacte datum wordt via AV werkgroepen bekend gemaakt.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Verwerking feedback studenten

Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties.

Dit blok wordt als druk ervaren, ook gezien het feit dat er twee ander vakken parallel lopen. Daarom is in week 4 een practicum vrije week in geroosterd.

Beoordelingsmodellen zijn vereenvoudigd om kwaliteit van de beoordeling te verbeteren.

Tip: hou je labjournaal regelmatig bij en doe dit zoveel mogelijk tijdens de practica. Practicumtijden zijn ruime geroosterd. Er is vaak tijd genoeg aan het einde van de practica als het praktisch werk gedaan is.

Contactinformatie

Coördinator

• dr. Hans Breeuwer

Docenten

• dr. Dorian Swarts
• Bryndan van Pinxteren
• Yara Witte