Voortgezette Statistiek in de BMW

Advanced Statistics in BMS

Studiewijzer 2022/2023

Globale inhoud

Dit vak bouwt voort op de opgedane kennis over statistiek en het gebruik van R in het vak Basiswiskunde en statistiek. Deze stof wordt bekend verondersteld.

In deze cursus zal aandacht worden besteed aan het ontwerpen van experimenten en het analyseren van vergaarde data. Daarnaast leert de student hoe de resultaten van een statistische analyse correct worden gepresenteerd in een wetenschappelijke publicatie. 

Studiemateriaal

Literatuur

• The analysis of biological data.  Whitlock & Schluter (3de druk)

Practicummateriaal

• Materiaal van laptopcolleges wordt aangeboden in de digitale leeromgeving SOWISO

Software

• R & R-studio

Overig

• Een laptop is verplicht

Leerdoelen

• statistische toetsen en methoden uit het vak Basiswiskunde en Statistiek in de BMW zoals de binomiaaltoets, de chi-kwadraat toets voor passendheid, de chikwadraat-toets voor onafhankelijkheid en de Fisher-exact toets kunnen uitvoeren en interpreteren.
• werken met normaal verdeelde data, o.a. "z-scoring" en het uitvoeren en interpreteren van de resultaten van t-toetsen.
• het op de juiste wijze kunnen toepassen van data transformaties (log, arcsinus en wortel) en het kunnen toepassen van verdelingsvrije methoden, o.a. de tekentoets, de Mann-Withney U toets en Wilcoxon's signed rank test en permutatie testen.
• een experiment plannen en ontwerpen met inachtneming van de daaropvolgende dataverwerking en de statistische analyse.
• toetsen of variabelen gecorreleerd zijn met parametrische en verdelingsvrije methoden.
• relaties tussen numerieke variabelen onderzoeken met behulp van enkelvoudige regressie.
• relaties tussen een numerieke responsvariabele en meerdere numerieke verklarende variabelen onderzoeken met meervoudige regressie.
• general linear models (LM) fitten en selecteren voor interpretatieve en predicatieve doeleinden.
• het effect van numerieke en categorische verklarende variabelen op bivariate responsvariabelen toetsen met behulp van logistische regressie (GLM)
• het vergelijken van de effectiviteit van interventies met survival analyse: de log rank test.
• het op de juiste wijze rapporteren van de resultaten van statistische analyses in wetenschappelijke publicaties en het op de juiste wijze weergeven in tabellen en figuren die het resultaat zijn van deze analyses in wetenschappelijke publicaties.

Onderwijsvormen

• Hoorcollege
• Laptopcollege
• Zelfstudie

Verdeling leeractiviteiten

Academische vaardigheden

Er wordt op verschillende manieren aandacht aan de empirische cyclus besteed. De student leert alvorens een experiment uitgevoerd wordt aandacht te besteden aan experimental design. Daarnaast wordt geleerd hoe hypotheses statistisch getoetst kunnen worden en hoe de resultaten gerapporteerd dienen te worden in wetenschappelijke publicaties. 

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

• Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.
  

Toetsing

Deeltentamen 1: We toetsen cumulatief, d.w.z. de statistiek stof die is behandeld in het vak Baiswiskunde en statistiek voor BMW wordt bekend verondersteld. Daarnaast omvat de toets de stof die is behandeld in de eerste 3 weken van de cursus. 

Deeltentamen 2: We toetsen cumulatief, d.w.z. de statistiek stof die is behandeld in het vak Baiswiskunde en statistiek voor BMW en de stof die in de eerste drie weken van deze cursus is behandeld bekend wordt verondersteld. Daarnaast omvat de toets de stof die gedurende de laatste 8 weken van de cursus is behandeld. 

Inzage toetsing

Inzages geschieden online in SOWISO.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

Overgangsregeling (Dit is het laatste jaar!!)

Wanneer u voor het studiejaar 2020-2021 Basis Statistiek en Wiskunde in de Biomedische Wetenschappen 1 & 2 heeft gevolgd en voor een van deze vakken nog niet bent geslaagd geldt de volgende overgangsregeling: 

Reeds behaalde deelcijfers blijven geldig. De onderdelen kunnen apart worden herkanst.

De overgangsregeling per onderdeel is:  

Basis Statistiek en Wiskunde in de Biomedische Wetenschappen 1 onderdeel wiskunde: De eerste helft van de deeltoets 2 van het vak "Basiswiskunde en Statistiek in de BMW" (1 EC)

Basis Statistiek en Wiskunde in de Biomedische Wetenschappen 2 onderdeel wiskunde: De tweede helft van de deeltoets 2 van het vak "Basiswiskunde en Statistiek in de BMW" (1 EC)

Basis Statistiek en Wiskunde in de Biomedische Wetenschappen 1 onderdeel Statistiek: deeltoets 1 het vak "Basiswiskunde en Statistiek in de BMW" (2 EC) + deeltoets 1 van het vak "Voortgezette Statistiek in de BMW" (1 EC)

Basis Statistiek en Wiskunde in de Biomedische Wetenschappen 2 onderdeel Statistiek:  deeltoets 2 van het vak "Voortgezette Statistiek in de BMW" (3 EC)

Verwerking feedback studenten

Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluatie.

De vakevaluatie was door slechts 13% van de studenten ingevuld. Wij hopen dit jaar op een grotere respons!

Op basis van uitkomsten van het vakevaluatie zullen we dit jaar proberen nog iets duidelijker te maken welk deel van net oefenmateriaal op tentamenniveau is en welk deel vooral dient om een toets aan te leren. 

Contactinformatie

Coördinator

• dr. ir. Michiel van Wijk

Docenten

• Tomas Meijer
• Lotte Koot BSc
• Kavel Ozturk
• Bryndan van Pinxteren