Studiewijzer 2022/2023

Globale inhoud

De technieken die in deze cursus aan bod zullen komen behoren toe aan de vakgebieden immunologie, moleculaire biologie en biochemie. De practica, welke de ruggegraad vormen van deze cursus, zijn onderverdeeld in de volgende samenhangende onderwerpen:

In de eerste twee weken zullen de studenten kennis maken met de een aantal humorale en immunologische technieken, zoals bijvoorbeeld isoleren van antistoffen, immunoassay en immuno-affiniteitschromatografie, isoleren en kweken van lymfocyten en fagocytose assay. Ook zullen er een aantal verschillende immunologische technieken en onderzoeksmethoden theoretisch aan bod komen. De studenten zullen hun eigen immunologische experimenten uitvoeren en de resultaten rapporteren in een labjournaal.

De daaropvolgende twee weken zal de focus liggen op moleculair biologische en biochemische technieken. In dit deel wordt de functie en activiteit van een van de twee voornaamste allergenen van de huisstofmijt Dermatophagoides pteronyssinus bestudeerd. Er zal hierbij ook kennis worden gemaakt met een aantal bio-informatica tools die in deze disciplines veel worden gebruikt. Het practicum volgt een lintstructuur. Dit houdt in dat er aan één lang experiment wordt gewerkt, waarbij elke dag verder wordt gewerkt met het materiaal dat de dag ervoor is verkregen. Technieken die worden gebruikt zijn o.a.:

BLAST
(in silico) klonering
(kolonie)PCR
gel-elektroforese
DNA digestie
ligatie
transformatie
sequensen
eiwitzuivering
SDS-PAGE
Western Blot

Studiemateriaal

Literatuur

Aanbevolen naslagwerken: Molecular Biology of the Cell, 6 th Edition en Janeway’s Immunobiology 8th edition of Parham The Immune System 3e of 4e editie

Syllabus

- Een syllabus is voor deze cursus NIET nodig. Deze is vervangen door de e-learning omgeving LabBuddy (zie onder software).

Practicummateriaal

Labjournaal (verkrijgbaar bij de onderwijsbalie)
Een laboratoriumjas en -bril zijn verplicht.

Software

LabBuddy (Inloggegevens worden verstrekt)
SnapGene (Licentie wordt beschikbaar gesteld)

Leerdoelen

De student kan veel gebruikte immunologische technieken begrijpen.
De student kan veel gebruikte immunologische technieken uitvoeren.
De theoretische en praktische achtergronden van de volgende technieken uitleggen: Bereiding van poly- en monoklonale antistoffen, Data-analyse aan de hand van een dose response curve.
De student is in staat om methodologische problemen op te sporen, op te lossen en onderbouwde experimentele alternatieven aan te dragen
De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit toepassen
De student kan de moleculair biologische/biochemische technieken die gebruikt worden voor het kloneren en biochemisch karakteriseren van een recombinant eiwit uitvoeren
De student kan relevante software en bioinformatica hulpmiddelen gebruiken om DNA/RNA/Eiwit sequenties en immunologische data te analyseren
De student kan de uitvoering, resultaten en conclusies van de experimenten in het labjournaal bondig en inhoudelijk correct weergeven
De student kan de conclusies van de behaalde resultaten van de gebruikte immunologische en moleculaire biologische en biochemische technieken onderbouwen
Een (generiek) protocol toepassen op een specifieke onderzoeksvraag
De student is in staat om professioneel te communiceren met collegae, medestudenten en docenten
De student is in staat om deel te nemen aan een wetenschappelijke discussie
De student is in staat om uit te leggen wat er onder een professionele lab- (academische-)houding wordt verstaan en je hiernaar gedragen
De student is in staat om de algemene veiligheidsregels (voor mens en milieu) te benoemen en deze correct toe te passen

Onderwijsvormen

(Computer)practicum
Zelfstudie
Hoorcollege

LabBuddy / SnapGene / BLAST– Direct bij de start van de cursus maken de deelnemers vanuit de gegeven onderzoeksvraag en de beschikbare moleculair biologische technieken, een experimentele strategie en planning voor het labwerk.
iCn3D - Een web-based tool van NCBI, waarmee de 3d structuur van eiwitten bestudeerd kan worden.

Verdeling leeractiviteiten

Activiteit	Aantal uur
Hoorcollege	30
Practicum	160

Academische vaardigheden

Het correct weergeven en bijhouden van de uitvoering, resultaten en conclusies van de testen in een labjournaal.
Controle door practicumbegeleiders (verplicht)
Leren, herkennen, begrijpen van immunologische basisbegrippen.
Theorietentamen (verplicht).
Kunnen uitleggen van onderlinge verbanden tussen de immunologische cellen, belangrijkste moleculaire immunologische mediatoren en belangrijke membraangebonden receptoren en inzicht hebben in de communicatienetwerken tussen genoemde cellen, mediatoren en receptoren.
Theorietentamen (verplicht).

Koppeling aan academische vaardigheden via het bijhouden van het labjournaal.

Aanwezigheid

Aanwezigheidseisen opleiding (OER-B):

Deelname aan alle practica, computerpractica en werkcolleges in het curriculum is verplicht.

Toetsing

Onderdeel en weging	Details
Eindcijfer
50% Deelcijfer immunologie	Moet ≥ 5.5 zijn, Vereist
20% Academic attitude - Immunology	Vereist
20% Lab journal - Immunology	Vereist
20% Practical Skills - Immunology	Vereist
40% Written exam - Immunology	Vereist
50% Deelcijfer Moleculaire technieken	Moet ≥ 5.5 zijn, Vereist
15% Academical attitude	Vereist
40% Lab journal	Moet ≥ 5 zijn, Vereist
45% Practical Work	Vereist

Bij het immunologie deel kan het tentamen worden herkanst wanneer er gemiddeld <5.5 is behaald

Bij het Moleculaire technieken deel kan het Labjournaal worden herkanst wanneer er gemiddeld <5.5 is behaald.

Eindcijfer wordt volgens de OER afgerond op halve punten, waarbij er geen 5.5 gegeven wordt.

Fraude en plagiaat

Dit vak hanteert de algemene 'Fraude- en plagiaatregeling' van de UvA. Hier wordt nauwkeurig op gecontroleerd. Bij verdenking van fraude of plagiaat wordt de examencommissie van de opleiding ingeschakeld. Zie de Fraude- en plagiaatregeling van de UvA: http://student.uva.nl

Weekplanning

Weeknummer	Onderwerpen	Studiestof
1
2
3
4

Rooster

Het rooster van dit vak is in te zien op DataNose.

Aanvullende informatie

De cursus zal worden gegeven op het Science Park. Voor de cursus is een vaccinatie tegen hepatitis B verplicht.
Voor het immunologie deel geldt de volgende aanbevolen voorkennis:

Janeway’s Immunobiology 8th edition chapter 1, chapter 4 (par 4.10-4.16), chapter 9 (par. 9.1, 9.4, 9.6, 9.11, 9.17, 9.18), chapter 10 (par. 10.1, 10.3, 10.6, 10.7, 10.14), of
Parham The Immune System 3rd edition: Chapter 1, Chapter 2, 2-10 tm 2-11, Chapter 3, 3-1 tm 3-11, Chapter 4, 4-14 tm 4-16, Chapter 5, 5-6 tm 5-16; 5-20, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-13, Chapter 9, 9-4, 9-8 tm 9-10, of
Parham The Immune System 4th edition: Chapter 1, Chapter 2, 3-1, 3-2 and 3-13, Chapter 4, 4-14 tm 4-17, Chapter 5, 5-6 tm 5-17, 5-21, Chapter 7, 7-8, 7-11, Chapter 8, 8-1 tm 8-3, 8-5, 8-9, 8-10, 8-12, 8-13, 8-14, Chapter 9-3, 9-7 tm 9-10.

Daarbij zullen de opnames van de colleges uit het BMW vak Immunologie theorie en praktijk beschikbaar worden gesteld.

Deze kennis zal voorafgaand aan het practicum getoetst worden en wanneer deze onvoldoende gemaakt wordt is deelname aan het practicumgedeelte niet zinvol.

De voertaal in de cursus zal Engels zijn.

Verwerking feedback studenten

Er zijn verbeteringen doorgevoerd in de digitale leeromgeving LabBuddy. College's zijn interactiever gemaakt.

Planning experimenten aangepast zodat de workload evenrediger verdeeld is.

Contactinformatie

Coördinator

Richard de Boer

Hele cursus: Stanley Brul: S.Brul@uva.nl

Immunologie: c.g.m.kuijk@uva.nl

Inhoudelijke vragen colleges Immunologie: a.tenbrinke@sanquin.nl

Eigenaar	Bachelor Biomedische Wetenschappen
Coördinator	Richard de Boer
Onderdeel van	Dubbele bachelor Biomedische Wetenschappen en Geneeskunde, jaar 2

Moleculaire Technieken en Immunologie BMW/GNK