OMICS in the Biomedical Sciences
12 EC
Semester 2, periode 5
5052OIB12Y
Inzicht in:
Alberts B., Heald R., Johnson A., Morgan D., Raff M., Roberts K., Walter P. (2022) Molecular biology of the cell. Seventh edition. W. W. Norton & Company
Omics in de Biomedische Wetenschappen
Aanvullende documenten worden tijdens het vak via Canvas beschikbaar gemaakt
Webcolleges, en videoclips van een aantal onderdelen van dit vak.
o.a. R en R studio. Wordt beschikbaar gemaakt voorafgaand of tijdens practica.
web browser
Instructies voor laptop practica
Tijdens de hoorcolleges worden concepten en principes uitgelegd van omics, bioinformatica, en systeembiology
Laptop colleges worden gebruikt om met behulp van R/Rstudio (en andere software) zelf Omics data te analyseren
Tijdens plenaire werkcolleges wordt een deel van de leerstof voor het tentamen geoefend.
Het actuele rooster is te vinden in DataNose: https://datanose.nl/#course[109956]. Via Canvas is additionele informatie over het rooster te vinden in een Excel sheet.
In onderstaand schema zie je de relatie tussen het aantal studiepunten van het vak en de studiebelasting. Zelfstudie omvat voorbereiden (Syllabus, Molecular Biology of the Cell, etc) en doornemen van hoorcolleges, (af)maken laptop practica, oefenen voor de tentamens.
Onderdeel |
Aantal uur |
Hoorcollege |
44 |
Plenair Werkcollege |
30 |
Laptop college |
28 |
Tentamen |
6 |
Zelfstudie |
228 |
Totaal 12 ECTS á 28 uur |
336 |
Na het volgen van het vak is de student in staat om
Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):
Aanvullende eisen voor dit vak:
Laptop practica
Het deelnemen aan de laptop practica is verplicht omdat deze sterk bijdragen aan begrip van de hoorcolleges. Als een laptop practicum niet tijdig wordt ingeleverd dan volgt een onvoldoende beoordeling voor het gehele vak OMICS in Biomedische Wetenschappen. Indien een practicum niet kan worden bijgewoond of indien een practicum niet tijd kan worden ingeleverd dan dient de student vooraf contact op te nemen met de coördinator van het vak.
Het practicum ‘Inleiding R’ wordt via Canvas aangeboden voor de studenten die hier nog geen ervaring mee hebben. Dit practicum is geen onderdeel voor het eindcijfer.
Aanwezigheid bij de hoorcolleges en werkcolleges wordt sterk aanbevolen omdat de ervaring leert dat het niet bijwonen van colleges leidt tot lage scores voor de tentamens.
Onderdeel en weging | Details |
Eindcijfer | |
4.5 (45%) Deeltoets 1 | Moet ≥ 5 zijn |
4.5 (45%) Deeltoets 2 | Moet ≥ 5 zijn |
1 (10%) Laptop Colleges | Moet ≥ 5 zijn |
Weging onderdelen
Beide deeltentamens wegen voor 50% mee. De deeltentamens samen tellen voor 90% mee in het eindcijfer. De laptop practica maken 10% uit van het eindcijfer. De student is geslaagd voor de cursus als het afgeronde eindcijfer 5.5 of hoger bedraagt en als het laptop practicum met voldoende is beoordeeld (0.5 of hoger). Bij een onvoldoende beoordeling voor het schriftelijk tentamen plus laptop practica is een hertentamen mogelijk.
Hertentamen
Het hertentamen omvat alle leerstof van het vak. Afzonderlijke deeltentamens kunnen niet herkanst worden. In geval van een hertentamen wordt het cijfer van de laptop practica niet meegenomen in het bepalen van het eindcijfer.
Algemeen:
Om een inzagemoment aan te vragen, kun je contact opnemen met de coördinator.
Computerpractica mbt omics, bioinformatica, en systeembiologie
Plenaire werkcolleges
Laptop practica
In dit vak zijn 10 laptop practica opgenomen waarin u wordt geleerd om omics data te analyseren of mathematische modellen op te stellen en uit te rekenen. Deze practica betreffen (1) bioinformatica voor exome sequencing data, (2) pre-processing van microbioom data, (3) bioinformatica van transcriptomics data, (4) publieke biologische databases, (5) pre-processing van metabolomics data, (6,7) analyse van cell en weefsel specifieke genexpressie, (8) analyse van biomarkers in metabolomics data, (9) integratieve systeembiologie, en (10) opstellen en uitrekenen van mathematische modellen.
Recidivisten die de laptop practica al eerder hebben gemaakt en deze met een voldoende hebben afgesloten (=cijfer 0.5 of meer) hoeven niet opnieuw de practica te volgen. Aangeraden wordt om de (eventuele nieuwe) practica wel te maken in verband met begrip van de leerstof.
Plenaire werkcolleges
Voor de meeste onderdelen van het vak is een plenair werkcollege geplanned van 1 of 2 uur. Dit werkcollege is niet verplicht maar aanwezigheid wordt sterk aanbevolen. Tijdens deze werkcolleges wordt middels opdrachten de tentamenstof geoefend.
Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl
Rooster
Op Canvas is het rooster te vinden in een Excel bestand. In dit Excel bestand staat additionele informatie die niet in het datanose rooster staat. Indien er een discrepantie in tijden of zalen is tussen het Excel rooster en het rooster op DataNose, dan is DataNose leidend. Stuur in dit geval een bericht aan de coordinator.
Deadlines laptop practica
De deadlines voor het inleveren van de laptop practica worden meegedeeld via Canvas.
Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.
Aanmelden
Je moet jezelf aanmelden via het systeem SIS. Zie voor meer informatie hierover https://student.uva.nl/onderwerpen/sis-het-studentinformatiesysteem
Als je je aanmeldt voor een vak word je ook automatisch ingeschreven voor het bijbehorende tentamen en voor eventuele andere toetsvormen van dat vak.
Niet aan voldaan
Als je om aantoonbare zwaarwegende redenen niet aan alle samenstellende onderdelen kunt voldoen, dien je je voorafgaand aan het toetsingsmoment (tentamen, inleveren opdracht, inleveren paper etc.) te melden bij de studieadviseurs. In geval van aantoonbaar zwaarwegende omstandigheden wordt er in samenspraak met de docent gekeken of er een andere oplossing mogelijk is.
Canvas
Op Canvas vind je de noodzakelijke aanvullende informatie, zoals de groepsindeling van de werkcolleges, de opdrachten. Bekijk Canvas dus met grote regelmaat (ook via de mobile App)!
Verwachte voorkennis
Hieronder vind je de aanpassingen in de opzet van het vak naar aanleiding van de vakevaluaties.
Contact Anna Heintz-Buschart:
a.u.s.heintzbuschart@uva.nl
Biosystems Data Analysis (SILS)
Science park 904, room C2.205, 020-525 6547
Coordinator 2: Martijs Jonker, SILS, 020-525 7939, m.j.jonker@uva.nl