Studiewijzer 2022/2023

Globale inhoud

Functionele MRI (fMRI) is een veel gebruikte methode om naar de functie van hersenen te kijken. Deze techniek kijkt echter alleen naar de veranderingen in oxygenatie van het bloed. Om deze en andere technieken beter te begrijpen beginnen we met een update van de fysiologie van de hersenen. Daarna behandelen we verschillenden modaliteiten die gebruikt kunnen worden voor hersenonderzoek, zowel klinisch als experimenteel. De onderwerpen die aan orde komen zijn CT, PET en SPECT, fMRI en optische technieken. Onderdeel van het vak zijn demo’s bij MRI en CT-scanners, en data analyse in computerpractica, onder andere van fMRI data van de demo.

Studiemateriaal

Literatuur

Selectie van boekhoofdstukken en artikelen

Practicummateriaal

zie Canvas

Software

MATLAB
FSLview (Mac: zelf FSL installeren)
CT-simulatie (alleen windows)

Leerdoelen

De basisfysiologie van de hersenen uitleggen
Veranderingen in oxygenatie van het bloed doorberekenen
de basistheorie van signaalvorming uitleggen
rekenen aan 1D- en 2D-voorbeelden van geluid en beelden
de meetprincipes van MRI, fMRI, CT, PET en SPECT en optische technieken uitleggen
de uitkomst van een scan met gegeven instellingen beschrijven en/of berekenen
fMRI-data visualiseren en de herkomst van activatie uitleggen

Onderwijsvormen

(Computer)practicum
Werkcollege
Zelfstudie
Hoorcollege
Perusall

Het doel is om per deelonderwerp kennis op te doen en deze direct ook te kunnen toepassen in geschetste situaties die ontleend zijn aan de praktijk van wetenschappelijk onderzoek en/of de kliniek. De lesmethode sluit aan bij veel van de gestelde leerdoelen (1d, 1e, 2a, 2b,2h, 2j, 3c, 3f, 4b, 4c, 4e, 5a, 5b, 5c, 5d, 5g, 5j).

We hanteren de volgende fases:

zelfstandig bestuderen van aangeboden studiemateriaal (bijv. een boekhoofdstuk) in Perusall. De activiteit en annotaties plus interactie met andere studenten worden beoordeeld.
bespreken van de antwoorden en aanvullend college gericht op begrip van de stof door de docent
toepassingsvragen, maken in teamverband (application exercises)

De Perusall-activiteit telt mee in de eindbeoordeling. In totaal worden 6 Persuall-sessies gehouden, per programma-onderdeel een.

Korte hoorcolleges worden gegeven ter introductie en toelichting van een aantal andere onderwerpen.
Computerpractica worden georganiseerd om te oefenen in het analyseren van (medische) beelden. Deze zijn illustratief en hebben als doel de studiestof beter te begrijpen en toe te passen. Ze worden niet beoordeeld.

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit	Aantal uur
Zelfstudie	109
Hoorcollege&Assignments	20
Computerpracticum	12
Tentamen	3

Academische vaardigheden

In het onderzoek worden vele technieken gebruikt voor het maken afbeeldingen van de morfologie en de functie van de hersenen. Achter deze technieken schuilen allerlei fysische principes die de basis vormen voor de gekozen toepassing binnen het onderzoek. Voor het goed begrijpen van de resultaten is inzicht in de fysica achter medische beeldvormende technieken onontbeerlijk.

Aan het eind van de cursus, kan de student:
1. de fysische principes van de verschillende technologieën uitleggen:	1c,1e,2b,5e,5f
2. op basis van leerdoel 1 de juiste imaging methode bepalen, de beperkingen en mogelijkheden uitleggen	1d,1i,5a,5b,5e,5j
3. De fysische principes toepassen in (gesimuleerde) praktijksituaties	2b, 2e, 2g, 2h, 2i, 3d, 3f, 4b, 4e, 5c, 5j

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

Deelname aan alle practica, computerpractica, veldwerk en werkcolleges in het curriculum is verplicht. Eventueel aanvullende eisen worden per onderdeel in de studiewijzer omschreven. Hier staat ook beschreven wat de eventuele consequenties zijn van het niet nakomen van deze verplichting.

Aanvullende eisen voor dit vak:

Perusall-deelname voorafgaand aan het college is vereist en wordt beoordeeld.
Aanwezigheid bij de colleges is noodzakelijk om de stof te begrijpen en ter voorbereiding op het tentamen, en daarom veplicht.
Deelname aan computerpractica is noodzakelijk voor begrip van de stof ter voorbereiding op het tentamen, en daarom verplicht.

Bovenstaande aanwezigheidsplicht geldt ook voor alle 'live' aangeboden online (computer)practica en werkcolleges.

Mocht je wegens persoonlijke omstandigheden (denk hierbij aan ziekte of bijzondere familieomstandigheden) niet kunnen deelnemen aan een verplichte onderwijsbijeenkomst, neem dan direct per e-mail contact op met de vakcoördinator of docent via de gecommuniceerde e-mailadressen. Er wordt dan met je besproken of er mogelijkheden zijn om het onderwijs op een andere wijze te volgen, en zo ja welke.

Ben je langdurig niet in staat om onderwijs te volgen (langer dan 1 week), neem dan ook contact op met de studieadviseur.

NB Covid-19: Houd je te allen tijde aan de RIVM richtlijnen, ook als dit betekent dat je daardoor één of meerdere verplichte onderwijsbijeenkomsten moet missen. Ook hiervoor geldt, neem direct contact op zodat er samen gekeken kan worden naar een oplossing.

Elders wordt vermeld dat 1 Perusall beoordeling wegens ziekte gemist kan worden (de laagste beoordeling telt niet mee).

Toetsing

Onderdeel en weging	Details
Eindcijfer
1 (100%) Eindcijfer

Het tentamenmateriaal bestaat uit via de verschillende modules behandelde onderwerpen. In het tentamen toetsen we begrip en toepassing van de stof.

Het is bij het tentamen toegestaan eigen notities en aantekeningen op papier te gebruiken. Gebruik van een (grafische) rekenmachine is toegestaan.

De theorie bestaat uit het leesmateriaal wat via Perusall bestudeerd is en in de Study Guides vermeld staat.
Voor CT bevat het college deels nog nieuwe stof.
De applicatievragen en practicumopdrachten zijn representatief voor hoe tentamenvragen eruit zouden kunnen zien.
De introcolleges en Nuclear imaging (SPECT/PET) zijn geen tentamenstof.

Op Canvas is een oud-tentamen beschikbaar gesteld.

Voor het eindcijfer telt het Perusall-gedeelte voor 40% mee en het tentamen voor 60%. Het Perusall gedeelte wordt voor 40% bepaald door het ingebouwde algoritme en daarna gewogen door de docent om mogelijke uitschieters te voorkomen. De andere 60% wordt handmatig beoordeeld op basis van de ruwweg 10 beste annotaties (over alle modules) van de student, beoordeeld op kennis en begrip van de stof.

Van de Perusall-sessies telt van de (automatische) beoordelingen van losse modules het laagste automatische cijfer niet mee.

Voor Perusall en het schriftelijk tentamen moet minimaal een 5 worden gehaald. Het tentamen is herkansbaar middels een hertentamen.

De student heeft het vak behaald als alle toetsonderdelen hoger dan het minimumcijfer beoordeeld zijn en het gewogen gemiddelde minimaal een 5.5 is.

Inzage toetsing

De manier van inzage wordt via de digitale leeromgeving gecommuniceerd.

Opdrachten

Perusall-sessies

automatische beoordeling en top-annotaties beoordeling door docent

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Zie datanose rooster.

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Eindtermen

Via de Zichtbare Leerlijnen Creator kun je zien aan welke eindtermen de leerdoelen van deze cursus bijdragen en hoe de vakleerdoelen, leerlijndoelen en eindtermen van de opleiding aan elkaar gekoppeld zijn:

https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/outcomes

https://datanose.nl/#program[BSc%20PB]/trajectories

Aanvullende informatie

Dit vak heeft een studiebelasting van 36 uur per week, en kan niet daardoor parallel aan een ander vak gevolgd worden. De TBL-methode werd als intensief, maar waardevol beoordeeld door voorgaande studenten.

Capaciteit: max. 35 studenten

Een natuur&techniekprofiel of -interesse is nodig om dit vak te kunnen volgen.

Verwerking feedback studenten

Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties.

Perusall wordt in dit vak gebruikt als 'flipped-classroom' aanpak. Het biedt ruimte voor asynchroon leren en onderlinge feedback. Iedere module wordt via een intro-college kort vooraf toegelicht. Voor een enkel deel-onderwerp wordt op canvas een korte video beschikbaar gesteld. We verwachten niet dat je tijdens Perusall al volledig begrip hebt van de stof - dit volgt in een college, applicatievragen en mogelijk practicum.