Studiewijzer 2023/2024
Globale inhoud
Onderstaande onderdelen zullen worden behandeld gedurende het vak:
- Structuur en werking van het genetisch materiaal, celdeling, celcyclus en controle
- Basale genetica, mutaties en extra-nucleaire overerving
- Moleculaire mechanismen van DNA-replicatie, transcriptie en translatie
- Virussen, prokaryoten en eukaryoten; eukaryote genexpressie
- Recombinant-DNA technologie en genetische modificatie
- Relatie tussen DNA-afwijkingen en ziekten
- Ontstaan van het leven op Aarde, (moleculaire) evolutie, soortvorming en ontstaan van de mens
- Genomische informatie en reconstructie van de fylogenie
- Kwantitatieve genetica en complexe eigenschappen
Studiemateriaal
Literatuur
- Introduction to Genetic Analysis plus Achieve Pack. Griffith AJF, Doebley, J., Peichel, C.L and Wassarman, D.A., (12th ed) ISBN: 9781319341114
Let op: Bij dit boek dien je los toegang tot het bijbehorende web portal (Achieve) te kopen !
https://achieve.macmillanlearning.com/courses
Pas op: de toegangscode voor de digitale leeromgeving voor zelfstudie in Achieve staat op een los velletje bij het boek. Let hierop bij aanschaf en gooi deze niet weg!
Practicummateriaal
- Practicumhandleiding
- Labjournaal
- Labjas (verplicht voor het practicum in alle cursussen)
Software
Overig
- Watervaste stiften zwart en rood (FIJN), dus niet medium of groter
Leerdoelen
- De student kan aan de hand van resultaten van empirische onderzoek en een aantal theorieën uitleggen hoe vermoedelijk het leven op aarde is ontstaan.
- De student kan rekenen met Mendels wetten, analyses aan de hand van stambomen De student kan uitleggen welke moleculair biologische mechanismen ten grondslag liggen aan Mendels wetten.
- De student kan aan de hand van kruisingsproeven een genen kaart maken en interacties tussen genen vast stellen.
- De student kan de structuur van DNA beschrijven en kan uitleggen hoe DNA repliceert. De student kan uitleggen hoe fouten in de DNA replicatie tot chromosomale afwijkingen kunnen leiden en de oorzaak en het fenotype van een aantal veel voorkomende chromosomale afwijkingen uitleggen.
- De student kan uitleggen hoe transcriptie verloopt en wordt gereguleerd.
- uitleggen hoe genexpressie in eukaryoten wordt gereguleerd door transcriptiefactoren, chromatine veranderingen, epigenetiche modificaties en miRNA's.
- de theoretische achtergrond van veel gebruikte Moleculair biologische technieken als PCR kloneren en sequensen uitleggen en de student kan verzinnen hoe deze technieken kunnen worden ingezet om onderzoeksvragen te beantwoorden.
- uitleggen hoe een genoom wordt gesequenced, geassembleerd en geannoteerd.
- uitleggen hoe transposons, mutaties en het DNA reparatie systeem tot veranderingen in het genoom kunnen leiden en hoe deze veranderingen tot ziektes als kanker kunnen leiden.
- aan de hand van de wet van Hardy-Weinberg allel frequenties in populaties bereken. De student kan uitleggen hoe inteelt drift en selectie de allel frequenties in populaties veranderen.
- een eenvoudig model voor kwantitatieve genetische eigenschappen formuleren en hier aan rekenen. De student kan de erfelijkheid van complexe psychische en fysieke eigenschappen berekenen aan de hand van tweeling studies. De student kan uitleggen hoe AFLP en GWA kunnen worden gebruikt om markers te vinden die geassocieerd zijn met een complexe erfelijke eigenschap.
- uitleggen welke principes ten grondslag liggen aan evolutie. De student kan uitleggen wat de "neutrale theorie van moleculaire evolutie" is en hoe deze gebruikt kan worden om vast te stellen of bepaalde stukken DNA aan selectie onderhevig zijn. De student kan uitleggen hoe nieuwe genen ontstaan.
- uitleggen hoe genexpressie wordt gecoördineerd tijdens de vroege embryonale ontwikkeling en de student kent de rol die deze geconserveerde genen in de evolutie hebben gespeeld.
- uitleggen welke processen tot soortvorming leiden en de student kan beschrijven hoe een fylogenie wordt geconstrueerd
- de evolutionaire geschiedenis van de mens samenvatten. De student kan uitleggen hoe aan de hand van genetisch onderzoek kan worden bepaald hoe de mens zich over de wereld heeft verspreid. De student kan de hand van voorbeelden uitleggen hoe genetische veranderingen de evolutie van het brein hebben beïnvloed
- uitleggen wat er onder een professionele academische houding wordt verstaan en zich hiernaar gedragen, is in staat te reflecteren op het eigen handelen en is in staat een zelfstandige wetenschappelijke werkwijze en houding te ontwikkelen.
- de theoretische achtergronden (concepten) van de volgende experimenten en technieken uitleggen en toepassen in experimenteel onderzoek: Basale aseptische en microbiologische technieken, tetradenanalyse, karyotypering, conjugatie, genkartering, basale moleculaire genetica / moleculaire technieken (PCR, gelelektroforese en RFLP).
Onderwijsvormen
- Hoorcollege
- Zelfstudie
- Practica
- (Computer)practicum
- Laptopcollege
- Web portal (LaunchPad) met interactieve oefeningen
- Werkcollege
Hoorcolleges: De hoorcolleges zijn een platform waarop de docenten onderwerpen kan verhelderen en actuele voorbeelden kan geven die de relevantie van de theorie illustreren. Studenten kunnen vragen stellen over de theorie uit het boek.
Zelfstudie: Het studieboek heeft een digitale leeromgeving "Achieve" waarmee je kunt nagaan of je de stof begrepen hebt. Het kan ook gebruikt worden om gericht het boek te bestuderen. Achieve heeft verhelderende voorbeelden en (interactieve) oefeningen.
Vragenuur: Aan het einde van een week is er een formatieve toetsing in SOWISO (met uitzondering van de tentamenweken) waarna er in een vragenuur ruimte is voor verduidelijking.
Practica: In het practicum pas je de stof uit de hoorcolleges toe op praktijkvoorbeelden. Ook leer je hoe je wetenschappelijk onderzoek uitvoert en documenteert. Daarnaast werk je aan je academische vaardigheden en je vaardigheden op het gebied van praktisch werk. Aanwezigheid bij de practica is verplicht.
Verdeling leeractiviteiten
Activiteit
|
Aantal uur
|
Deeltoetsen
|
3 |
Hoorcollege
|
32 |
Practicum
|
24 |
Vragenuur
|
12 |
Zelfstudie
|
97 |
Aanwezigheid
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
-
Deelname aan alle practica, computerpractica, veldwerk en werkcolleges in het curriculum is verplicht. Eventueel aanvullende eisen worden per onderdeel in de studiewijzer omschreven. Hier staat ook beschreven wat de eventuele consequenties zijn van het niet nakomen van deze verplichting.
Aanvullende eisen voor dit vak:
Deelname aan alle practica en werkcolleges in het curriculum is verplicht en de student dient zich op deze activiteiten voor te bereiden.
Voor de practica geldt een strikte aanwezigheidsplicht. In zeer uitzonderlijke gevallen waarbij de student om zwaarwegende redenen verhinderd is deel te nemen aan het practicum, kan er naar een vervangende opdracht worden gezocht, na communicatie. LET OP: Het niet voldoen aan de practicum aanwezigheidsplicht resulteert in het niet toekennen van een cijfer voor het gehele vak.
Toetsing
Onderdeel en weging
|
Details
|
| |
| |
| |
| |
| Moet ≥ 5.5 zijn |
| |
| |
| |
De theorie telt 80% mee in het eindcijfer en wordt getoetst door middel van 2 toetsen. Er wordt cumulatief getoetst: dat betekent dat in de tweede toets stof uit de hele cursus aan bod komt. De eerste deeltoets maakt 25% van het theoriecijfer uit. De tweede toets maakt 75% van het theoriecijfer uit.
Het practicum telt 20% mee in het eindcijfer. Het practicum dient met een voldoende te worden afgesloten. Bij een onvoldoende cijfer voor het practicum kan het labjournaal eenmalig herkanst worden voor maximaal een 6.
Het hertentamen gaat over de gehele theoretische leerstof en telt dus mee voor 80% in het eindcijfer.
Inzage toetsing
De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.
Fraude en plagiaat
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
Weekplanning
Zie Canvas
Weeknummer |
Onderwerpen |
Toets |
1 |
|
|
2 |
|
|
3 |
|
|
4 |
|
Deeltoets |
5 |
|
|
6 |
|
|
7 |
|
|
8 |
|
Eindtoets |
Rooster
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Eindtermen
Via de Zichtbare Leerlijnen Creator kun je zien aan welke eindtermen de leerdoelen van deze cursus bijdragen en hoe de vakleerdoelen, leerlijndoelen en eindtermen van de opleiding aan elkaar gekoppeld zijn:
https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/outcomes
https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/trajectories
Coördinator
Docenten
- dr. P.M. Bleeker
- dr. ir. Michiel van Wijk
- prof. dr. Ronald Koes
Practicum
- dr. Marlijn van der Poel (Practicumcoördinator)
- Wouter Koolhaas
- Dennis Kruijssen PhD
- Nicole Terpstra
- Anna Ansems BSc
- Asim Muhammad BSc
- Eva Peet BSc
- Laurie Rol
- Fleur Schipper
- Lena Tulner BSc
- Yarnick Zoetekouw